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tim562944200

金虫 (小有名气)

[求助] lammps中界面的建立 已有2人参与

想用lammps做一个这样的模拟,两种不同气体,先用npt跑平衡,各自稳定到指定的温度和压力,之后两者放到一个模拟盒里,想求两者界面的性质,请高手指导如何实现?lammps有这种命令吗?或者用region命令能否实现?
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xy515258

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:58:45
可以输出两个模拟的坐标文件 然后将两个文件的坐标改一下之后写成data文件再让lammps读嘛
2楼2014-05-12 16:17:41
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tim562944200

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by xy515258 at 2014-05-12 16:17:41
可以输出两个模拟的坐标文件 然后将两个文件的坐标改一下之后写成data文件再让lammps读嘛

这个工作量有点大啊,有没有简单点的,比如我建立一个模拟盒,分成两个region,分别 fix npt,跑一段时间,然后再统一进行nvt
3楼2014-05-12 22:53:40
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tim562944200

金虫 (小有名气)

自己顶··
4楼2014-05-14 12:44:13
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xy515258

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
tim562944200: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-05-15 11:14:43
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:58:51
也可以啊    我看你一开始说要放到一个盒子就以为你是要分开跑         可以定两个group    然后一个group进行fix npt的时候另一个group冻结住    就用fix setforce 0 0 0 吧    或者取消该group原子之间的力也是可以的吧
5楼2014-05-14 21:27:42
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tim562944200

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by xy515258 at 2014-05-14 21:27:42
也可以啊    我看你一开始说要放到一个盒子就以为你是要分开跑         可以定两个group    然后一个group进行fix npt的时候另一个group冻结住    就用fix setforce 0 0 0 吧    或者取消该group原子之间的力也是可 ...

恩,我也是这么解决的,但是又有一个问题,两边分别跑完之后,我想统一的进行nvt模拟,但是发现提示原子丢失,我认为是分子间势能太大的原因,如果我在跑nvt之前再进行一个能量最小化,会影响前边npt的结果吗?
6楼2014-05-15 11:14:30
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xqyan

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by tim562944200 at 2014-05-15 11:14:30
恩,我也是这么解决的,但是又有一个问题,两边分别跑完之后,我想统一的进行nvt模拟,但是发现提示原子丢失,我认为是分子间势能太大的原因,如果我在跑nvt之前再进行一个能量最小化,会影响前边npt的结果吗?...

我想做一个固体液体固体的夹层结构,分别用两个系统得到液体和固体位形结构,怎么实现两者放到一个系统里呢??谢~
7楼2014-08-27 16:01:55
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xqyan

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by xy515258 at 2014-05-12 16:17:41
可以输出两个模拟的坐标文件 然后将两个文件的坐标改一下之后写成data文件再让lammps读嘛

请问你做过这种两相结构吗~想向您请教些问题
8楼2014-08-27 17:06:00
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匿名

用户注销 (正式写手)

本帖仅楼主可见
9楼2014-08-29 17:07:21
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匿名

用户注销 (正式写手)

本帖仅楼主可见
10楼2014-08-29 17:09:17
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