24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 2938  |  回复: 12

568286346

木虫 (小有名气)

[求助] 空间分布函数 已有2人参与

各位大神,本人最近在学习画空间分布函数的图形,图1是本人自己得到的结果,但是对比图2(J. Am. Chem. Soc. 131, 2009, 15828. )中的空间分布函数图,我画出的图形不平滑而且不是很连续,虽然我尝试把势能面值调小,可以使图形连续起来, 但是图形的厚度很不均一。我把碳管放进去后发现碳管的位置不在中心(见图3)(注明:碳管的坐标没有变动)。请各位大神帮忙分析下问题出在什么地方,非常感谢!

空间分布函数
图1.png


空间分布函数-1
图2.png


空间分布函数-2
图3.png
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

坚持才能实现自己的理想!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jerkwin

专家顾问 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 568286346 at 2014-08-08 21:52:54
我上面的结构是用40000个构型统计平均得到的。...

多做, 一直做到收敛
如果只是为显示平滑, 可以对数据进行插值平滑
中心不一致可能是因为计算时候没有进行坐标变换
http://jerkwin.github.io/2014/05 ... %E5%9B%BE%E7%A4%BA/

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2014-08-08 23:17:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
568286346: 金币+20, ★★★很有帮助 2014-08-09 08:27:43
想要平滑的话, 需要用很多帧构型进行平均
2楼2014-08-08 21:43:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

568286346

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jerkwin at 2014-08-08 21:43:54
想要平滑的话, 需要用很多帧构型进行平均

我上面的结构是用40000个构型统计平均得到的。
坚持才能实现自己的理想!
3楼2014-08-08 21:52:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

568286346

木虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by jerkwin at 2014-08-08 23:17:40
多做, 一直做到收敛
如果只是为显示平滑, 可以对数据进行插值平滑
中心不一致可能是因为计算时候没有进行坐标变换
http://jerkwin.github.io/2014/05/13/%E7%A9%BA%E9%97%B4%E5%88%86%E5%B8%83%E5%87%BD%E6%95% ...

你指的收敛是什么意思啊?因为我是用MD的方法做的,都是通过分子的坐标让自己编写程序才算出结果的。
坚持才能实现自己的理想!
5楼2014-08-09 08:12:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

568286346

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jerkwin at 2014-08-08 23:17:40
多做, 一直做到收敛
如果只是为显示平滑, 可以对数据进行插值平滑
中心不一致可能是因为计算时候没有进行坐标变换
http://jerkwin.github.io/2014/05/13/%E7%A9%BA%E9%97%B4%E5%88%86%E5%B8%83%E5%87%BD%E6%95% ...

而且,坐标的话我在计算的过程中已经转换成原子单位坐标了。
坚持才能实现自己的理想!
6楼2014-08-09 08:13:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

568286346

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jerkwin at 2014-08-08 23:17:40
多做, 一直做到收敛
如果只是为显示平滑, 可以对数据进行插值平滑
中心不一致可能是因为计算时候没有进行坐标变换
http://jerkwin.github.io/2014/05/13/%E7%A9%BA%E9%97%B4%E5%88%86%E5%B8%83%E5%87%BD%E6%95% ...

我先根据你提供给我的网站的信息先看看能不能解决问题哈,非常感谢。
坚持才能实现自己的理想!
7楼2014-08-09 08:27:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hanhan1020

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你做的是 聚合物分子与 碳纳米管的相互作用吗? 希望以后多多交流
没有读不下的书,只有不努力的自己。
8楼2014-08-09 09:01:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

568286346

木虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by hanhan1020 at 2014-08-09 09:01:30
你做的是 聚合物分子与 碳纳米管的相互作用吗? 希望以后多多交流

没有,我做的是离子液体的。
坚持才能实现自己的理想!
9楼2014-08-09 09:03:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

568286346

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jerkwin at 2014-08-08 23:17:40
多做, 一直做到收敛
如果只是为显示平滑, 可以对数据进行插值平滑
中心不一致可能是因为计算时候没有进行坐标变换
http://jerkwin.github.io/2014/05/13/%E7%A9%BA%E9%97%B4%E5%88%86%E5%B8%83%E5%87%BD%E6%95% ...

大神,我根据你提供的信息重新计算,得到的结果还是和我之前的差不多。我得到的结果始终无法达到图2的效果(图2的厚度很均一,连续性也很好,我得到的结果则厚度不均匀,而且连续性也不是很好,分布图感觉各部分都是孤立的,但觉不像是等值面),不知是体系不同所导致的还是我自己计算过程中出现了问题?
坚持才能实现自己的理想!
10楼2014-08-09 16:13:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 568286346 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 295求调剂 +7 愿旅途永远坦然 2026-04-02 7/350 2026-04-03 08:22 by fangshan711
[考研] 一志愿陕西师范大学生物学317分 +5 1563日。 2026-04-02 5/250 2026-04-03 06:58 by ilovexiaobin
[考研] 材料专硕322分 +10 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-02 10/500 2026-04-02 21:46 by dongzh2009
[基金申请] esi高被引论文是不是能对中标有所加分和帮助呢 +4 redcom 2026-04-01 5/250 2026-04-02 20:48 by redcom
[考研] 理学07化学 303求调剂 +16 睿08 2026-03-27 17/850 2026-04-02 13:29 by 七度不信任
[考研] 314求调剂 +11 1xiaojun23 2026-03-31 12/600 2026-04-02 12:31 by 1xiaojun23
[考研] 337求调剂 +11 《树》 2026-03-29 11/550 2026-04-02 10:20 by 不吃魚的貓
[考研] 考研调剂0702 +3 梅子味晚霞 2026-03-28 3/150 2026-04-02 10:10 by jp9609
[考研] 270调剂 +7 maxjxbsk 2026-04-02 7/350 2026-04-02 09:50 by yulian1987
[考研] 材料调剂 +12 一样YWY 2026-04-01 12/600 2026-04-02 00:21 by 百秒光年
[考研] 英一数二生物信息学287分,本科生物科学,求调剂 +3 碧水xyz 2026-03-29 4/200 2026-04-01 15:35 by plum
[考研] 070300求调剂306分 +5 26要上岸 2026-03-27 5/250 2026-04-01 11:09 by oooqiao
[考研] 080200学硕,机械工程专业277分,求带走! +4 瓶子PZ 2026-03-31 4/200 2026-03-31 20:16 by vgtyfty
[考研] 材料工程085601数二英一335求调剂 +5 双马尾痞老板2 2026-03-31 5/250 2026-03-31 19:07 by Wang200018
[考研] 346求调剂 一志愿070303有机化学 +11 萝卜炖青菜 2026-03-28 12/600 2026-03-31 17:54 by xhai2011
[考研] 297 地理学070500 复试求调剂 +3 小圆圈圈ooo 2026-03-30 3/150 2026-03-30 21:05 by 余震yz
[考研] 调剂 +4 GK72 2026-03-30 4/200 2026-03-30 20:32 by dick_runner
[考研] 求调剂 +10 家佳佳佳佳佳 2026-03-29 10/500 2026-03-30 18:34 by 544594351
[考研] 本科新能源科学与工程,一志愿华理能动285求调剂 +3 AZMK 2026-03-27 5/250 2026-03-28 16:19 by xxxsssccc
[考研] 265求调剂 +8 小木虫085600 2026-03-27 8/400 2026-03-27 22:16 by 无际的草原
信息提示
请填处理意见