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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 已知一个新基因的CDS，如何利用软件预测其结构，从而推测其表达的蛋白的类型、功能
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hlxxym

木虫 (小有名气)

[求助] 已知一个新基因的CDS，如何利用软件预测其结构，从而推测其表达的蛋白的类型、功能 已有3人参与

请教一下各位

如果我对一个功能未知的基因（新基因）感兴趣，我只知道他的CDS，将核酸序列翻译成氨基酸序列以后，如何用软件预测它的蛋白质结构从而推测它的功能或者蛋白类型（比如酶、膜蛋白、受体）呢？能否列举一下流程，并针对每个流程推荐一下软件？

非常感谢！
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1楼 2014-09-17 10:53:55
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hlxxym

木虫 (小有名气)
自己顶一下……
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2楼2014-09-18 13:48:09
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generalel

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
hlxxym: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-09-19 10:02:10
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-10-14 02:29:49
推荐篇文章，自己看一下吧，里面有分析需要使用的各类软件。张丽娟，新基因功能预测的理论及方法，医学分子生物学杂志，2006.
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3楼2014-09-18 20:18:22
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keke226

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
hlxxym: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-09-19 10:02:29
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-10-14 02:29:55
蛋白结构和功能的预测可以用EXPASY网站在线的一些工具，比如SMART可以根据序列预测三级结构域。另外，Pfam网站也可以预测三级结构，还可以用于三级结构比对来推测功能。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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读书廿年倦写字，如今翻书不识志，若知眷书悔前程，无如渔樵未识时。三年担柴熟山性，三年苦网谙水汹，前程在心自倦舒，识志何用书中清。
4楼2014-09-18 21:29:40
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hlxxym

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by keke226 at 2014-09-18 21:29:40
蛋白结构和功能的预测可以用EXPASY网站在线的一些工具，比如SMART可以根据序列预测三级结构域。另外，Pfam网站也可以预测三级结构，还可以用于三级结构比对来推测功能。
...

非常感谢你的回复。我试过用EXPASY的swissmodel进行三维结构预测和比对，相似度大概都在40%左右。请问一般而言，相似度达到多少可以认为有参考价值？
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5楼2014-09-19 10:01:18
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hlxxym

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by generalel at 2014-09-18 20:18:22
推荐篇文章，自己看一下吧，里面有分析需要使用的各类软件。张丽娟，新基因功能预测的理论及方法，医学分子生物学杂志，2006.

非常感谢
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6楼2014-09-19 10:01:41
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keke226

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by hlxxym at 2014-09-19 10:01:18
非常感谢你的回复。我试过用EXPASY的swissmodel进行三维结构预测和比对，相似度大概都在40%左右。请问一般而言，相似度达到多少可以认为有参考价值？...

40%感觉比较高了。具体多少有价值我也不太清楚。可能还是要看实验吧，如果结果只是参考。两个蛋白相似度90%，但是功能实验结果不同的话仍然没有意义吧。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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读书廿年倦写字，如今翻书不识志，若知眷书悔前程，无如渔樵未识时。三年担柴熟山性，三年苦网谙水汹，前程在心自倦舒，识志何用书中清。
7楼2014-09-19 10:35:20
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hlxxym

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by keke226 at 2014-09-19 10:35:20
40%感觉比较高了。具体多少有价值我也不太清楚。可能还是要看实验吧，如果结果只是参考。两个蛋白相似度90%，但是功能实验结果不同的话仍然没有意义吧。
...

好的    谢谢
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8楼2014-09-19 12:52:24
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truth1217

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你现在除了能确定核酸序列存在外其它都是预测的。你现在自己都不知道它是不是个蛋白，分析其功能有什么意义呢？ 首先要做的是确定该新蛋白是不是确实存在，也就是它是不是个真的蛋白，确定它存在后分析预测其功能才有意义。
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9楼2016-03-22 17:07:21
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zhongtong

铁杆木虫 (正式写手)
试试KOBAS

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10楼2016-03-22 17:21:16
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