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CHIP超声条件请各位做过的大神给点建议
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zxlulurain
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专业: 胰腺外分泌功能异常与胰腺
[
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CHIP超声条件请各位做过的大神给点建议
已有3人参与
刚刚开始做chip,实验室是sonics VCX130超声破碎仪,探头是2mm的,要破碎的体积大约是200-400ul,细胞是sw1990和panc-1,请各位做过chip的虫友们给出点点子,超声破碎的条件多少功率,冲击几秒,间歇几秒,几个循环比较合理,可以破碎到所需要的DNA片段。
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1楼
2014-06-18 11:32:25
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fanfan3570
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专业: 生物化学
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4楼
:
Originally posted by
by-今夕
at 2014-06-29 19:57:28
我们这有好像是东芝牌的,300W,超2.5sec,停5sec,超了5min, 条带在300左右。之前借的仪器不知道是什么牌子,用的50%的功率,超了8sec,停30sec,超了10次都没有成功。
我们实验室也是用的东芝的,但是一直打不下来,想问一下,你们甲醛交联,用甘氨酸终止以后,到打断之前的实验步骤能告诉我一下吗?特别是buffer的配方,我用打得是人的细胞系,想做CHIP-seq
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9楼
2014-11-12 12:20:28
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jurkat.1640
至尊木虫
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专业: 病毒学
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感谢参与,应助指数 +1
zxlulurain(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流
2014-06-19 09:13:31
自己动手丰衣足食
DNA片段以500 bp为主时比较合适。
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2楼
2014-06-18 16:43:29
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茂林修竹7
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性别: GG
专业: 作物种质资源与遗传育种学
【答案】应助回帖
★ ★ ★
gyesang: 金币+3, 鼓励交流!
2014-06-29 17:23:29
gyesang: 应助指数+1
2014-07-15 21:55:33
超声破碎的时间和功率最好自己摸索一下,超声后跑电泳,确保片段的大小集中在500bp-1kb。
根据你超声仪的参数,你可以试试10%功率,打5s停9s,打8-10次。(我的做法是,直接用手拿着,超声2次放到冰上冷一会)
一定要保证不能出现气泡,我的经验是 超声时探头位于离心管的底部,但是不能接触管壁。
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将欲取之必先与之
3楼
2014-06-29 16:20:28
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by-今夕
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虫号: 2872892
注册: 2013-12-15
【答案】应助回帖
★ ★ ★
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流经验!
2014-07-15 21:55:20
gyesang: 应助指数+1
2014-07-15 21:55:27
我们这有好像是东芝牌的,300W,超2.5sec,停5sec,超了5min, 条带在300左右。之前借的仪器不知道是什么牌子,用的50%的功率,超了8sec,停30sec,超了10次都没有成功。
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4楼
2014-06-29 19:57:28
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