24小时热门版块排行榜

返回列表

broken1999

木虫 (正式写手)

应助: 14 (小学生)
金币: 2167.4
散金: 464
红花: 6
帖子: 560
在线: 281.9小时
虫号: 1128677
注册: 2010-10-21
专业: 理论和计算化学

[交流] AMBER和NAMD 体系加完电荷，仍然不是电中性，怎么办？

两个问题：

1.分子动力学，体系一定要是电中性吗？如果不是中性，会造成什么影响？

2.AMBER和NAMD 体系加完电荷，仍然不是电中性，怎么办？
净电荷已经是零点几了，不能通过加Na+或Cl-中和了

谢谢！

回复此楼

» 猜你喜欢

参与限项已经有3人回复
假如你的研究生提出不合理要求已经有7人回复
实验室接单子已经有4人回复
全日制（定向）博士已经有4人回复
对氯苯硼酸纯化已经有3人回复
求助:我三月中下旬出站，青基依托单位怎么办？已经有12人回复
不自信的我已经有12人回复
所感已经有4人回复
要不要辞职读博？已经有7人回复
北核录用已经有3人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

NAMD所用的CHARMM力场参数除了22 27 还有别的吗？已经有7人回复
急求解答，关于力场的电荷参数！！！已经有4人回复
Amber 分子动力学求助！！！！已经有10人回复
Namd， Gromacs 可以计算分子中电荷分布随时间的变化吗？已经有4人回复
学amber tutorial 遇到参数文件无法产生，急求答案已经有4人回复
gmx不认小分子PDB残基怎么办？？已经有4人回复
【转帖】GROMACS分析程序讨论，在gromacs中添加Amber力场已经有8人回复
【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题� 已经有4人回复

1楼 2014-09-04 10:25:49

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

smutao

禁虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
broken1999: 金币+5 2014-10-02 09:06:57

本帖内容被屏蔽

2楼2014-10-01 07:35:05

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)

专家经验: +49
模拟EPI: 2
应助: 148 (高中生)
金币: 8640.9
散金: 507
红花: 30
帖子: 505
在线: 598.4小时
虫号: 556471
注册: 2008-05-11
性别: GG
专业: 理论和计算化学
管辖: 分子模拟

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
broken1999: 金币+10, 谢谢！ 2014-10-02 09:07:22

如果不是中性的话，在用Ewald summation计算静电相互作用的话会发散。不过现在软件的Ewald summation都会自动防止这种问题，当发现体系非中性的时候，都会给体系自动加上一个uniform charge background来保持电中性，然后再发个警告说体系总电荷不为零。

除非万不得已（比如计算单个离子在溶液中的溶解自由能），不要让体系呈非中性，否则Ewald summation自动加的那个uniform charge background会给结果带来误差，而且你的体系越偏离电中性误差越大。