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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » MS-Castep葉綠素分子模擬
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heropighi

铜虫 (小有名气)

[求助] MS-Castep葉綠素分子模擬 已有1人参与

小妹最近在嘗試葉綠素分子的模擬,建置完結構後,進行光學分析,但似乎是結構出了點問題

想請問有哪位好心人能提供這個分子的結構讓小妹參考參考嗎?
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1楼 2014-07-26 14:15:37
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
请给出问题的具体描述。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
2楼2014-07-26 14:24:35
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heropighi

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-07-26 14:24:35
请给出问题的具体描述。

模擬結果最終無法收斂,可能是在繪製分子過程沒有注意到角度這些,希望能夠提供相關的繪製分子結構的方法!!
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3楼2014-07-26 14:28:45
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by heropighi at 2014-07-26 14:28:45
模擬結果最終無法收斂,可能是在繪製分子過程沒有注意到角度這些,希望能夠提供相關的繪製分子結構的方法!!...

您要研究的是单个分子，对吗？不是叶绿素晶体吧？
如果是绘制单个分子，用Sketch Atom，根据分子的化学式，绘制出来整个分子结构，然后Clean几下即可。一般说来，人工绘制分子结构，不必太在意键长、键角这些问题，因为后续的几何优化正是为了计算出能量最低的分子结构。
如果还有问题，最好把问题详细给出，包括软件的错误提示信息，以截图的方式发上来。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
4楼2014-07-26 15:00:15
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heropighi

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-07-26 15:00:15
您要研究的是单个分子，对吗？不是叶绿素晶体吧？
如果是绘制单个分子，用Sketch Atom，根据分子的化学式，绘制出来整个分子结构，然后Clean几下即可。一般说来，人工绘制分子结构，不必太在意键长、键角这些问题 ...

十分感謝您的幫忙! 我是小小初學者,原是想使用MS的Castep計算葉綠素分子的東西,畫出分子模型後,給定一個晶胞,當按下Castep的Calculation之後,出現了一個視窗! 看似是無法模擬,能否告訴我這是什麼意思呢?
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5楼2014-07-27 20:05:35
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heropighi

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-07-26 15:00:15
您要研究的是单个分子，对吗？不是叶绿素晶体吧？
如果是绘制单个分子，用Sketch Atom，根据分子的化学式，绘制出来整个分子结构，然后Clean几下即可。一般说来，人工绘制分子结构，不必太在意键长、键角这些问题 ...

There are no CASTEP input or output files available CASTEP input and output files from a previous run are required in orfer to perofrm a properties run.
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6楼2014-07-27 21:40:24
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
heropighi: 金币+5, ★★★很有帮助, 謝謝 2014-07-28 00:32:07
引用回帖:
6楼: Originally posted by heropighi at 2014-07-27 21:40:24
There are no CASTEP input or output files available CASTEP input and output files from a previous run are required in orfer to perofrm a properties run....

您在CASTEP面板的Task中，是选择计算什么呢？是直接计算性质吗？
您可以在面板的TASK中选择做几何优化，同时在properity中勾选上要计算的性质。待几何优化完成后，即可进行性质分析。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
7楼2014-07-27 22:36:05
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heropighi

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-07-27 22:36:05
您在CASTEP面板的Task中，是选择计算什么呢？是直接计算性质吗？
您可以在面板的TASK中选择做几何优化，同时在properity中勾选上要计算的性质。待几何优化完成后，即可进行性质分析。...

有嘗試過先做幾何優化! 但依然無法作運算，可能是軟體的問題! 我先在嘗試嘗試，謝謝你啦~
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8楼2014-07-28 00:31:56
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yangmou

木虫 (小有名气)
要根据实验数据找出或画出晶胞结构，优化后再分析

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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9楼2014-07-28 00:34:27
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heropighi

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by yangmou at 2014-07-28 00:34:27
要根据实验数据找出或画出晶胞结构，优化后再分析

感謝您! 小妹會再去找找
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10楼2014-07-28 13:11:21
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