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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » EMSA/ChIP » CHIP超声条件请各位做过的大神给点建议
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wallen379

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gyesang: 金币+10, 应助指数+1 2014-07-15 21:56:18
gyesang: MolEPI+1, good ! 2014-07-15 21:56:34
做ChIP第一步就是去确定超声的条件，这个具体超声参数肯定是需要自己去摸索的，因为每个人不同的机器和材料以及溶剂就有不同的方法。
以下是我个人总结的一些超声需要注意的事项：
1.片段长度，如果是只做ChIP-PCR的话在200-1000范围内都可以，因为这个长度便于扩增，而ChIP-seq就得在200-500之间，这个范围便于测序。
2.超声功率，你需要做几个梯度（如10%-60%，或100W-400W），从小到大去测试，太小不能充分打断，太大则过度打断，甚至会过热、起泡。如果是宁波东芝的可能不太稳定，我用的是美国BRANSON的，很稳定，40%比较好。
3.超声时间，你需要做几个梯度（如1min-5min），这个是指总时间，不包括间隔。从短到长，道理同上，我的是4分钟。然后一次on的时间，则1s-30s不等，随你所好，关键是不要超久过度产热，会使你的蛋白变性或起泡，因为溶液里有表面活性剂SDS。我的是一次超10秒，on的总时间4分钟（不包括间隔）。
4.间隔时间，目的是让你的之前单次超神产生的热量冷却下来，10s-2min不等，一般不比on的时间短，我的是30s。
5.循环的总数，也就是超声的总时间，包括间隔，你就根据3和4自己算一下吧。
6.注意事项：a 虽然你的探头是最小的2mm，但是我建议你最好体积不要太小，否则探头容易碰壁或离开液面，散热也不够好；b 整个超声过程最好再冰水混合浴中进行，道理如前； c 我个人经验，用1.5ml的Ep管超声不易起泡。
暂时就想到这么多了，欢迎大家指正。
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5楼2014-07-02 23:59:56
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