应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » EMSA/ChIP » CHIP超声条件请各位做过的大神给点建议
131/2返回列表12下一页
查看: 10833  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 MolEPI ，点击这里进行查看

zxlulurain

新虫 (初入文坛)

[求助] CHIP超声条件请各位做过的大神给点建议 已有3人参与

刚刚开始做chip，实验室是sonics VCX130超声破碎仪，探头是2mm的，要破碎的体积大约是200-400ul，细胞是sw1990和panc-1，请各位做过chip的虫友们给出点点子，超声破碎的条件多少功率，冲击几秒，间歇几秒，几个循环比较合理，可以破碎到所需要的DNA片段。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子生化实验经验积累

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-06-18 11:32:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖置顶 ( 共有1个 )

wallen379

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gyesang: 金币+10, 应助指数+1 2014-07-15 21:56:18
gyesang: MolEPI+1, good ! 2014-07-15 21:56:34
做ChIP第一步就是去确定超声的条件，这个具体超声参数肯定是需要自己去摸索的，因为每个人不同的机器和材料以及溶剂就有不同的方法。
以下是我个人总结的一些超声需要注意的事项：
1.片段长度，如果是只做ChIP-PCR的话在200-1000范围内都可以，因为这个长度便于扩增，而ChIP-seq就得在200-500之间，这个范围便于测序。
2.超声功率，你需要做几个梯度（如10%-60%，或100W-400W），从小到大去测试，太小不能充分打断，太大则过度打断，甚至会过热、起泡。如果是宁波东芝的可能不太稳定，我用的是美国BRANSON的，很稳定，40%比较好。
3.超声时间，你需要做几个梯度（如1min-5min），这个是指总时间，不包括间隔。从短到长，道理同上，我的是4分钟。然后一次on的时间，则1s-30s不等，随你所好，关键是不要超久过度产热，会使你的蛋白变性或起泡，因为溶液里有表面活性剂SDS。我的是一次超10秒，on的总时间4分钟（不包括间隔）。
4.间隔时间，目的是让你的之前单次超神产生的热量冷却下来，10s-2min不等，一般不比on的时间短，我的是30s。
5.循环的总数，也就是超声的总时间，包括间隔，你就根据3和4自己算一下吧。
6.注意事项：a 虽然你的探头是最小的2mm，但是我建议你最好体积不要太小，否则探头容易碰壁或离开液面，散热也不够好；b 整个超声过程最好再冰水混合浴中进行，道理如前； c 我个人经验，用1.5ml的Ep管超声不易起泡。
暂时就想到这么多了，欢迎大家指正。
赞一下(5人) 回复此楼
5楼2014-07-02 23:59:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

茂林修竹7

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gyesang: 金币+3, 鼓励交流！ 2014-06-29 17:23:29
gyesang: 应助指数+1 2014-07-15 21:55:33
超声破碎的时间和功率最好自己摸索一下，超声后跑电泳，确保片段的大小集中在500bp-1kb。
根据你超声仪的参数，你可以试试10%功率，打5s停9s，打8-10次。（我的做法是，直接用手拿着，超声2次放到冰上冷一会）
一定要保证不能出现气泡，我的经验是 超声时探头位于离心管的底部，但是不能接触管壁。
赞一下(2人) 回复此楼
将欲取之必先与之
3楼2014-06-29 16:20:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

by-今夕

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流经验！ 2014-07-15 21:55:20
gyesang: 应助指数+1 2014-07-15 21:55:27
我们这有好像是东芝牌的，300W，超2.5sec，停5sec，超了5min, 条带在300左右。之前借的仪器不知道是什么牌子，用的50%的功率，超了8sec，停30sec，超了10次都没有成功。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2014-06-29 19:57:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zxlulurain(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-06-19 09:13:31
自己动手丰衣足食
DNA片段以500 bp为主时比较合适。
赞一下 回复此楼
2楼2014-06-18 16:43:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

流连客

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 茂林修竹7 at 2014-06-29 16:20:28
超声破碎的时间和功率最好自己摸索一下，超声后跑电泳，确保片段的大小集中在500bp-1kb。
根据你超声仪的参数，你可以试试10%功率，打5s停9s，打8-10次。（我的做法是，直接用手拿着，超声2次放到冰上冷一会）
一 ...

刚接触CHIP,请教个问题,为什么不能出现气泡？
赞一下 回复此楼
6楼2014-08-07 22:49:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

流连客

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by wallen379 at 2014-07-02 23:59:56
做ChIP第一步就是去确定超声的条件，这个具体超声参数肯定是需要自己去摸索的，因为每个人不同的机器和材料以及溶剂就有不同的方法。
以下是我个人总结的一些超声需要注意的事项：
1.片段长度，如果是只做ChIP-PC ...

请问你有没有用过covaris s220的超声仪？实验室按照200bp推荐参数总是得到100左右或100bp以下的片段。
赞一下 回复此楼
7楼2014-08-07 22:52:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanfan3570

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 流连客 at 2014-08-07 22:52:55
请问你有没有用过covaris s220的超声仪？实验室按照200bp推荐参数总是得到100左右或100bp以下的片段。...

我们这边用的Covaris M220做的，老是打不下来，片段特别大，能问一下，你那边打断的之前样品是怎么处理的呀？甲醛交联，甘氨酸终止交联清洗干净以后的，到打断之前的。

我觉得你可以根据推荐的参数，把打断时间减小一些试一下
赞一下 回复此楼
8楼2014-11-12 11:50:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanfan3570

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by by-今夕 at 2014-06-29 19:57:28
我们这有好像是东芝牌的，300W，超2.5sec，停5sec，超了5min, 条带在300左右。之前借的仪器不知道是什么牌子，用的50%的功率，超了8sec，停30sec，超了10次都没有成功。

我们实验室也是用的东芝的，但是一直打不下来，想问一下，你们甲醛交联，用甘氨酸终止以后，到打断之前的实验步骤能告诉我一下吗？特别是buffer的配方，我用打得是人的细胞系，想做CHIP-seq
赞一下 回复此楼
9楼2014-11-12 12:20:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xingzhikong

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by wallen379 at 2014-07-02 23:59:56
做ChIP第一步就是去确定超声的条件，这个具体超声参数肯定是需要自己去摸索的，因为每个人不同的机器和材料以及溶剂就有不同的方法。
以下是我个人总结的一些超声需要注意的事项：
1.片段长度，如果是只做ChIP-PC ...

怎么，才能不起泡？我每次超声 都会起泡？？求助啊
赞一下 回复此楼
努力吧~~~
10楼2015-07-15 13:00:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zxlulurain 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 280求调剂 +6 咕噜晓晓 2026-03-18 7/350 2026-03-18 11:25 by 无际的草原
[考研] 0703化学调剂 +3 pupcoco 2026-03-17 6/300 2026-03-18 10:11 by macy2011
[考研] 化学工程321分求调剂 +13 大米饭！ 2026-03-15 16/800 2026-03-18 09:48 by zhukairuo
[考研] 265求调剂 +3 梁梁校校 2026-03-17 3/150 2026-03-18 09:12 by zhukairuo
[考博] 26博士申请 +3 1042136743 2026-03-17 3/150 2026-03-17 23:30 by 轻松不少随
[考研] 341求调剂 +5 捣蛋猪猪 2026-03-11 7/350 2026-03-17 19:09 by 捣蛋猪猪
[考研] 328求调剂，英语六级551，有科研经历 +3 生物工程调剂 2026-03-16 8/400 2026-03-17 19:03 by Wangjingyue
[考研] 26考研求调剂 +6 丶宏Sir 2026-03-13 6/300 2026-03-17 16:13 by 醉在风里
[考研] 一志愿苏州大学材料工程（085601）专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +6 大火山小火山 2026-03-16 8/400 2026-03-17 15:05 by 无懈可击111
[考研] 一志愿，福州大学材料专硕339分求调剂 +3 木子momo青争 2026-03-15 3/150 2026-03-17 07:52 by laoshidan
[基金申请] 今年的国基金是打分制吗？ 50+3 zhanghaozhu 2026-03-14 3/150 2026-03-16 17:07 by 北京莱茵润色
[考研] 中科院材料273求调剂 +4 yzydy 2026-03-15 4/200 2026-03-16 15:59 by Gaodh_82
[考研] 材料与化工一志愿南昌大学327求调剂推荐 +7 Ncdx123456 2026-03-13 8/400 2026-03-16 12:15 by karry wen
[考研] 复试调剂 +4 z1z2z3879 2026-03-14 5/250 2026-03-14 16:30 by JourneyLucky
[考研] 297求调剂 +4 学海漂泊 2026-03-13 4/200 2026-03-14 11:51 by 热情沙漠
[考研] 【0703化学调剂】-一志愿华中师范大学-六级475 +5 Becho359 2026-03-11 5/250 2026-03-14 11:35 by 哦哦123
[考研] 266求调剂 +4 学员97LZgn 2026-03-13 4/200 2026-03-14 08:37 by zhukairuo
[考研] 314求调剂 +7 无懈可击的巨人 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:40 by JourneyLucky
[考研] 328化工专硕求调剂 +4 。，。，。，。i 2026-03-12 4/200 2026-03-13 14:44 by JourneyLucky
[考研] 0856化学工程280分求调剂 +4 shenzxsn 2026-03-11 4/200 2026-03-13 11:55 by ymwdoctor
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭