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416158716

金虫 (小有名气)

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性别: GG
专业: 民族药学

[求助] 用什么方法可以直接将RCSB PDB转换为charmm要求的PDB格式已有1人参与

本人同源建模后得到一个结构，想提交到charmm（www.charmming.org）进行分子动力学优化，现在碰到一个问题是这个网站需要将PDB格式转化为charmm的PDB格式，虽然提供了转换的文件，但是由于该方法是基于charmm的软件下进行转换，本人新手，请问有没有什么快捷的方法或网站可以提供进行转换？
本人也尝试过charmm-gui的转换，但是该网站要求PDB文件先提供的是charmm foice field的力场，这个也不懂，请问有没有懂的大神说说要怎么转换，不胜感激。

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埋头苦干，徒劳无功，心理智清，成就大事

1楼 2014-06-27 14:16:11

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beeMD

新虫 (初入文坛)

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专业: 生物大分子结构与功能

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
416158716(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流！ 2014-07-08 15:47:57

charmm-gui上选RCSB格式就成，
你也可以用我们的软件 BeeMD.org 做结构优化，用的CHARMM的力场，能输出CHARMM的PDB, 比CHARMM快些，也好上手，有问题也可到我们群里，我们开发团队可给于无偿帮助，

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7512802&fpage=1

BeeMD开发团队

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