24小时热门版块排行榜    

查看: 3078  |  回复: 12

568286346

木虫 (小有名气)

[求助] 空间分布函数 已有2人参与

各位大神,本人最近在学习画空间分布函数的图形,图1是本人自己得到的结果,但是对比图2(J. Am. Chem. Soc. 131, 2009, 15828. )中的空间分布函数图,我画出的图形不平滑而且不是很连续,虽然我尝试把势能面值调小,可以使图形连续起来, 但是图形的厚度很不均一。我把碳管放进去后发现碳管的位置不在中心(见图3)(注明:碳管的坐标没有变动)。请各位大神帮忙分析下问题出在什么地方,非常感谢!

空间分布函数
图1.png


空间分布函数-1
图2.png


空间分布函数-2
图3.png
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

坚持才能实现自己的理想!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jerkwin

专家顾问 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 568286346 at 2014-08-08 21:52:54
我上面的结构是用40000个构型统计平均得到的。...

多做, 一直做到收敛
如果只是为显示平滑, 可以对数据进行插值平滑
中心不一致可能是因为计算时候没有进行坐标变换
http://jerkwin.github.io/2014/05 ... %E5%9B%BE%E7%A4%BA/

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2014-08-08 23:17:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
568286346: 金币+20, ★★★很有帮助 2014-08-09 08:27:43
想要平滑的话, 需要用很多帧构型进行平均
2楼2014-08-08 21:43:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

568286346

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jerkwin at 2014-08-08 21:43:54
想要平滑的话, 需要用很多帧构型进行平均

我上面的结构是用40000个构型统计平均得到的。
坚持才能实现自己的理想!
3楼2014-08-08 21:52:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

568286346

木虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by jerkwin at 2014-08-08 23:17:40
多做, 一直做到收敛
如果只是为显示平滑, 可以对数据进行插值平滑
中心不一致可能是因为计算时候没有进行坐标变换
http://jerkwin.github.io/2014/05/13/%E7%A9%BA%E9%97%B4%E5%88%86%E5%B8%83%E5%87%BD%E6%95% ...

你指的收敛是什么意思啊?因为我是用MD的方法做的,都是通过分子的坐标让自己编写程序才算出结果的。
坚持才能实现自己的理想!
5楼2014-08-09 08:12:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

568286346

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jerkwin at 2014-08-08 23:17:40
多做, 一直做到收敛
如果只是为显示平滑, 可以对数据进行插值平滑
中心不一致可能是因为计算时候没有进行坐标变换
http://jerkwin.github.io/2014/05/13/%E7%A9%BA%E9%97%B4%E5%88%86%E5%B8%83%E5%87%BD%E6%95% ...

而且,坐标的话我在计算的过程中已经转换成原子单位坐标了。
坚持才能实现自己的理想!
6楼2014-08-09 08:13:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

568286346

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jerkwin at 2014-08-08 23:17:40
多做, 一直做到收敛
如果只是为显示平滑, 可以对数据进行插值平滑
中心不一致可能是因为计算时候没有进行坐标变换
http://jerkwin.github.io/2014/05/13/%E7%A9%BA%E9%97%B4%E5%88%86%E5%B8%83%E5%87%BD%E6%95% ...

我先根据你提供给我的网站的信息先看看能不能解决问题哈,非常感谢。
坚持才能实现自己的理想!
7楼2014-08-09 08:27:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hanhan1020

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你做的是 聚合物分子与 碳纳米管的相互作用吗? 希望以后多多交流
没有读不下的书,只有不努力的自己。
8楼2014-08-09 09:01:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

568286346

木虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by hanhan1020 at 2014-08-09 09:01:30
你做的是 聚合物分子与 碳纳米管的相互作用吗? 希望以后多多交流

没有,我做的是离子液体的。
坚持才能实现自己的理想!
9楼2014-08-09 09:03:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

568286346

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jerkwin at 2014-08-08 23:17:40
多做, 一直做到收敛
如果只是为显示平滑, 可以对数据进行插值平滑
中心不一致可能是因为计算时候没有进行坐标变换
http://jerkwin.github.io/2014/05/13/%E7%A9%BA%E9%97%B4%E5%88%86%E5%B8%83%E5%87%BD%E6%95% ...

大神,我根据你提供的信息重新计算,得到的结果还是和我之前的差不多。我得到的结果始终无法达到图2的效果(图2的厚度很均一,连续性也很好,我得到的结果则厚度不均匀,而且连续性也不是很好,分布图感觉各部分都是孤立的,但觉不像是等值面),不知是体系不同所导致的还是我自己计算过程中出现了问题?
坚持才能实现自己的理想!
10楼2014-08-09 16:13:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 568286346 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上合作单位盖章 +6 ssyjh 2026-08-27 9/450 2026-09-01 20:01 by huagongfeihu
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +5 bjdxyxy 2026-08-26 5/250 2026-09-01 17:54 by 小伟大博士
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗? +4 瞬息宇宙 2026-08-31 4/200 2026-09-01 14:58 by jiaoxg
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +13 Kittylucky 2026-08-27 14/700 2026-09-01 11:06 by feng6531
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +6 yuleib84 2026-08-26 7/350 2026-08-31 19:46 by 鱼翔浅底1
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
信息提示
请填处理意见