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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS跑动力学中的晶胞优化问题
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mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] MS跑动力学中的晶胞优化问题 已有1人参与

想计算一下聚合物的晶体结构，取了几个重复单元作为晶胞，用MS/discover跑一下动力学，看一下晶胞参数。
有个问题：
晶胞参数只能在能量最小化Minimizer过程中优化吗？跑开动力学Dynamics能否继续优化呢？
看文献中优化了晶胞，不知道是在能量最小化还是动力学过程中优化的？请高手指教一下，谢谢哈！

MS跑动力学中的晶胞优化问题
无标题.jpg
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奋斗中的小木虫
1楼 2014-10-08 11:20:45
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mengsk

金虫 (著名写手)
怎么没人回复啊？急求啊！
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奋斗中的小木虫
2楼2014-10-09 14:27:09
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
弱弱的问一句，文献里面是用什么方法控温的，温度有点高哦
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逆风奔跑。
3楼2014-10-09 14:36:20
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mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by CQU_wjq at 2014-10-09 14:36:20
弱弱的问一句，文献里面是用什么方法控温的，温度有点高哦

200摄氏度高吗？做退火模拟的上4-5百度很正常。
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奋斗中的小木虫
4楼2014-10-09 16:09:47
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mengsk

金虫 (著名写手)
在CASTEP模块中可以优化晶胞参数，MD过程中不可以优化吗？
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奋斗中的小木虫
5楼2014-10-09 16:10:56
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by mengsk at 2014-10-09 16:09:47
200摄氏度高吗？做退火模拟的上4-5百度很正常。...

Discover里面是用哪种方法控温的呢？
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逆风奔跑。
6楼2014-10-09 16:25:21
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mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by CQU_wjq at 2014-10-09 16:25:21
Discover里面是用哪种方法控温的呢？...

Nose, Andersen, Berendsen...
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奋斗中的小木虫
7楼2014-10-09 16:32:47
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by mengsk at 2014-10-09 16:32:47
Nose, Andersen, Berendsen......

这篇文献应该有点NB，同时用3种控温方法。
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逆风奔跑。
8楼2014-10-09 16:41:52
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mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by CQU_wjq at 2014-10-09 16:41:52
这篇文献应该有点NB，同时用3种控温方法。...

你的问题是Discover中的控温方法，我只是列举几个，文献中没提用了哪种控温。
对于discover跑动力学过程中的晶胞优化问题，你知道吗？
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奋斗中的小木虫
9楼2014-10-09 17:01:31
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
9楼: Originally posted by mengsk at 2014-10-09 17:01:31
你的问题是Discover中的控温方法，我只是列举几个，文献中没提用了哪种控温。
对于discover跑动力学过程中的晶胞优化问题，你知道吗？...

因为没有做晶胞方面的，所以不是很清楚。感觉Minimizer是一个能量最小化的过程，然后的Dynamics是你设定的具体的模拟过程，在Dynamics的时候，晶胞应该按照你设置的条件进行“优化”，不过觉得用优化这个词不太合适，应该是固定条件下的模拟了。如果文献中的参数是给定的条件下的，那应该是Dynamics模拟的结果，你可以试一下模拟的结果和模拟结束后再优化的结果哪个与文献是一样的。
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逆风奔跑。
10楼2014-10-09 17:17:50
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