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zxlulurain新虫 (初入文坛)
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CHIP超声条件请各位做过的大神给点建议 已有3人参与
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| 刚刚开始做chip，实验室是sonics VCX130超声破碎仪，探头是2mm的，要破碎的体积大约是200-400ul，细胞是sw1990和panc-1，请各位做过chip的虫友们给出点点子，超声破碎的条件多少功率，冲击几秒，间歇几秒，几个循环比较合理，可以破碎到所需要的DNA片段。 |
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 分子生化实验经验积累 |
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【答案】应助回帖
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gyesang: 金币+10, 应助指数+1 2014-07-15 21:56:18
gyesang: MolEPI+1, good ! 2014-07-15 21:56:34
gyesang: 金币+10, 应助指数+1 2014-07-15 21:56:18
gyesang: MolEPI+1, good ! 2014-07-15 21:56:34
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做ChIP第一步就是去确定超声的条件，这个具体超声参数肯定是需要自己去摸索的，因为每个人不同的机器和材料以及溶剂就有不同的方法。 以下是我个人总结的一些超声需要注意的事项： 1.片段长度，如果是只做ChIP-PCR的话在200-1000范围内都可以，因为这个长度便于扩增，而ChIP-seq就得在200-500之间，这个范围便于测序。 2.超声功率，你需要做几个梯度（如10%-60%，或100W-400W），从小到大去测试，太小不能充分打断，太大则过度打断，甚至会过热、起泡。如果是宁波东芝的可能不太稳定，我用的是美国BRANSON的，很稳定，40%比较好。 3.超声时间，你需要做几个梯度（如1min-5min），这个是指总时间，不包括间隔。从短到长，道理同上，我的是4分钟。然后一次on的时间，则1s-30s不等，随你所好，关键是不要超久过度产热，会使你的蛋白变性或起泡，因为溶液里有表面活性剂SDS。我的是一次超10秒，on的总时间4分钟（不包括间隔）。 4.间隔时间，目的是让你的之前单次超神产生的热量冷却下来，10s-2min不等，一般不比on的时间短，我的是30s。 5.循环的总数，也就是超声的总时间，包括间隔，你就根据3和4自己算一下吧。 6.注意事项：a 虽然你的探头是最小的2mm，但是我建议你最好体积不要太小，否则探头容易碰壁或离开液面，散热也不够好；b 整个超声过程最好再冰水混合浴中进行，道理如前； c 我个人经验，用1.5ml的Ep管超声不易起泡。 暂时就想到这么多了，欢迎大家指正。 |
5楼2014-07-02 23:59:56
jurkat.1640
至尊木虫 (文坛精英)
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