应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 求教将miRNA测序数据比对到miRBase时数据库的选择
101/1返回列表
查看: 3877  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

yuehedou

木虫 (小有名气)

[求助] 求教将miRNA测序数据比对到miRBase时数据库的选择

请问将二代测序得到的序列比对到miRBase鉴定已知miRNA时，应选择miRBase中的mature序列还是hairpin序列啊？
看到miRBase中同时有hairpin.fa和mature.fa两个数据文件，迷惑了，求解答？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

miRNA测序数据分析

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
每天都为自己的无知而羞耻！
1楼 2014-05-04 11:14:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

myibm369

木虫 (正式写手)

~~~~~~~~~~~~~~~~~

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yuehedou: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢关注！ 2014-05-04 16:22:14
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-05-04 21:42:54
最好选择miRBase中的hairpin序列进行比对。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2014-05-04 15:23:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by myibm369 at 2014-05-04 15:23:15
最好选择miRBase中的hairpin序列进行比对。

为什么呀，能给解释下不？？
赞一下 回复此楼
每天都为自己的无知而羞耻！
3楼2014-05-04 16:24:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yuehedou(myprayer代发): 金币+2, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-05-04 21:43:03
yuehedou: 金币+3, ★★★很有帮助, 多谢帮助！ 2014-05-04 23:10:46
如果直接用的小RNA测序结果，都是20-30nt左右的序列，那就应该以mature miRNA作为数据库进行同源检索。
如果你已经把测序结果map到基因组上预测了miRNA基因，那就应该去比hairpin序列。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2014-05-04 20:37:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by growlywolf at 2014-05-04 20:37:42
如果直接用的小RNA测序结果，都是20-30nt左右的序列，那就应该以mature miRNA作为数据库进行同源检索。
如果你已经把测序结果map到基因组上预测了miRNA基因，那就应该去比hairpin序列。

谢谢！第一条好理解。
关于第二条，如果我把序列map到基因组上预测了miRNA基因，然后为什么要去比对hairpin呢，是拿预测得到的precursor去比对吗？如果还是拿短序列去比对，那和比对mature有什么区别呢？
（Ps：个人理解认为hairpin数据是mature的前体序列集，不知对不对）
赞一下 回复此楼
每天都为自己的无知而羞耻！
5楼2014-05-04 23:09:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

myibm369

木虫 (正式写手)

~~~~~~~~~~~~~~~~~

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-05-05 10:03:40
yuehedou: 金币+6, ★★★很有帮助, 非常有帮助，谢谢！ 2014-05-05 11:47:49
引用回帖:
3楼: Originally posted by yuehedou at 2014-05-04 16:24:09
为什么呀，能给解释下不？？...

求教将miRNA测序数据比对到miRBase时数据库的选择

你可以任意找一个miRNA看下它的详细内容，如图。hairpin序列是Stem-loop结构的序列，mature miRNA是stem-loop上的一段。你可以看到在Deep sequencing 测序得到的miRNA并不是都是完全的和miRBase上提供的mature起始位置一样的，实际上也是这样的。所以建议你比对的时候和hairpin比对，这样你能拿到你真实的mature miRNA。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2014-05-05 09:46:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by myibm369 at 2014-05-05 09:46:06
你可以任意找一个miRNA看下它的详细内容，如图。hairpin序列是Stem-loop结构的序列，mature miRNA是stem-loop上的一段。你可以看到在Deep sequencing 测序得到的miRNA并不是都是完全的和miRBase上提供的mature ...

嗯，明白了！
还有个疑问就是，miRBase中的每个mature miRNA在hairpin中都有它对应的茎环结构吗？会不会有mature中有的在hairpin中却没有的？
赞一下 回复此楼
每天都为自己的无知而羞耻！
7楼2014-05-05 11:46:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

myibm369

木虫 (正式写手)

~~~~~~~~~~~~~~~~~

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yuehedou: 金币+6, ★★★★★最佳答案, 谢谢，多谢交流！ 2014-05-05 15:49:35
yuehedou: 金币+2, ★★★很有帮助, 很受教 2014-05-06 15:14:10
引用回帖:
7楼: Originally posted by yuehedou at 2014-05-05 11:46:33
嗯，明白了！
还有个疑问就是，miRBase中的每个mature miRNA在hairpin中都有它对应的茎环结构吗？会不会有mature中有的在hairpin中却没有的？...

，不会的，都有的，hairpin其实是mature miRNA的pre-miRNA,经过加工就变成了mature miRNA。给你看下miRNA的biogenesis。

求教将miRNA测序数据比对到miRBase时数据库的选择-1
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2014-05-05 12:10:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by myibm369 at 2014-05-05 12:10:28
，不会的，都有的，hairpin其实是mature miRNA的pre-miRNA,经过加工就变成了mature miRNA。给你看下miRNA的biogenesis。

...

谢谢，这张图的文献我看过！
其实到底有没有，我拿mature到hairpin中比对一下应该就知道了
赞一下 回复此楼
每天都为自己的无知而羞耻！
9楼2014-05-05 15:47:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by myibm369 at 2014-05-05 12:10:28
，不会的，都有的，hairpin其实是mature miRNA的pre-miRNA,经过加工就变成了mature miRNA。给你看下miRNA的biogenesis。

...

今天比对了一下，确实所有的mature都能比对到hairpin上
赞一下(1人) 回复此楼
每天都为自己的无知而羞耻！
10楼2014-05-06 15:13:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yuehedou 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 7/350 2026-08-30 06:46 by ZPa0EcMwuECS
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 06:22 by ZPa0EcMwuECS
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 8/400 2026-08-30 06:13 by ZPa0EcMwuECS
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 8/400 2026-08-30 05:51 by ZPa0EcMwuECS
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 13/650 2026-08-30 05:38 by ZPa0EcMwuECS
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 4/200 2026-08-30 02:09 by ZPa0EcMwuECS
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 01:25 by ZPa0EcMwuECS
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +5 德尚中行 2026-08-27 6/300 2026-08-29 18:10 by manplx
[教师之家] 导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！ +9 苏东坡二世 2026-08-23 9/450 2026-08-29 14:41 by hustersqt
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 9/450 2026-08-29 09:59 by jklily
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？ +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭