应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » MS-Castep葉綠素分子模擬
101/1返回列表
查看: 1475  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

heropighi

铜虫 (小有名气)

[求助] MS-Castep葉綠素分子模擬 已有1人参与

小妹最近在嘗試葉綠素分子的模擬,建置完結構後,進行光學分析,但似乎是結構出了點問題

想請問有哪位好心人能提供這個分子的結構讓小妹參考參考嗎?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-07-26 14:15:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
请给出问题的具体描述。
赞一下(1人) 回复此楼
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
2楼2014-07-26 14:24:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

heropighi

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-07-26 14:24:35
请给出问题的具体描述。

模擬結果最終無法收斂,可能是在繪製分子過程沒有注意到角度這些,希望能夠提供相關的繪製分子結構的方法!!
赞一下 回复此楼
3楼2014-07-26 14:28:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by heropighi at 2014-07-26 14:28:45
模擬結果最終無法收斂,可能是在繪製分子過程沒有注意到角度這些,希望能夠提供相關的繪製分子結構的方法!!...

您要研究的是单个分子，对吗？不是叶绿素晶体吧？
如果是绘制单个分子，用Sketch Atom，根据分子的化学式，绘制出来整个分子结构，然后Clean几下即可。一般说来，人工绘制分子结构，不必太在意键长、键角这些问题，因为后续的几何优化正是为了计算出能量最低的分子结构。
如果还有问题，最好把问题详细给出，包括软件的错误提示信息，以截图的方式发上来。
赞一下(1人) 回复此楼
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
4楼2014-07-26 15:00:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

heropighi

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-07-26 15:00:15
您要研究的是单个分子，对吗？不是叶绿素晶体吧？
如果是绘制单个分子，用Sketch Atom，根据分子的化学式，绘制出来整个分子结构，然后Clean几下即可。一般说来，人工绘制分子结构，不必太在意键长、键角这些问题 ...

十分感謝您的幫忙! 我是小小初學者,原是想使用MS的Castep計算葉綠素分子的東西,畫出分子模型後,給定一個晶胞,當按下Castep的Calculation之後,出現了一個視窗! 看似是無法模擬,能否告訴我這是什麼意思呢?
赞一下 回复此楼
5楼2014-07-27 20:05:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

heropighi

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-07-26 15:00:15
您要研究的是单个分子，对吗？不是叶绿素晶体吧？
如果是绘制单个分子，用Sketch Atom，根据分子的化学式，绘制出来整个分子结构，然后Clean几下即可。一般说来，人工绘制分子结构，不必太在意键长、键角这些问题 ...

There are no CASTEP input or output files available CASTEP input and output files from a previous run are required in orfer to perofrm a properties run.
赞一下 回复此楼
6楼2014-07-27 21:40:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
heropighi: 金币+5, ★★★很有帮助, 謝謝 2014-07-28 00:32:07
引用回帖:
6楼: Originally posted by heropighi at 2014-07-27 21:40:24
There are no CASTEP input or output files available CASTEP input and output files from a previous run are required in orfer to perofrm a properties run....

您在CASTEP面板的Task中，是选择计算什么呢？是直接计算性质吗？
您可以在面板的TASK中选择做几何优化，同时在properity中勾选上要计算的性质。待几何优化完成后，即可进行性质分析。
赞一下(1人) 回复此楼
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
7楼2014-07-27 22:36:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

heropighi

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-07-27 22:36:05
您在CASTEP面板的Task中，是选择计算什么呢？是直接计算性质吗？
您可以在面板的TASK中选择做几何优化，同时在properity中勾选上要计算的性质。待几何优化完成后，即可进行性质分析。...

有嘗試過先做幾何優化! 但依然無法作運算，可能是軟體的問題! 我先在嘗試嘗試，謝謝你啦~
赞一下 回复此楼
8楼2014-07-28 00:31:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yangmou

木虫 (小有名气)
要根据实验数据找出或画出晶胞结构，优化后再分析

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2014-07-28 00:34:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

heropighi

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by yangmou at 2014-07-28 00:34:27
要根据实验数据找出或画出晶胞结构，优化后再分析

感謝您! 小妹會再去找找
赞一下 回复此楼
10楼2014-07-28 13:11:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 heropighi 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭