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merry2004120

银虫 (小有名气)

[求助] 请帮忙看看这个PCR后电泳结果,谢谢! 已有1人参与

质粒大小>7kbp。
目的基因:772bp。
引物:Tm:57°C。
按质粒浓度设了4个梯度,每个梯度分3管,同时进行PCR。

PCR反应条件:
第一阶段:94°C,2min
第二阶段:94°C,30s;52°C,30s;72°C,47s;30个循环
第三阶段:72°C,5min

加样:
孔1:Marker D2000。孔2:产物加到孔外边了。
孔3、4、5:高浓度质粒。
孔6、7、8:中高浓度质粒。
孔9、10、11:中低浓度质粒。
孔12、13、14:低浓度质粒。
孔15:未加样。

结果如图:
图一:电泳20min时拍的。
图二:之后又跑了5min。

问题:我们得到的条带是目的基因还是质粒?为什么同样浓度质粒,三管PCR后有的出现条带,有的没有条带?下一步该怎么做?

希望得到高手指点。
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  • 附件 1 : pcr2014-07-29_13_时_44_分.tif
  • 2014-07-29 21:35:29, 18.55 M
  • 附件 2 : PCR22014-07-29_14_时_01_分.tif
  • 2014-07-29 21:35:54, 14.65 M

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merry2004120

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by kuaile5420 at 2014-07-30 21:06:40
嗯,加入了原质粒,可以看出跑出来的条带不是质粒条带而是PCR产生的条带,但是不是目的基因的条带:我推测由两个原因,其一,可能是你的预变性时间(即你的第一阶段)时间太短,只有两分钟,导致变性不完全,影响了 ...

请问:您所指的鉴定是分光光度计吗?P后电泳不就是为了鉴定吗?
请指教!
5楼2014-07-31 23:27:48
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kuaile5420

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
merry2004120: 金币+1 2014-07-30 20:29:40
你好,看你的电泳结果,根本没有P出来目的片段啊?显示的条带都是大于2000bp的,应该是质粒;是不是你的质粒浓度太高,不利于PCR尝试着做个稀释之后再做一下PCR。
坚持到底就是胜利!
2楼2014-07-30 16:03:38
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merry2004120

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by kuaile5420 at 2014-07-30 16:03:38
你好,看你的电泳结果,根本没有P出来目的片段啊?显示的条带都是大于2000bp的,应该是质粒;是不是你的质粒浓度太高,不利于PCR尝试着做个稀释之后再做一下PCR。

今天又做了一次电泳,左边第一个亮带加的是原始质粒,右边的是Marker,中间所加样品顺序与昨天相同。
感觉P出来的和质粒不在同一水平。

请高手指点!
请帮忙看看这个PCR后电泳结果,谢谢!
质粒+PCR-2014-7-30.jpg

3楼2014-07-30 20:28:43
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kuaile5420

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
merry2004120: 金币+1 2014-07-31 23:35:33
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-08-01 10:31:57
嗯,加入了原质粒,可以看出跑出来的条带不是质粒条带而是PCR产生的条带,但是不是目的基因的条带:我推测由两个原因,其一,可能是你的预变性时间(即你的第一阶段)时间太短,只有两分钟,导致变性不完全,影响了后面的PCR,适当延长一下预变性的时间,eg,5min;其二,可能是引物的问题,引物设计存在问题导致没有P出自己想要的目的基因,而是P出了别的基因,这个就要重新设计引物了。还有一个问题就是有些泳道根本没有条带:推测原因如下,可能是没有提取到质粒,提取之后你做鉴定了吗?是鉴定之后跑的PCR吗?
坚持到底就是胜利!
4楼2014-07-30 21:06:40
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