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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » EMSA/ChIP » 求见染色质-蛋白质同沉淀技术大神交流
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dqtianbin

禁虫 (正式写手)
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1楼 2014-07-25 21:05:14
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蜂鸟404

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-07-28 08:41:32
引用回帖:
5楼: Originally posted by ssssllllnnnn at 2014-07-26 11:33:29
我们这里是常规实验之一。未曾外包过。
我们的对象注意是转录因子与靶基因之间的相互作用。...

我有个问题想问一下，做共沉淀后，把结合染色质DNA的蛋白质用蛋白酶处理后，理论上剩下一些被超生打断的无数小片段，因为打断是随机的，所以会有很多噪音，当然这些序列会有重复，只有通过高通量测序将重复比对才能确定具体的结合序列，不过这样太麻烦，用pcr怎么确定

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8楼2014-07-27 12:01:53
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ssssllllnnnn

至尊木虫 (知名作家)

Translator and Proofreader

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+4, 鼓励回帖交流！ 2014-07-25 22:28:34
gyesang: 回帖置顶 2014-07-25 22:28:36
dqtianbin: 金币+5, ★★★很有帮助, 我们实验室在做一个类似的摸索，他们觉得CHIP太贵了，所以在3C基础上做一个比较便宜的实验，好像也能达到目的，但是一年过了一直没有成功，于是有阴影了。如您说，这个PULL DOWN的抗体看来很重要，自己做的抗体应该不行吧，要是没有商品化的怎么办 2014-07-26 09:13:12
试剂盒不试剂盒都不是问题。如果你对IP熟悉就更不是问题了。ChIP assay就是一个IP实验，完了之后做PCR。本实验的关键不是IP本身，而是对DNA的超声处理。只要这一步做的好，其他完全取决于所用抗体的好坏了。由于在ChIP前细胞做了cross－link处理，所以在超声时和普通细胞是不同的，具体要自己好好摸索一下：自己超声仪器功率的设定、超声时间、时间间隔、超声次数等等，还有细胞cross－link的时间等等，这些都与超声效果有关系。二后者直接决定了你后续ChIP的结果。当然在买抗体时如果可能最好买ChIP级别的，或者他人有成功使用者的。
祝好运！
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2楼2014-07-25 22:11:38
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ssssllllnnnn

至尊木虫 (知名作家)

Translator and Proofreader

【答案】应助回帖

★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-07-26 17:00:44
自己做的抗体不一定就不行的，这个无法判断，只有做了才知道。
其实ChIP没有什么贵的，就是需要抗体。其他都是常规的东西。真的不需要试剂盒，无非几个缓冲液而已。再就是PCR，也无需要多少钱的。
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3楼2014-07-26 10:16:09
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dqtianbin

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
4楼2014-07-26 11:29:37
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