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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 空间分布函数
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568286346

木虫 (小有名气)

[求助] 空间分布函数已有2人参与

各位大神，本人最近在学习画空间分布函数的图形，图1是本人自己得到的结果，但是对比图2（J. Am. Chem. Soc. 131, 2009, 15828. ）中的空间分布函数图，我画出的图形不平滑而且不是很连续，虽然我尝试把势能面值调小，可以使图形连续起来， 但是图形的厚度很不均一。我把碳管放进去后发现碳管的位置不在中心（见图3）（注明：碳管的坐标没有变动）。请各位大神帮忙分析下问题出在什么地方，非常感谢！

空间分布函数
图1.png


空间分布函数-1
图2.png


空间分布函数-2
图3.png
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坚持才能实现自己的理想！
1楼2014-08-08 21:30:54
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568286346

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by hanhan1020 at 2014-08-09 09:01:30
你做的是 聚合物分子与 碳纳米管的相互作用吗？ 希望以后多多交流

没有，我做的是离子液体的。
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坚持才能实现自己的理想！
9楼2014-08-09 09:03:36
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
568286346: 金币+20, ★★★很有帮助 2014-08-09 08:27:43
想要平滑的话, 需要用很多帧构型进行平均
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2楼2014-08-08 21:43:54
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568286346

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jerkwin at 2014-08-08 21:43:54
想要平滑的话, 需要用很多帧构型进行平均

我上面的结构是用40000个构型统计平均得到的。
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坚持才能实现自己的理想！
3楼2014-08-08 21:52:54
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 568286346 at 2014-08-08 21:52:54
我上面的结构是用40000个构型统计平均得到的。...

多做, 一直做到收敛
如果只是为显示平滑, 可以对数据进行插值平滑
中心不一致可能是因为计算时候没有进行坐标变换
http://jerkwin.github.io/2014/05 ... %E5%9B%BE%E7%A4%BA/
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568286346
4楼2014-08-08 23:17:40
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