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swach

铁虫 (小有名气)

[求助] 同样的实验操作,同样的试剂,为什么测序结果差很多 已有1人参与

做nosZ(470)基因的克隆文库,top10感受态细胞,T4的载体,步骤都是一样的,菌落PCR检测有条带。上次挑菌送出去测序,测序结果是467bp作用,NCBI比对之后,结果是不可培养的反硝化基因。可是这次测序回来的结果是1560多bp,NCBI比对全部都是同一种结果,和我要研究的基因一点关系都没有。发邮件给测序公司,他们的解释是:我送去的是质粒,质粒是环状的,不会出现终止峰,是会一直延伸下去的。
我知道的是,测序结果长度是插入片段长度和引物长度的和,所以应该不会有1500多那么长吧?真的是无语了。求大神帮忙!
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bwangel

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-09-07 17:47:29
载体两端跑胶跑出来是多少,测序就是多少,告诉测序公司两端测拼接,又不是单向测通,什么环状的,谁不知道是环状的啊,不是目的片段去测什么,你最好找正规点的测序公司,别找小公司,他们有可能敷衍你,和他们要下测序的通用引物,跑个胶就知道了,如果也是1500就说明你样本的问题,
2楼2014-09-07 09:10:01
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