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paopaotu326

金虫 (正式写手)

[求助] 电荷密度图缺少原子 已有2人参与

大家好，我是新手，最近在学习电荷密度图和差分电荷密度图的做法，我根据学习的结果，得出两个结论：
（1）电荷密度图，就是对于一个分子AB2，进行静态自洽计算后，得到CHGCAR文件，然后直接作图，得到电荷密度图；
（2）差分电荷密度图，就是对这个分子构成的元素A和B，分别计算其CHGCAR后，得到CHGCAR1和CHGCAR2，用（1）得到的电荷密度，减去CHGCAR1和CHGCAR2*2，就是差分密度了。
     不知分析对否？请大家帮助了。
      如果正确，问题来了，大家看我下面的图1，是SnO2的电荷密度图，为什么小的O原子都有显示出计算的电荷密度分布，而大原子的Sn为什么没有显示出来？我用vesta来取截面，结果一样，只显示O原子，没有Sn原子，可图2上清楚看出来，Sn原子和氧原子在（1 -1 0）面上是共面的，图3中却少了Sn原子的电荷密度？
      百思不得其解，是不是计算的时候哪里设置不对？还是我对电荷密度图的理解有差？
      请大家帮忙吧！多谢了！

电荷密度图缺少原子
图1.jpg


电荷密度图缺少原子-1
图2.jpg


电荷密度图缺少原子-2
图3.jpg
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1楼 2014-05-05 16:28:28
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paopaotu326

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 苦行客 at 2014-05-06 08:05:53
你做的应该是差分电荷没错，在SnO2 体系里面，本就是O原子周围电荷密度比较多的，你想看到Sn原子的电荷，可以吧iso设置的小一点即可，iso在vesta设置！

是调整：objects\properties\isosurface\isosurface level 这个参数吗？
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7楼2014-05-06 09:04:09
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-05-05 23:20:22
paopaotu326: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-05-06 09:29:37
你的理解是正确的，纠正一点：你做的是电荷密度差。

在你的电荷密度文件中，金属原子周围没有电荷分布，这是正常的。因为你这个是离子化合物。电子都跑到O周围去了，那么电子云的分布就会出现你现在的情况。若是你想看到更细致一些的分布，就把ISO的值小一些，可以调到你满意为止。
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2楼2014-05-05 20:21:55
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paopaotu326

金虫 (正式写手)
首先谢谢楼上，我有点明白了，但还是没有彻底明白，继续向您请教：
（1）您说我做得是“电荷密度差”？不是太明白啊。
（2）ISO的值是指哪个软件？做这个的软件太多了？
（3）我做了掺杂其它金属的结构，就可以清楚地看到它的电荷密度了，您看下图：
完蛋，这下没有办法传图了，反正就是我用一个Pd原子取代了一个Sn原子，就可以作出来相应的电荷密度图了。这是不是意味着取代Sn的Pd原子没有失去4个电子，周围还有电子，所以才能看到它周围有电荷分布？

话说，发表新帖的时候，底下可以贴上图片附件，现在回复就没有这个按钮啦，管理员出来帮忙下？嘿嘿：）
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3楼2014-05-06 07:51:24
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paopaotu326

金虫 (正式写手)
http://pan.baidu.com/s/1mgukIIs
这个是刚刚学着弄的百度网盘的公开链接，也不知能不能dai'k打开呢，就是上面的图4
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4楼2014-05-06 07:54:49
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