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po390金虫 (小有名气)
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NAMD/VMD 构建真空层 已有1人参与
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目前，我用VMD/NAMD构建一个纳米水通道模型，水通道的上下，构建盐水层和清水层，构建的方式采用的是图中b的方式（图片来源： F.E. Herrera, S. Pantano, Salt induced asymmetry in membrane simulations by partial restriction of ionic motion, J. Chem. Phys. 130 (2009) 195105. doi:10.1063/1.3132705. ），这是类似二维边界条件的一种方式，但在NAMD中运行时，除了固定的膜外，水分子与盐离子总是会跑到一起去，请问是我构建模型的问题吗？具体在VMD中真空层（vacuum salb）应该如何设置呢？ 请高手指教了！！ P.S. 真空层的厚度设置为15埃左右。  无标题.png |
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那请问在NAMD中具体应该如何操作呢？我试过用tclbc给盐水施加压力，没有效果。 关掉控压，采用NVT系综的话，只要注释掉下方这些语句可以吗？ useGroupPressure yes ;# needed for 2fs steps useFlexibleCell no ;# no for water box, yes for membrane useConstantArea no ;# no for water box, yes for membrane langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 1000.0 langevinPistonDecay 500.0 langevinPistonTemp $temperature |
3楼2014-10-28 00:12:12