24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 3605  |  回复: 9

yuehedou

木虫 (小有名气)

[求助] 求教将miRNA测序数据比对到miRBase时数据库的选择

请问将二代测序得到的序列比对到miRBase鉴定已知miRNA时,应选择miRBase中的mature序列还是hairpin序列啊?
看到miRBase中同时有hairpin.fa和mature.fa两个数据文件,迷惑了,求解答?
回复此楼
每天都为自己的无知而羞耻!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

myibm369

木虫 (正式写手)

~~~~~~~~~~~~~~~~~

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yuehedou: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢关注! 2014-05-04 16:22:14
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-05-04 21:42:54
最好选择miRBase中的hairpin序列进行比对。
2楼2014-05-04 15:23:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuehedou

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by myibm369 at 2014-05-04 15:23:15
最好选择miRBase中的hairpin序列进行比对。

为什么呀,能给解释下不??
每天都为自己的无知而羞耻!
3楼2014-05-04 16:24:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yuehedou(myprayer代发): 金币+2, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-05-04 21:43:03
yuehedou: 金币+3, ★★★很有帮助, 多谢帮助! 2014-05-04 23:10:46
如果直接用的小RNA测序结果,都是20-30nt左右的序列,那就应该以mature miRNA作为数据库进行同源检索。
如果你已经把测序结果map到基因组上预测了miRNA基因,那就应该去比hairpin序列。
4楼2014-05-04 20:37:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuehedou

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by growlywolf at 2014-05-04 20:37:42
如果直接用的小RNA测序结果,都是20-30nt左右的序列,那就应该以mature miRNA作为数据库进行同源检索。
如果你已经把测序结果map到基因组上预测了miRNA基因,那就应该去比hairpin序列。

谢谢!第一条好理解。
关于第二条,如果我把序列map到基因组上预测了miRNA基因,然后为什么要去比对hairpin呢,是拿预测得到的precursor去比对吗?如果还是拿短序列去比对,那和比对mature有什么区别呢?
(Ps:个人理解认为hairpin数据是mature的前体序列集,不知对不对)
每天都为自己的无知而羞耻!
5楼2014-05-04 23:09:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

myibm369

木虫 (正式写手)

~~~~~~~~~~~~~~~~~

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-05-05 10:03:40
yuehedou: 金币+6, ★★★很有帮助, 非常有帮助,谢谢! 2014-05-05 11:47:49
引用回帖:
3楼: Originally posted by yuehedou at 2014-05-04 16:24:09
为什么呀,能给解释下不??...

求教将miRNA测序数据比对到miRBase时数据库的选择

你可以任意找一个miRNA看下它的详细内容,如图。hairpin序列是Stem-loop结构的序列,mature miRNA是stem-loop上的一段。你可以看到在Deep sequencing 测序得到的miRNA并不是都是完全的和miRBase上提供的mature起始位置一样的,实际上也是这样的。所以建议你比对的时候和hairpin比对,这样你能拿到你真实的mature miRNA。
6楼2014-05-05 09:46:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuehedou

木虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by myibm369 at 2014-05-05 09:46:06
你可以任意找一个miRNA看下它的详细内容,如图。hairpin序列是Stem-loop结构的序列,mature miRNA是stem-loop上的一段。你可以看到在Deep sequencing 测序得到的miRNA并不是都是完全的和miRBase上提供的mature ...

嗯,明白了!
还有个疑问就是,miRBase中的每个mature miRNA在hairpin中都有它对应的茎环结构吗?会不会有mature中有的在hairpin中却没有的?
每天都为自己的无知而羞耻!
7楼2014-05-05 11:46:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

myibm369

木虫 (正式写手)

~~~~~~~~~~~~~~~~~

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yuehedou: 金币+6, ★★★★★最佳答案, 谢谢,多谢交流! 2014-05-05 15:49:35
yuehedou: 金币+2, ★★★很有帮助, 很受教 2014-05-06 15:14:10
引用回帖:
7楼: Originally posted by yuehedou at 2014-05-05 11:46:33
嗯,明白了!
还有个疑问就是,miRBase中的每个mature miRNA在hairpin中都有它对应的茎环结构吗?会不会有mature中有的在hairpin中却没有的?...

,不会的,都有的,hairpin其实是mature miRNA的pre-miRNA,经过加工就变成了mature miRNA。给你看下miRNA的biogenesis。

求教将miRNA测序数据比对到miRBase时数据库的选择-1
8楼2014-05-05 12:10:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuehedou

木虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by myibm369 at 2014-05-05 12:10:28
,不会的,都有的,hairpin其实是mature miRNA的pre-miRNA,经过加工就变成了mature miRNA。给你看下miRNA的biogenesis。

...

谢谢,这张图的文献我看过!
其实到底有没有,我拿mature到hairpin中比对一下应该就知道了
每天都为自己的无知而羞耻!
9楼2014-05-05 15:47:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuehedou

木虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by myibm369 at 2014-05-05 12:10:28
,不会的,都有的,hairpin其实是mature miRNA的pre-miRNA,经过加工就变成了mature miRNA。给你看下miRNA的biogenesis。

...

今天比对了一下,确实所有的mature都能比对到hairpin上
每天都为自己的无知而羞耻!
10楼2014-05-06 15:13:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yuehedou 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求助071001调剂!!! +5 黄守松 2026-04-05 6/300 2026-04-08 09:08 by heqiang123
[考研] 284求调剂 +14 梵@@ 2026-04-06 14/700 2026-04-08 00:36 by JourneyLucky
[考研] 22408 一志愿双一流人工智能300分 四六级,数据分析国奖 +4 zzfeng123 2026-04-06 6/300 2026-04-07 21:02 by zzfeng123
[考研] 305求调剂 +4 77Qi 2026-04-06 4/200 2026-04-07 20:06 by shanqishi
[考研] 0702物理学学硕299求调剂 +3 祁柒连 2026-04-06 3/150 2026-04-07 12:48 by 小木虫gyh
[考研] 第一志愿东南大学物理313,有科研竞赛获奖经历,希望物理复试调剂 +3 马内橙 2026-04-05 3/150 2026-04-06 10:32 by 蓝云思雨
[考研] 085600,320分求调剂 +7 大馋小子 2026-04-01 8/400 2026-04-05 21:19 by 学员8dgXkO
[考研] 288求调剂 一志愿哈工大 材料与化工 +13 洛神哥哥 2026-04-03 13/650 2026-04-05 17:27 by zzx2138
[考研] 调剂 +8 熊二想上岸 2026-04-04 8/400 2026-04-05 05:27 by houyaoxu
[考研] 一志愿东北大学085901土木专硕345求调剂 +3 zxt11111 2026-04-04 3/150 2026-04-04 14:21 by 土木硕士招生
[考研] 材料调剂 +11 吴棂颖! 2026-04-03 11/550 2026-04-04 09:56 by 小小树2024
[考研] 考研调剂 +3 15615482637 2026-04-03 3/150 2026-04-03 22:50 by ms629
[考研] 301求调剂 +14 A_JiXing 2026-04-01 14/700 2026-04-03 18:31 by ls刘帅
[考研] 求调剂 +8 akdhjs 2026-04-03 8/400 2026-04-03 18:17 by 戴维ING
[考研] 283求调剂 +3 jiouuu 2026-04-03 4/200 2026-04-03 13:28 by jiouuu
[考研] 312求调剂 +6 小小墨123 2026-04-02 7/350 2026-04-03 07:32 by jsw79
[考研] 一志愿北京科技材料科学与工程288分,求调剂 +14 是辰啊 2026-04-02 14/700 2026-04-02 21:10 by dongzh2009
[考研] 生物学327,求调剂 +5 书上的梅子 2026-04-01 6/300 2026-04-02 06:47 by ilovexiaobin
[考研] 310分求调剂 +4 成功上岸wang 2026-04-01 4/200 2026-04-01 20:35 by liu823948201
[硕博家园] 考研调剂 +5 骆驼男人 2026-04-01 5/250 2026-04-01 14:28 by syjjj0321
信息提示
请填处理意见