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xzz1007

金虫 (小有名气)

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[求助] 动力学可以真空模拟吗？已有1人参与

为了模拟真实环境，老板指示需要真空模拟，

可是对于我这种刚刚开始学习动力学的人来说，有点晕菜了，

我是使用gromacs的，我把水溶剂全部去掉了，倒是也可以跑，可是动能、势能、总能量等全是正的，这是怎么回事儿呢？？

是不是压力什么的需要改呢？

求指导！！！

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阳光总在风雨后，再坚持坚持吧.....

1楼 2014-10-21 14:43:19

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ktwyw

木虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

说说我的理解：
1）不清楚为什么你导师要求你“为了模拟真实环境，指示需要真空模拟”，真空模拟是最容易实验的，而且去除了所有的溶剂分子之后，真空体系的模拟计算速度也很快，大多数情况下都是作为一种简化的模型来做。比如模拟一个大分子在真空中要比模拟一个大分子在真实溶剂中要简单的太多。

2）“我是使用gromacs的，我把水溶剂全部去掉了，倒是也可以跑，可是动能、势能、总能量等全是正的”：关于你说的这一点，体系的总能量是正的也不是什么问题，动能，毫无疑问肯定是正的，势能的话，你可以对势能加减一个任意常数，所以绝对的势能数值本身并没有太多意义。你可能更多是要关注分子结构的信息，看看是否合理？

3）如果真的是做真空体系的模拟（比如一个分子在一个真空的大BOX里），我觉得不要用NPT系综，用NVT是可以的，这个时候压力值本身也没有太多意义，也不可能和真实的实验条件对应起来。