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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » EMSA/ChIP » CHIP超声条件请各位做过的大神给点建议
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zxlulurain

新虫 (初入文坛)

[求助] CHIP超声条件请各位做过的大神给点建议 已有3人参与

刚刚开始做chip，实验室是sonics VCX130超声破碎仪，探头是2mm的，要破碎的体积大约是200-400ul，细胞是sw1990和panc-1，请各位做过chip的虫友们给出点点子，超声破碎的条件多少功率，冲击几秒，间歇几秒，几个循环比较合理，可以破碎到所需要的DNA片段。
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1楼 2014-06-18 11:32:25
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流连客

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by wallen379 at 2014-07-02 23:59:56
做ChIP第一步就是去确定超声的条件，这个具体超声参数肯定是需要自己去摸索的，因为每个人不同的机器和材料以及溶剂就有不同的方法。
以下是我个人总结的一些超声需要注意的事项：
1.片段长度，如果是只做ChIP-PC ...

请问你有没有用过covaris s220的超声仪？实验室按照200bp推荐参数总是得到100左右或100bp以下的片段。
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7楼2014-08-07 22:52:55
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zxlulurain(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-06-19 09:13:31
自己动手丰衣足食
DNA片段以500 bp为主时比较合适。
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2楼2014-06-18 16:43:29
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茂林修竹7

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gyesang: 金币+3, 鼓励交流！ 2014-06-29 17:23:29
gyesang: 应助指数+1 2014-07-15 21:55:33
超声破碎的时间和功率最好自己摸索一下，超声后跑电泳，确保片段的大小集中在500bp-1kb。
根据你超声仪的参数，你可以试试10%功率，打5s停9s，打8-10次。（我的做法是，直接用手拿着，超声2次放到冰上冷一会）
一定要保证不能出现气泡，我的经验是 超声时探头位于离心管的底部，但是不能接触管壁。
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将欲取之必先与之
3楼2014-06-29 16:20:28
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by-今夕

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流经验！ 2014-07-15 21:55:20
gyesang: 应助指数+1 2014-07-15 21:55:27
我们这有好像是东芝牌的，300W，超2.5sec，停5sec，超了5min, 条带在300左右。之前借的仪器不知道是什么牌子，用的50%的功率，超了8sec，停30sec，超了10次都没有成功。
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4楼2014-06-29 19:57:28
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