24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
汕头大学海洋科学接受调剂
查看: 3814  |  回复: 9
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

hlxxym

木虫 (小有名气)

[求助] 已知一个新基因的CDS,如何利用软件预测其结构,从而推测其表达的蛋白的类型、功能 已有3人参与

请教一下各位

如果我对一个功能未知的基因(新基因)感兴趣,我只知道他的CDS,将核酸序列翻译成氨基酸序列以后,如何用软件预测它的蛋白质结构从而推测它的功能或者蛋白类型(比如酶、膜蛋白、受体)呢?能否列举一下流程,并针对每个流程推荐一下软件?

非常感谢!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hlxxym

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by generalel at 2014-09-18 20:18:22
推荐篇文章,自己看一下吧,里面有分析需要使用的各类软件。张丽娟,新基因功能预测的理论及方法,医学分子生物学杂志,2006.

非常感谢
6楼2014-09-19 10:01:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

generalel

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
hlxxym: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-09-19 10:02:10
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-10-14 02:29:49
推荐篇文章,自己看一下吧,里面有分析需要使用的各类软件。张丽娟,新基因功能预测的理论及方法,医学分子生物学杂志,2006.
3楼2014-09-18 20:18:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

keke226

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
hlxxym: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-09-19 10:02:29
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-10-14 02:29:55
蛋白结构和功能的预测可以用EXPASY网站在线的一些工具,比如SMART可以根据序列预测三级结构域。另外,Pfam网站也可以预测三级结构,还可以用于三级结构比对来推测功能。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
读书廿年倦写字,如今翻书不识志,若知眷书悔前程,无如渔樵未识时。三年担柴熟山性,三年苦网谙水汹,前程在心自倦舒,识志何用书中清。
4楼2014-09-18 21:29:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hlxxym

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by keke226 at 2014-09-18 21:29:40
蛋白结构和功能的预测可以用EXPASY网站在线的一些工具,比如SMART可以根据序列预测三级结构域。另外,Pfam网站也可以预测三级结构,还可以用于三级结构比对来推测功能。
...

非常感谢你的回复。我试过用EXPASY的swissmodel进行三维结构预测和比对,相似度大概都在40%左右。请问一般而言,相似度达到多少可以认为有参考价值?
5楼2014-09-19 10:01:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 各位老师好,求调剂,本科211,一志愿天津大学生物与医药学硕,差两名录取。 +11 路六六jjj 2026-04-13 11/550 2026-04-14 16:01 by zs92450
[考研] 求调剂 +20 MAX怅惘 2026-04-09 22/1100 2026-04-14 14:57 by 独醉梦孤城
[考研] 求助调剂,跨调 +17 X十甫寸Y 2026-04-11 18/900 2026-04-14 12:59 by fqwang
[考研] 085600材料与化工349分求调剂 +16 李木子啊哈哈 2026-04-12 17/850 2026-04-14 09:11 by fenglj492
[考研] 一志愿厦大生物学332求调剂 +11 池池池池池池 2026-04-08 11/550 2026-04-13 14:10 by 科研论
[考研] 314求调剂 +24 wakeluofu 2026-04-09 25/1250 2026-04-13 08:58 by lhj2009
[考研] 一志愿浙大生物325分求调剂 +9 zysheng 2026-04-12 9/450 2026-04-12 22:31 by yuyin1233
[考研] 295分求调剂 +13 ?要上岸? 2026-04-10 13/650 2026-04-12 15:37 by laoshidan
[考研] 299求调剂 +8 ZVVZ13 2026-04-08 8/400 2026-04-12 00:40 by 蓝云思雨
[考研] 277 数一104,学硕,求调剂 +21 瓶子PZ 2026-04-09 23/1150 2026-04-11 23:12 by labixiaoqiao
[考研] 电子信息279求调剂,有书读就行 +8 wwwooden 2026-04-08 11/550 2026-04-11 20:22 by cq2548
[考研] 0854调剂 +5 音像店听花鼓戏 2026-04-10 5/250 2026-04-11 10:49 by qingpingzhu
[考研] 283求调剂,工科! +12 苏打水7777 2026-04-08 12/600 2026-04-11 10:28 by 逆水乘风
[考研] 22408 327分求调剂 +4 韵风kon 2026-04-10 4/200 2026-04-11 09:51 by 猪会飞
[考研] 287求调剂 +15 Fnhc 2026-04-07 21/1050 2026-04-10 19:09 by chemisry
[考研] 314求调剂 +18 xhhdjdjsjks 2026-04-09 19/950 2026-04-10 18:53 by HPUCZ
[考研] 一志愿矿大,材料工程专硕314分,0856可调都可以 +15 无懈可击的巨人 2026-04-09 15/750 2026-04-10 18:10 by hmn_wj
[考研] 296求调剂 +6 汪!?! 2026-04-08 6/300 2026-04-10 11:02 by mattzhming
[考研] 337求调剂 +4 Gky09300550, 2026-04-09 4/200 2026-04-09 17:18 by 帕尔马拉特
[考研] 调剂 +12 月@163.com 2026-04-08 12/600 2026-04-09 14:27 by rl1980
信息提示
请填处理意见