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paopaotu326

金虫 (正式写手)

[求助] 电荷密度图缺少原子已有2人参与

大家好,我是新手,最近在学习电荷密度图和差分电荷密度图的做法,我根据学习的结果,得出两个结论:
(1)电荷密度图,就是对于一个分子AB2,进行静态自洽计算后,得到CHGCAR文件,然后直接作图,得到电荷密度图;
(2)差分电荷密度图,就是对这个分子构成的元素A和B,分别计算其CHGCAR后,得到CHGCAR1和CHGCAR2,用(1)得到的电荷密度,减去CHGCAR1和CHGCAR2*2,就是差分密度了。
     不知分析对否?请大家帮助了。
      如果正确,问题来了,大家看我下面的图1,是SnO2的电荷密度图,为什么小的O原子都有显示出计算的电荷密度分布,而大原子的Sn为什么没有显示出来?我用vesta来取截面,结果一样,只显示O原子,没有Sn原子,可图2上清楚看出来,Sn原子和氧原子在(1 -1 0)面上是共面的,图3中却少了Sn原子的电荷密度?
      百思不得其解,是不是计算的时候哪里设置不对?还是我对电荷密度图的理解有差?
      请大家帮忙吧!多谢了!

电荷密度图缺少原子
图1.jpg


电荷密度图缺少原子-1
图2.jpg


电荷密度图缺少原子-2
图3.jpg
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-05-05 23:20:22
paopaotu326: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-05-06 09:29:37
你的理解是正确的,纠正一点:你做的是电荷密度差。

在你的电荷密度文件中,金属原子周围没有电荷分布,这是正常的。因为你这个是离子化合物。电子都跑到O周围去了,那么电子云的分布就会出现你现在的情况。若是你想看到更细致一些的分布,就把ISO的值小一些,可以调到你满意为止。
2楼2014-05-05 20:21:55
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)


【答案】应助回帖

电荷密度差分两种:你做的是差分电荷密度图,^_^!!!你也可以看出来是三个电荷密度的差,若是二次差分,那就不一样了。不好意思,你的说法没错,但是容易产生理解上的问题。这个问题不纠正了,只要理解就好了,你的理解是正确的。

ISO面指的就是你的电荷密度的电子云分布图。这个值的大小是可以调的,并且文献中都会给出这个值的参考大小。值越小,那么电荷密度显示的范围越大。

你做了参杂,电荷已经转移
6楼2014-05-06 08:20:51
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)


引用回帖:
8楼: Originally posted by paopaotu326 at 2014-05-06 09:05:37
我晕了,您看我在论坛里查到的描述:
VASP与电荷密度差
   一般分为:差分电荷密度图(deformation charge density),二次差分电荷密度图(difference charge density)
两者的区别有很多种说法,其中一种定义认为 ...

你就按照你的做法,这个是就是差分电荷密度图
9楼2014-05-06 09:08:17
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
paopaotu326: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-05-06 09:39:44
paopaotu326: 金币+3, 有帮助 2014-05-06 12:55:46
静态计算是电荷密度图,你剪掉了才是差分。对于前面我没有说清楚导致的误导,我表示抱歉。

不会,这只是显示的问题,且你做文章,必须把这个值给出。审稿人一看就明白
13楼2014-05-06 09:34:12
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)


引用回帖:
14楼: Originally posted by paopaotu326 at 2014-05-06 09:41:25
这下清楚了,嘿嘿:)
还有问题啊,就是那个isosurfece level的调整,我都调整到0。0001了,还是得不到Sn原子的电荷图,而且我发现,其实调整到0。05就已经是极限了,再往下调都没有什么作用了。咋办呢?...

这只能说明电子云都在O上,你的金属原子上没有电子云分布。这也是大多数离子化合物的特征。
16楼2014-05-06 11:54:46
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