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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps中界面的建立
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tim562944200

金虫 (小有名气)

[求助] lammps中界面的建立 已有2人参与

想用lammps做一个这样的模拟，两种不同气体，先用npt跑平衡，各自稳定到指定的温度和压力，之后两者放到一个模拟盒里，想求两者界面的性质，请高手指导如何实现？lammps有这种命令吗？或者用region命令能否实现？
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1楼 2014-05-12 13:59:08
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xy515258

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:58:45
可以输出两个模拟的坐标文件 然后将两个文件的坐标改一下之后写成data文件再让lammps读嘛
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2楼2014-05-12 16:17:41
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tim562944200

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xy515258 at 2014-05-12 16:17:41
可以输出两个模拟的坐标文件 然后将两个文件的坐标改一下之后写成data文件再让lammps读嘛

这个工作量有点大啊，有没有简单点的，比如我建立一个模拟盒，分成两个region，分别 fix npt,跑一段时间，然后再统一进行nvt
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3楼2014-05-12 22:53:40
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tim562944200

金虫 (小有名气)
自己顶··
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4楼2014-05-14 12:44:13
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xy515258

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
tim562944200: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-05-15 11:14:43
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:58:51
也可以啊    我看你一开始说要放到一个盒子就以为你是要分开跑         可以定两个group    然后一个group进行fix npt的时候另一个group冻结住    就用fix setforce 0 0 0 吧    或者取消该group原子之间的力也是可以的吧
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5楼2014-05-14 21:27:42
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tim562944200

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xy515258 at 2014-05-14 21:27:42
也可以啊    我看你一开始说要放到一个盒子就以为你是要分开跑         可以定两个group    然后一个group进行fix npt的时候另一个group冻结住    就用fix setforce 0 0 0 吧    或者取消该group原子之间的力也是可 ...

恩，我也是这么解决的，但是又有一个问题，两边分别跑完之后，我想统一的进行nvt模拟,但是发现提示原子丢失，我认为是分子间势能太大的原因，如果我在跑nvt之前再进行一个能量最小化，会影响前边npt的结果吗？
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6楼2014-05-15 11:14:30
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xqyan

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by tim562944200 at 2014-05-15 11:14:30
恩，我也是这么解决的，但是又有一个问题，两边分别跑完之后，我想统一的进行nvt模拟,但是发现提示原子丢失，我认为是分子间势能太大的原因，如果我在跑nvt之前再进行一个能量最小化，会影响前边npt的结果吗？...

我想做一个固体液体固体的夹层结构，分别用两个系统得到液体和固体位形结构，怎么实现两者放到一个系统里呢？？谢~
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7楼2014-08-27 16:01:55
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xqyan

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xy515258 at 2014-05-12 16:17:41
可以输出两个模拟的坐标文件 然后将两个文件的坐标改一下之后写成data文件再让lammps读嘛

请问你做过这种两相结构吗~想向您请教些问题
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8楼2014-08-27 17:06:00
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匿名

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9楼2014-08-29 17:07:21
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匿名

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10楼2014-08-29 17:09:17
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