24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 2935  |  回复: 12

568286346

木虫 (小有名气)

[求助] 空间分布函数 已有2人参与

各位大神,本人最近在学习画空间分布函数的图形,图1是本人自己得到的结果,但是对比图2(J. Am. Chem. Soc. 131, 2009, 15828. )中的空间分布函数图,我画出的图形不平滑而且不是很连续,虽然我尝试把势能面值调小,可以使图形连续起来, 但是图形的厚度很不均一。我把碳管放进去后发现碳管的位置不在中心(见图3)(注明:碳管的坐标没有变动)。请各位大神帮忙分析下问题出在什么地方,非常感谢!

空间分布函数
图1.png


空间分布函数-1
图2.png


空间分布函数-2
图3.png
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

坚持才能实现自己的理想!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jerkwin

专家顾问 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 568286346 at 2014-08-08 21:52:54
我上面的结构是用40000个构型统计平均得到的。...

多做, 一直做到收敛
如果只是为显示平滑, 可以对数据进行插值平滑
中心不一致可能是因为计算时候没有进行坐标变换
http://jerkwin.github.io/2014/05 ... %E5%9B%BE%E7%A4%BA/

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2014-08-08 23:17:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
568286346: 金币+20, ★★★很有帮助 2014-08-09 08:27:43
想要平滑的话, 需要用很多帧构型进行平均
2楼2014-08-08 21:43:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

568286346

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jerkwin at 2014-08-08 21:43:54
想要平滑的话, 需要用很多帧构型进行平均

我上面的结构是用40000个构型统计平均得到的。
坚持才能实现自己的理想!
3楼2014-08-08 21:52:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

568286346

木虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by jerkwin at 2014-08-08 23:17:40
多做, 一直做到收敛
如果只是为显示平滑, 可以对数据进行插值平滑
中心不一致可能是因为计算时候没有进行坐标变换
http://jerkwin.github.io/2014/05/13/%E7%A9%BA%E9%97%B4%E5%88%86%E5%B8%83%E5%87%BD%E6%95% ...

你指的收敛是什么意思啊?因为我是用MD的方法做的,都是通过分子的坐标让自己编写程序才算出结果的。
坚持才能实现自己的理想!
5楼2014-08-09 08:12:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

568286346

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jerkwin at 2014-08-08 23:17:40
多做, 一直做到收敛
如果只是为显示平滑, 可以对数据进行插值平滑
中心不一致可能是因为计算时候没有进行坐标变换
http://jerkwin.github.io/2014/05/13/%E7%A9%BA%E9%97%B4%E5%88%86%E5%B8%83%E5%87%BD%E6%95% ...

而且,坐标的话我在计算的过程中已经转换成原子单位坐标了。
坚持才能实现自己的理想!
6楼2014-08-09 08:13:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

568286346

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jerkwin at 2014-08-08 23:17:40
多做, 一直做到收敛
如果只是为显示平滑, 可以对数据进行插值平滑
中心不一致可能是因为计算时候没有进行坐标变换
http://jerkwin.github.io/2014/05/13/%E7%A9%BA%E9%97%B4%E5%88%86%E5%B8%83%E5%87%BD%E6%95% ...

我先根据你提供给我的网站的信息先看看能不能解决问题哈,非常感谢。
坚持才能实现自己的理想!
7楼2014-08-09 08:27:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hanhan1020

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你做的是 聚合物分子与 碳纳米管的相互作用吗? 希望以后多多交流
没有读不下的书,只有不努力的自己。
8楼2014-08-09 09:01:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

568286346

木虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by hanhan1020 at 2014-08-09 09:01:30
你做的是 聚合物分子与 碳纳米管的相互作用吗? 希望以后多多交流

没有,我做的是离子液体的。
坚持才能实现自己的理想!
9楼2014-08-09 09:03:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

568286346

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jerkwin at 2014-08-08 23:17:40
多做, 一直做到收敛
如果只是为显示平滑, 可以对数据进行插值平滑
中心不一致可能是因为计算时候没有进行坐标变换
http://jerkwin.github.io/2014/05/13/%E7%A9%BA%E9%97%B4%E5%88%86%E5%B8%83%E5%87%BD%E6%95% ...

大神,我根据你提供的信息重新计算,得到的结果还是和我之前的差不多。我得到的结果始终无法达到图2的效果(图2的厚度很均一,连续性也很好,我得到的结果则厚度不均匀,而且连续性也不是很好,分布图感觉各部分都是孤立的,但觉不像是等值面),不知是体系不同所导致的还是我自己计算过程中出现了问题?
坚持才能实现自己的理想!
10楼2014-08-09 16:13:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 568286346 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085600 295分求调剂 +17 W55j 2026-03-30 21/1050 2026-04-03 01:10 by BruceLiu320
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +5 崔wj 2026-04-02 5/250 2026-04-02 22:54 by pphmily
[考研] 一志愿南开大学0710生物学359求调剂 +6 兔兔兔111223314 2026-03-29 8/400 2026-04-02 22:37 by louise0220
[考研] 312求调剂 +3 赊月色 2026-04-02 4/200 2026-04-02 21:50 by macy2011
[考研] 085602 找调剂 +3 逆时针快乐 2026-04-02 3/150 2026-04-02 21:23 by dongzh2009
[考博] 材料工程专业硕士申博 +3 麟正宇 2026-03-30 3/150 2026-04-02 15:04 by greychen00
[考研] 求调剂推荐 +3 南山南@ 2026-04-01 3/150 2026-04-02 12:09 by xiaoranmu
[考研] 0856初试324分求调剂 +6 想上学求调 2026-04-01 6/300 2026-04-02 11:42 by 星空星月
[考研] 307分求调剂 +14 (o~o) 2026-03-31 15/750 2026-04-01 20:43 by longlotian
[考研] 070300一志愿211,312分求调剂院校 +14 小黄鸭宝 2026-03-30 14/700 2026-04-01 20:19 by 赖春艳
[考研] 290求调剂 +5 dfffsar 2026-03-29 5/250 2026-04-01 19:45 by 6781022
[考研] 262求调剂 +9 励志一定发文章 2026-03-31 10/500 2026-04-01 12:22 by sunshine0013
[考研] 326求调剂 +4 崽崽仔 2026-03-31 4/200 2026-04-01 09:58 by 我的船我的海
[考研] 352分-085602-一志愿985 +6 海纳百川Ly 2026-03-29 6/300 2026-03-31 21:06 by yuq
[考研] 277跪求调剂 +8 1915668 2026-03-27 13/650 2026-03-31 14:58 by 王亮_大连医科大
[考研] 085404 22408 315分 +5 zhuangyan123 2026-03-31 6/300 2026-03-31 13:48 by limeifeng
[考研] 286求调剂 +5 丢掉懒惰 2026-03-27 8/400 2026-03-31 11:27 by Delta2012
[考研] 293求调剂 +3 末未mm 2026-03-30 5/250 2026-03-30 17:23 by 王保杰33
[考研] 328求调剂 +8 嗯滴的基本都 2026-03-27 8/400 2026-03-30 17:20 by Wang200018
[考研] 296求调剂 +10 彼岸t 2026-03-29 10/500 2026-03-30 10:50 by 探123
信息提示
请填处理意见