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paopaotu326

金虫 (正式写手)

[求助] 电荷密度图缺少原子 已有2人参与

大家好,我是新手,最近在学习电荷密度图和差分电荷密度图的做法,我根据学习的结果,得出两个结论:
(1)电荷密度图,就是对于一个分子AB2,进行静态自洽计算后,得到CHGCAR文件,然后直接作图,得到电荷密度图;
(2)差分电荷密度图,就是对这个分子构成的元素A和B,分别计算其CHGCAR后,得到CHGCAR1和CHGCAR2,用(1)得到的电荷密度,减去CHGCAR1和CHGCAR2*2,就是差分密度了。
     不知分析对否?请大家帮助了。
      如果正确,问题来了,大家看我下面的图1,是SnO2的电荷密度图,为什么小的O原子都有显示出计算的电荷密度分布,而大原子的Sn为什么没有显示出来?我用vesta来取截面,结果一样,只显示O原子,没有Sn原子,可图2上清楚看出来,Sn原子和氧原子在(1 -1 0)面上是共面的,图3中却少了Sn原子的电荷密度?
      百思不得其解,是不是计算的时候哪里设置不对?还是我对电荷密度图的理解有差?
      请大家帮忙吧!多谢了!

电荷密度图缺少原子
图1.jpg


电荷密度图缺少原子-1
图2.jpg


电荷密度图缺少原子-2
图3.jpg
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)


引用回帖:
14楼: Originally posted by paopaotu326 at 2014-05-06 09:41:25
这下清楚了,嘿嘿:)
还有问题啊,就是那个isosurfece level的调整,我都调整到0。0001了,还是得不到Sn原子的电荷图,而且我发现,其实调整到0。05就已经是极限了,再往下调都没有什么作用了。咋办呢?...

这只能说明电子云都在O上,你的金属原子上没有电子云分布。这也是大多数离子化合物的特征。
16楼2014-05-06 11:54:46
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-05-05 23:20:22
paopaotu326: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-05-06 09:29:37
你的理解是正确的,纠正一点:你做的是电荷密度差。

在你的电荷密度文件中,金属原子周围没有电荷分布,这是正常的。因为你这个是离子化合物。电子都跑到O周围去了,那么电子云的分布就会出现你现在的情况。若是你想看到更细致一些的分布,就把ISO的值小一些,可以调到你满意为止。
2楼2014-05-05 20:21:55
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paopaotu326

金虫 (正式写手)

首先谢谢楼上,我有点明白了,但还是没有彻底明白,继续向您请教:
(1)您说我做得是“电荷密度差”?不是太明白啊。
(2)ISO的值是指哪个软件?做这个的软件太多了?
(3)我做了掺杂其它金属的结构,就可以清楚地看到它的电荷密度了,您看下图:
完蛋,这下没有办法传图了,反正就是我用一个Pd原子取代了一个Sn原子,就可以作出来相应的电荷密度图了。这是不是意味着取代Sn的Pd原子没有失去4个电子,周围还有电子,所以才能看到它周围有电荷分布?

话说,发表新帖的时候,底下可以贴上图片附件,现在回复就没有这个按钮啦,管理员出来帮忙下?嘿嘿:)
3楼2014-05-06 07:51:24
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paopaotu326

金虫 (正式写手)

http://pan.baidu.com/s/1mgukIIs
这个是刚刚学着弄的百度网盘的公开链接,也不知能不能dai'k打开呢,就是上面的图4
4楼2014-05-06 07:54:49
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