| 查看: 742 | 回复: 3 | ||
fushxmy金虫 (正式写手)
|
[求助]
在已知菌的全基因的情况下，如何利用蛋白一级数据直接查蛋白库（有文献支持，在附件）
|
|
Plamen A. Demirev在AC上的论文Microorganism Identification by Mass Spectrometry and Protein Database Searches，Anal. Chem. 1999, 71, 2732-2738 在搜库方法里作者用 A search by protein molecular mass (Mr) and based on the set of protein molecular weights in the spectra was carried out in the SwissProt/TrEMBL database (Expasy, Swiss Bioinformatics Institute) using the Sequence Retrieval System (SRSWWW) module at http://expasy.hcuge.ch/srs5/. An interactive window (Alternative Query Form) allows search by a number of classifiers. In this case, we chose averaged protein MW as the primary classifier. We selected a (3 Da MW window, and the only restriction applied in the query was the choice of the “bacteria” protein subset of the database (in an earlier release of SwissPROT the identifier “prokaryota” was also available). Thus, protein identities and organismic sources were tentatively assigned for all peaks from the experimental spectra within the range from 4 to 15 kDa. 他是用maldi tof 做细菌蛋白在4000-10000，不做二级质谱，直接搜库鉴别蛋白，我看了，始终不知道如何搜索 请问大家，他是如何做的 |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : Microorganism_identification_by_mass_spectrometry_and_protein_database_searches.pdf
2014-10-08 13:51:40, 78.27 K
» 猜你喜欢
Wnt-C59：PORCN靶向化学探针，Wnt信号通路阻断机制与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Fexaramine：肠道限制性FXR化学探针，结构特征与信号通路研究全解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有223人回复
-
NVS-STG2：靶向STING跨膜域的分子胶类激动剂，结构特征与寡聚化机制研究全解析
已经有0人回复
-
DOTA-GPC3肽（CAS 3066439-94-6）：双功能分子探针前体的结构特征与标记应用解析
已经有0人回复
-
科研用 TLR7/8 双激动剂怎么选？现货与质控要点
已经有0人回复
-
SEL120-34A HCl：CDK8/CDK19高选择性激酶抑制剂
已经有0人回复
-
氢氧化钾活化操作
已经有18人回复
-
散金
已经有68人回复
-
生物质超级电容器
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 已知一个新基因的CDS，如何利用软件预测其结构，从而推测其表达的蛋白的类型、功能
已经有9人回复
- 知道蛋白氨基酸序列，如何克隆编码该蛋白的基因？
已经有7人回复
- 如何查找某一蛋白质结构域的结合蛋白或者基因？
已经有6人回复
- 拟南芥核基因编码蛋白，定位于叶绿体。已知氨基酸序列，怎么找到前导肽？
已经有6人回复
- 如何确定外源基因产生的蛋白在细菌E.coli体内是否内存在活性（in vivo）?
已经有33人回复
- 怎么确定已知蛋白会与什么基因的启动子结合？
已经有8人回复
- 已知蛋白序列求编码基因序列
已经有3人回复
- 通过什么实验可以获得新蛋白的基因序列？
已经有11人回复
- 什么实验可以验证一个蛋白对dna的nicking作用
已经有12人回复
- 已知蛋白质38KD，如何获得其全长基因序列？
已经有10人回复
- 如何查找一个蛋白DNA结合域的基因序列？
已经有4人回复
- 如何扩增某一功能蛋白的未知基因
已经有19人回复
- 已知蛋白序列，如何得到对应的基因序列？
已经有5人回复
- 【资料】搞蛋白质的童鞋们，甭要只查NCBI了~蛋白质相关数据库启蒙~
已经有135人回复
- 求助：如何完成从蛋白质到DNA序列的转化
已经有5人回复
- 如何得到已知蛋白序列的对应的基因序列
已经有8人回复
- 如何根据DNA测序来判断蛋白质的序列呢？
已经有9人回复
- 【求助/交流】列举一个已知的DNA序列编码一种以上蛋白质的两种原因
已经有5人回复
- 【求助/交流】如何做多个DNA序列的蛋白质序列的比对?
已经有9人回复
- 【求助/交流】菜鸟求助，如何由蛋白质的一级结构得到三级结构？
已经有12人回复
fushxmy
金虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 贵宾: 0.05
- 金币: 1199.1
- 散金: 221
- 红花: 3
- 帖子: 502
- 在线: 131.2小时
- 虫号: 52211
- 注册: 2004-09-04
- 性别: GG
- 专业: 生物化工与食品化工
2楼2014-10-08 14:30:03
fushxmy
金虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 贵宾: 0.05
- 金币: 1199.1
- 散金: 221
- 红花: 3
- 帖子: 502
- 在线: 131.2小时
- 虫号: 52211
- 注册: 2004-09-04
- 性别: GG
- 专业: 生物化工与食品化工
3楼2014-10-09 14:15:36
fushxmy
金虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 贵宾: 0.05
- 金币: 1199.1
- 散金: 221
- 红花: 3
- 帖子: 502
- 在线: 131.2小时
- 虫号: 52211
- 注册: 2004-09-04
- 性别: GG
- 专业: 生物化工与食品化工
4楼2014-10-09 19:51:15
28