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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » AMBER和NAMD 体系加完电荷，仍然不是电中性，怎么办？
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broken1999

木虫 (正式写手)

[交流] AMBER和NAMD 体系加完电荷，仍然不是电中性，怎么办？

两个问题：


1.分子动力学，体系一定要是电中性吗？如果不是中性，会造成什么影响？


2.AMBER和NAMD 体系加完电荷，仍然不是电中性，怎么办？
净电荷已经是零点几了，不能通过加Na+或Cl-中和了


谢谢！
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1楼 2014-09-04 10:25:49
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astrozheng

银虫 (小有名气)
权宜之计，手动修改拓扑文件，调节电荷回去。但是，要清楚为什么会出现这种电荷非整数的情况。

发自小木虫IOS客户端
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个人签名用英文会没有空格，真是个bug.
5楼2018-06-07 18:32:22
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smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
broken1999: 金币+5 2014-10-02 09:06:57
本帖内容被屏蔽
2楼2014-10-01 07:35:05
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
broken1999: 金币+10, 谢谢！ 2014-10-02 09:07:22
如果不是中性的话，在用Ewald summation计算静电相互作用的话会发散。不过现在软件的Ewald summation都会自动防止这种问题，当发现体系非中性的时候，都会给体系自动加上一个uniform charge background来保持电中性，然后再发个警告说体系总电荷不为零。

除非万不得已（比如计算单个离子在溶液中的溶解自由能），不要让体系呈非中性，否则Ewald summation自动加的那个uniform charge background会给结果带来误差，而且你的体系越偏离电中性误差越大。
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3楼2014-10-01 13:32:39
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sunyuwei1994

铁杆木虫 (著名写手)
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4楼2018-05-29 15:11:20
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