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zxlulurain

新虫 (初入文坛)

[求助] CHIP超声条件请各位做过的大神给点建议 已有3人参与

刚刚开始做chip,实验室是sonics VCX130超声破碎仪,探头是2mm的,要破碎的体积大约是200-400ul,细胞是sw1990和panc-1,请各位做过chip的虫友们给出点点子,超声破碎的条件多少功率,冲击几秒,间歇几秒,几个循环比较合理,可以破碎到所需要的DNA片段。
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fanfan3570

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 流连客 at 2014-08-07 22:52:55
请问你有没有用过covaris s220的超声仪?实验室按照200bp推荐参数总是得到100左右或100bp以下的片段。...

我们这边用的Covaris M220做的,老是打不下来,片段特别大,能问一下,你那边打断的之前样品是怎么处理的呀?甲醛交联,甘氨酸终止交联清洗干净以后的,到打断之前的。

我觉得你可以根据推荐的参数,把打断时间减小一些试一下
8楼2014-11-12 11:50:26
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查看全部 13 个回答

jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
zxlulurain(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-06-19 09:13:31
自己动手丰衣足食
DNA片段以500 bp为主时比较合适。
2楼2014-06-18 16:43:29
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茂林修竹7

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gyesang: 金币+3, 鼓励交流! 2014-06-29 17:23:29
gyesang: 应助指数+1 2014-07-15 21:55:33
超声破碎的时间和功率最好自己摸索一下,超声后跑电泳,确保片段的大小集中在500bp-1kb。
根据你超声仪的参数,你可以试试10%功率,打5s停9s,打8-10次。(我的做法是,直接用手拿着,超声2次放到冰上冷一会)
一定要保证不能出现气泡,我的经验是 超声时探头位于离心管的底部,但是不能接触管壁。
将欲取之必先与之
3楼2014-06-29 16:20:28
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by-今夕

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流经验! 2014-07-15 21:55:20
gyesang: 应助指数+1 2014-07-15 21:55:27
我们这有好像是东芝牌的,300W,超2.5sec,停5sec,超了5min, 条带在300左右。之前借的仪器不知道是什么牌子,用的50%的功率,超了8sec,停30sec,超了10次都没有成功。
4楼2014-06-29 19:57:28
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