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小孽博士

新虫 (小有名气)

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[求助] 请问拟南芥CS系列的突变体怎么鉴定纯合体？已有3人参与

ABRC上订了一个突变体，是单个碱基突变，CS系列的，有虫友知道怎么鉴定纯合体吗？以前只鉴定过T-DNA插入的突变体。不胜感激~

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千磨万击还坚劲，任尔东西南北风

1楼 2014-09-13 20:05:45

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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

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引用回帖:

8楼: Originally posted by 小孽博士 at 2014-09-14 17:06:35
中午按着楼上的方法做了一下，没有产生酶切位点。我还想着是不是测序就行。没有用过dCAPS Finder2这个软件，想请教一下具体怎么做？可以吗？...

How to use the dCAPS Finder 2.0 program:

Type or paste the two haplotypes, with no gaps in the sequence, into the boxes provided. The two sequences must be identical except for the SNP. The SNP should be in the middle of the sequence with approximately 25 nucleotides on each side. No more than 60 nucleotides should be entered in either box. A,C, G and T are the only valid characters that will be accepted by the program.

In the box provided, enter the number of mismatches allowed in your PCR primer and run the program. The output from zero mismatches will show whether a CAPS marker is present. If a CAPS marker is not generated, enter 1 mismatch to search for a dCAPS marker. Increase the number of mismatches in each run until a potential dCAPS marker has been identified. The dCAPS primer should include the necessary mismatches 5` of the mutation and not include the SNP being analyzed.

The reverse primer should be approximately 200 to 300 nucleotides 3` of the dCAPS primer such that the two haplotypes can be resolved, after digestion with the appropriate restriction endonuclease, on a high-resolution agarose or DNA-agar gel.

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9楼2014-09-14 17:24:07

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akaliusi

铜虫 (初入文坛)

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感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 应助指数-1, 无应助 2014-09-14 09:19:09

没做过这方面工作

[ 发自小木虫客户端 ]

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岂能介入任意，但求无愧我心

2楼2014-09-14 00:58:30

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我欲乘风归去

木虫 (正式写手)

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★ ★
小孽博士(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-09-14 09:19:35

先看下ABRC的基因型是不是纯合子，是纯合子就不要鉴定了，如果是杂合子的话，你看下它有没有提供两端的侧翼序列，能不能找到这个突变位点，再看下这个突变位点有没有因为一个碱基的变化产生了一个酶切位点或者缺失了一个酶切位点，然后设计一段引物去扩增，再进行酶切验证。如果没有产生或者缺失酶切位点，我也不知道怎么进行纯合子鉴定。