| 查看: 1341 | 回复: 1 | ||
416158716金虫 (小有名气)
|
[求助]
用什么方法可以直接将RCSB PDB转换为charmm要求的PDB格式 已有1人参与
|
|
本人同源建模后得到一个结构，想提交到charmm（www.charmming.org）进行分子动力学优化，现在碰到一个问题是这个网站需要将PDB格式转化为charmm的PDB格式，虽然提供了转换的文件，但是由于该方法是基于charmm的软件下进行转换，本人新手，请问有没有什么快捷的方法或网站可以提供进行转换？ 本人也尝试过charmm-gui的转换，但是该网站要求PDB文件先提供的是charmm foice field的力场，这个也不懂，请问有没有懂的大神说说要怎么转换，不胜感激。 |
回复此楼» 猜你喜欢
中青基了要发朋友圈吗？
已经有3人回复
-
国自然评审意见
已经有19人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有18人回复
-
我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？
已经有9人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有4人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有5人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有7人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有7人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求帮我将小分子的pdb文件转换成lib/frcmod格式
已经有5人回复
- 我有sdf和mol2文件，请问在什么网站里可以生成PDB格式文件
已经有6人回复
- 小分子pdb格式用prodrg转化为top和gro格式求助
已经有4人回复
- 如何将小分子Jmol格式转化为pdb格式
已经有4人回复
- 求PDB数据库的网址
已经有5人回复
- 请问如何获取小分子的pdb文件
已经有13人回复
- 如何用open babel软件把PDB格式的文件转换成mol2格式？
已经有8人回复
- 如何将pdb文件批量转换为mol2格式文件？
已经有10人回复
- 谁能帮我从PDB库里下一个CDK1 ,CDK2，以及BCL-2蛋白质的PDB结构啊？
已经有9人回复
- 【视频】【教程】PDB数据库的使用——视频教程
已经有254人回复
- 通过蛋白质骨架还原全原子坐标
已经有6人回复
- 有关PDB数据库的使用问题
已经有11人回复
- 如何查找已知蛋白质、酶的结构、空间尺寸大小？
已经有4人回复
- 【求助/交流】为什么RCSB里面查询一个蛋白的结构会有很多有个呢？
已经有6人回复
- 【求助】autodock中PDB转pdbqt格式问题？
已经有9人回复
- 【求助】Autodock的配体处理求助？
已经有3人回复
- 生物信息学专题－生物版，医学版和信息科学版共同创建
已经有87人回复
【答案】应助回帖
★
感谢参与，应助指数 +1
416158716(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流！ 2014-07-08 15:47:57
感谢参与，应助指数 +1
416158716(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流！ 2014-07-08 15:47:57
|
charmm-gui上选RCSB格式就成， 你也可以用我们的软件 BeeMD.org 做结构优化， 用的CHARMM的力场，能输出CHARMM的PDB, 比CHARMM快些，也好上手，有问题也可到我们群里，我们开发团队可给于无偿帮助， http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7512802&fpage=1 BeeMD开发团队 |
2楼2014-06-27 18:53:12
30