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416158716

金虫 (小有名气)

[求助] 用什么方法可以直接将RCSB PDB转换为charmm要求的PDB格式 已有1人参与

本人同源建模后得到一个结构,想提交到charmm(www.charmming.org)进行分子动力学优化,现在碰到一个问题是这个网站需要将PDB格式转化为charmm的PDB格式,虽然提供了转换的文件,但是由于该方法是基于charmm的软件下进行转换,本人新手,请问有没有什么快捷的方法或网站可以提供进行转换?
       本人也尝试过charmm-gui的转换,但是该网站要求PDB文件先提供的是charmm foice field的力场,这个也不懂,请问有没有懂的大神说说要怎么转换,不胜感激。
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beeMD

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与,应助指数 +1
416158716(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流! 2014-07-08 15:47:57
charmm-gui上选RCSB格式就成,
你也可以用我们的软件 BeeMD.org 做结构优化, 用的CHARMM的力场,能输出CHARMM的PDB, 比CHARMM快些,也好上手,有问题也可到我们群里,我们开发团队可给于无偿帮助,

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7512802&fpage=1

BeeMD开发团队
2楼2014-06-27 18:53:12
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