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broken1999

木虫 (正式写手)

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[交流] AMBER和NAMD 体系加完电荷，仍然不是电中性，怎么办？

两个问题：

1.分子动力学，体系一定要是电中性吗？如果不是中性，会造成什么影响？

2.AMBER和NAMD 体系加完电荷，仍然不是电中性，怎么办？
净电荷已经是零点几了，不能通过加Na+或Cl-中和了

谢谢！

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1楼 2014-09-04 10:25:49

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

lsloneil

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
broken1999: 金币+10, 谢谢！ 2014-10-02 09:07:22

如果不是中性的话，在用Ewald summation计算静电相互作用的话会发散。不过现在软件的Ewald summation都会自动防止这种问题，当发现体系非中性的时候，都会给体系自动加上一个uniform charge background来保持电中性，然后再发个警告说体系总电荷不为零。

除非万不得已（比如计算单个离子在溶液中的溶解自由能），不要让体系呈非中性，否则Ewald summation自动加的那个uniform charge background会给结果带来误差，而且你的体系越偏离电中性误差越大。