24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 3786  |  回复: 9
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

hlxxym

木虫 (小有名气)

[求助] 已知一个新基因的CDS,如何利用软件预测其结构,从而推测其表达的蛋白的类型、功能 已有3人参与

请教一下各位

如果我对一个功能未知的基因(新基因)感兴趣,我只知道他的CDS,将核酸序列翻译成氨基酸序列以后,如何用软件预测它的蛋白质结构从而推测它的功能或者蛋白类型(比如酶、膜蛋白、受体)呢?能否列举一下流程,并针对每个流程推荐一下软件?

非常感谢!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hlxxym

木虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by keke226 at 2014-09-19 10:35:20
40%感觉比较高了。具体多少有价值我也不太清楚。可能还是要看实验吧,如果结果只是参考。两个蛋白相似度90%,但是功能实验结果不同的话仍然没有意义吧。
...

好的    谢谢
8楼2014-09-19 12:52:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

generalel

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
hlxxym: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-09-19 10:02:10
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-10-14 02:29:49
推荐篇文章,自己看一下吧,里面有分析需要使用的各类软件。张丽娟,新基因功能预测的理论及方法,医学分子生物学杂志,2006.
3楼2014-09-18 20:18:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

keke226

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
hlxxym: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-09-19 10:02:29
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-10-14 02:29:55
蛋白结构和功能的预测可以用EXPASY网站在线的一些工具,比如SMART可以根据序列预测三级结构域。另外,Pfam网站也可以预测三级结构,还可以用于三级结构比对来推测功能。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
读书廿年倦写字,如今翻书不识志,若知眷书悔前程,无如渔樵未识时。三年担柴熟山性,三年苦网谙水汹,前程在心自倦舒,识志何用书中清。
4楼2014-09-18 21:29:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hlxxym

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by keke226 at 2014-09-18 21:29:40
蛋白结构和功能的预测可以用EXPASY网站在线的一些工具,比如SMART可以根据序列预测三级结构域。另外,Pfam网站也可以预测三级结构,还可以用于三级结构比对来推测功能。
...

非常感谢你的回复。我试过用EXPASY的swissmodel进行三维结构预测和比对,相似度大概都在40%左右。请问一般而言,相似度达到多少可以认为有参考价值?
5楼2014-09-19 10:01:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂,262机械专硕 +8 嗯yyl 2026-04-08 8/400 2026-04-12 02:31 by 秋豆菜芽
[考研] 材料工程日语考生求调剂 +7 0856?调剂 2026-04-10 7/350 2026-04-11 21:33 by 蓝云思雨
[硕博家园] 新一代电子信息294求调剂 不挑学校 +6 Ytyt11 2026-04-09 7/350 2026-04-11 10:52 by AA小小木虫
[考研] 085404 293求调剂 +9 勇远库爱314 2026-04-06 10/500 2026-04-11 10:36 by 紫曦紫棋
[考研] 0854调剂 +8 950824he@ 2026-04-09 8/400 2026-04-11 10:11 by zhq0425
[考研] 22408 352分求调剂0854类 +4 努力的夏末 2026-04-09 4/200 2026-04-11 09:57 by zhq0425
[考研] 求调剂288 +6 ioodiiij 2026-04-10 8/400 2026-04-10 21:07 by zhouxiaoyu
[基金申请] 有爆料,一个青年教师卖房得400万,然后换了一个四青帽子 +9 babu2015 2026-04-08 9/450 2026-04-10 11:43 by 苏东坡二世
[考研] 初试分332,一志愿报考西北工业大学, +11 故人?? 2026-04-09 11/550 2026-04-09 21:54 by JineShine
[考研] 一志愿厦大生物学332求调剂 +10 池池池池池池 2026-04-08 10/500 2026-04-09 17:10 by 独醉梦孤城
[考研] 材料工程322 +18 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-07 19/950 2026-04-09 10:44 by cymywx
[考研] 298求调剂 +4 manman511 2026-04-05 4/200 2026-04-08 16:50 by tjzhao
[考研] 307求调剂 +14 超级伊昂大王 2026-04-06 14/700 2026-04-08 07:03 by 无际的草原
[考研] 323求调剂 +3 林zlu 2026-04-07 4/200 2026-04-07 23:21 by lbsjt
[考研] 344求调剂 +11 魏子per 2026-04-07 11/550 2026-04-07 23:01 by JourneyLucky
[考研] 22408 318分求调剂 +4 勤奋的小笼包 2026-04-06 6/300 2026-04-07 15:05 by 纸鹤555
[考研] 316求调剂 +7 yyx想调剂 2026-04-05 7/350 2026-04-07 14:31 by shdgaomin
[考研] 287分求调剂 有专利国奖一志愿哈工大085406 +6 白易辰 2026-04-06 7/350 2026-04-06 22:46 by 875465
[考研] 调剂 +3 李广火 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:57 by 蓝云思雨
[考研] 考研调剂生寻找导师 +3 顾瞻考研啊 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:18 by 啵啵啵0119
信息提示
请填处理意见