版块导航: 正在加载中...

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

返回列表

416158716

金虫 (小有名气)

应助: 5 (幼儿园)
金币: 1433.4
红花: 1
帖子: 79
在线: 71.9小时
虫号: 1141424
注册: 2010-11-08
性别: GG
专业: 民族药学

[求助] 用什么方法可以直接将RCSB PDB转换为charmm要求的PDB格式已有1人参与

本人同源建模后得到一个结构，想提交到charmm（www.charmming.org）进行分子动力学优化，现在碰到一个问题是这个网站需要将PDB格式转化为charmm的PDB格式，虽然提供了转换的文件，但是由于该方法是基于charmm的软件下进行转换，本人新手，请问有没有什么快捷的方法或网站可以提供进行转换？
本人也尝试过charmm-gui的转换，但是该网站要求PDB文件先提供的是charmm foice field的力场，这个也不懂，请问有没有懂的大神说说要怎么转换，不胜感激。

回复此楼

» 猜你喜欢

售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急已经有3人回复
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急已经有3人回复
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急已经有3人回复
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急已经有3人回复
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急已经有3人回复
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急已经有3人回复
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急已经有3人回复
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急已经有3人回复
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急已经有3人回复
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急已经有4人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

求帮我将小分子的pdb文件转换成lib/frcmod格式已经有5人回复
我有sdf和mol2文件，请问在什么网站里可以生成PDB格式文件已经有6人回复
小分子pdb格式用prodrg转化为top和gro格式求助已经有4人回复
如何将小分子Jmol格式转化为pdb格式已经有4人回复
求PDB数据库的网址已经有5人回复
请问如何获取小分子的pdb文件已经有13人回复
如何用open babel软件把PDB格式的文件转换成mol2格式？已经有8人回复
如何将pdb文件批量转换为mol2格式文件？已经有10人回复
谁能帮我从PDB库里下一个CDK1 ,CDK2，以及BCL-2蛋白质的PDB结构啊？已经有9人回复
【视频】【教程】PDB数据库的使用——视频教程已经有254人回复
通过蛋白质骨架还原全原子坐标已经有6人回复
有关PDB数据库的使用问题已经有11人回复
如何查找已知蛋白质、酶的结构、空间尺寸大小？已经有4人回复
【求助/交流】为什么RCSB里面查询一个蛋白的结构会有很多有个呢？已经有6人回复
【求助】autodock中PDB转pdbqt格式问题？已经有9人回复
【求助】Autodock的配体处理求助？已经有3人回复
生物信息学专题－生物版，医学版和信息科学版共同创建已经有87人回复

埋头苦干，徒劳无功，心理智清，成就大事

1楼 2014-06-27 14:16:11

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

beeMD

新虫 (初入文坛)

应助: 8 (幼儿园)
金币: 196.3
红花: 5
帖子: 34
在线: 20.3小时
虫号: 2903487
注册: 2013-12-30
专业: 生物大分子结构与功能

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
416158716(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流！ 2014-07-08 15:47:57

charmm-gui上选RCSB格式就成，
你也可以用我们的软件 BeeMD.org 做结构优化，用的CHARMM的力场，能输出CHARMM的PDB, 比CHARMM快些，也好上手，有问题也可到我们群里，我们开发团队可给于无偿帮助，

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7512802&fpage=1

BeeMD开发团队

赞一下(1人)