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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 电荷密度图缺少原子
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paopaotu326

金虫 (正式写手)

[求助] 电荷密度图缺少原子 已有2人参与

大家好，我是新手，最近在学习电荷密度图和差分电荷密度图的做法，我根据学习的结果，得出两个结论：
（1）电荷密度图，就是对于一个分子AB2，进行静态自洽计算后，得到CHGCAR文件，然后直接作图，得到电荷密度图；
（2）差分电荷密度图，就是对这个分子构成的元素A和B，分别计算其CHGCAR后，得到CHGCAR1和CHGCAR2，用（1）得到的电荷密度，减去CHGCAR1和CHGCAR2*2，就是差分密度了。
     不知分析对否？请大家帮助了。
      如果正确，问题来了，大家看我下面的图1，是SnO2的电荷密度图，为什么小的O原子都有显示出计算的电荷密度分布，而大原子的Sn为什么没有显示出来？我用vesta来取截面，结果一样，只显示O原子，没有Sn原子，可图2上清楚看出来，Sn原子和氧原子在（1 -1 0）面上是共面的，图3中却少了Sn原子的电荷密度？
      百思不得其解，是不是计算的时候哪里设置不对？还是我对电荷密度图的理解有差？
      请大家帮忙吧！多谢了！

电荷密度图缺少原子
图1.jpg


电荷密度图缺少原子-1
图2.jpg


电荷密度图缺少原子-2
图3.jpg
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1楼 2014-05-05 16:28:28
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paopaotu326

金虫 (正式写手)
首先谢谢楼上，我有点明白了，但还是没有彻底明白，继续向您请教：
（1）您说我做得是“电荷密度差”？不是太明白啊。
（2）ISO的值是指哪个软件？做这个的软件太多了？
（3）我做了掺杂其它金属的结构，就可以清楚地看到它的电荷密度了，您看下图：
完蛋，这下没有办法传图了，反正就是我用一个Pd原子取代了一个Sn原子，就可以作出来相应的电荷密度图了。这是不是意味着取代Sn的Pd原子没有失去4个电子，周围还有电子，所以才能看到它周围有电荷分布？

话说，发表新帖的时候，底下可以贴上图片附件，现在回复就没有这个按钮啦，管理员出来帮忙下？嘿嘿：）
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3楼2014-05-06 07:51:24
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paopaotu326

金虫 (正式写手)
http://pan.baidu.com/s/1mgukIIs
这个是刚刚学着弄的百度网盘的公开链接，也不知能不能dai'k打开呢，就是上面的图4
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4楼2014-05-06 07:54:49
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paopaotu326

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 苦行客 at 2014-05-06 08:05:53
你做的应该是差分电荷没错，在SnO2 体系里面，本就是O原子周围电荷密度比较多的，你想看到Sn原子的电荷，可以吧iso设置的小一点即可，iso在vesta设置！

是调整：objects\properties\isosurface\isosurface level 这个参数吗？
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7楼2014-05-06 09:04:09
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paopaotu326

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by mywai520 at 2014-05-06 08:20:51
电荷密度差分两种：你做的是差分电荷密度图，^_^！！！你也可以看出来是三个电荷密度的差，若是二次差分，那就不一样了。不好意思，你的说法没错，但是容易产生理解上的问题。这个问题不纠正了，只要理解就好了，你 ...

我晕了，您看我在论坛里查到的描述：
VASP与电荷密度差
   一般分为：差分电荷密度图(deformation charge density)，二次差分电荷密度图(difference charge density)
两者的区别有很多种说法，其中一种定义认为：
     差分电荷定义为成键后的电荷密度与对应的点的原子电荷密度之差。通过差分电荷密度的计算和分析，可以清楚地得到在成键和成键电子耦合过程中的电荷移动以及成键极化方向等性质。
     “二次”是指同一个体系化学成分或者几何构型改变之后电荷的重新分布。
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8楼2014-05-06 09:05:37
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paopaotu326

金虫 (正式写手)
楼上好，我给你回复了一条信息，您是不是说：
对SnO2进行静态自洽后得到的CHGCAR文件，就是“差分电荷密度”，然后再减来减去的，才是“二次差分”，也就是说，要分析掺杂前后德变化，需要把掺杂前后得到的两个CHGCAR文件相减后才是掺杂前后的“二次差分”？
   这样理解对了吧，嘿嘿嘿：）
   另外，vesta里面调整isosurface level不会影响实际电荷密度吧，只要所有研究对象的这个值保持一致？
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10楼2014-05-06 09:09:16
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paopaotu326

金虫 (正式写手)
回5楼，我已经把iso level 调整到0。00001了，还是看不到Sn原子的电荷啊，
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11楼2014-05-06 09:28:57
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paopaotu326

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 苦行客 at 2014-05-06 08:05:53
你做的应该是差分电荷没错，在SnO2 体系里面，本就是O原子周围电荷密度比较多的，你想看到Sn原子的电荷，可以吧iso设置的小一点即可，iso在vesta设置！

调到0.0001了还是看不到Sn的电荷啊，哭
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12楼2014-05-06 09:30:26
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paopaotu326

金虫 (正式写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by mywai520 at 2014-05-06 09:34:12
静态计算是电荷密度图，你剪掉了才是差分。对于前面我没有说清楚导致的误导，我表示抱歉。

不会，这只是显示的问题，且你做文章，必须把这个值给出。审稿人一看就明白

这下清楚了，嘿嘿：）
还有问题啊，就是那个isosurfece level的调整，我都调整到0。0001了，还是得不到Sn原子的电荷图，而且我发现，其实调整到0。05就已经是极限了，再往下调都没有什么作用了。咋办呢？
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14楼2014-05-06 09:41:25
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paopaotu326

金虫 (正式写手)
我就很奇怪了，SnO2是离子性很强的物质，如果实在调不出来也可以理解，但有的文章竟然能把本征SnO2的电荷密度图作出来，里面有Sn原子啊，我太郁闷了
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15楼2014-05-06 09:43:27
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