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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 求教将miRNA测序数据比对到miRBase时数据库的选择
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yuehedou

木虫 (小有名气)

[求助] 求教将miRNA测序数据比对到miRBase时数据库的选择

请问将二代测序得到的序列比对到miRBase鉴定已知miRNA时，应选择miRBase中的mature序列还是hairpin序列啊？
看到miRBase中同时有hairpin.fa和mature.fa两个数据文件，迷惑了，求解答？
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每天都为自己的无知而羞耻！
1楼2014-05-04 11:14:41
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myibm369

木虫 (正式写手)

~~~~~~~~~~~~~~~~~

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yuehedou: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢关注！ 2014-05-04 16:22:14
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-05-04 21:42:54
最好选择miRBase中的hairpin序列进行比对。
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2楼2014-05-04 15:23:15
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yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by myibm369 at 2014-05-04 15:23:15
最好选择miRBase中的hairpin序列进行比对。

为什么呀，能给解释下不？？
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每天都为自己的无知而羞耻！
3楼2014-05-04 16:24:09
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growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yuehedou(myprayer代发): 金币+2, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-05-04 21:43:03
yuehedou: 金币+3, ★★★很有帮助, 多谢帮助！ 2014-05-04 23:10:46
如果直接用的小RNA测序结果，都是20-30nt左右的序列，那就应该以mature miRNA作为数据库进行同源检索。
如果你已经把测序结果map到基因组上预测了miRNA基因，那就应该去比hairpin序列。
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4楼2014-05-04 20:37:42
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yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by growlywolf at 2014-05-04 20:37:42
如果直接用的小RNA测序结果，都是20-30nt左右的序列，那就应该以mature miRNA作为数据库进行同源检索。
如果你已经把测序结果map到基因组上预测了miRNA基因，那就应该去比hairpin序列。

谢谢！第一条好理解。
关于第二条，如果我把序列map到基因组上预测了miRNA基因，然后为什么要去比对hairpin呢，是拿预测得到的precursor去比对吗？如果还是拿短序列去比对，那和比对mature有什么区别呢？
（Ps：个人理解认为hairpin数据是mature的前体序列集，不知对不对）
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5楼2014-05-04 23:09:45
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myibm369

木虫 (正式写手)

~~~~~~~~~~~~~~~~~

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-05-05 10:03:40
yuehedou: 金币+6, ★★★很有帮助, 非常有帮助，谢谢！ 2014-05-05 11:47:49
引用回帖:
3楼: Originally posted by yuehedou at 2014-05-04 16:24:09
为什么呀，能给解释下不？？...

求教将miRNA测序数据比对到miRBase时数据库的选择

你可以任意找一个miRNA看下它的详细内容，如图。hairpin序列是Stem-loop结构的序列，mature miRNA是stem-loop上的一段。你可以看到在Deep sequencing 测序得到的miRNA并不是都是完全的和miRBase上提供的mature起始位置一样的，实际上也是这样的。所以建议你比对的时候和hairpin比对，这样你能拿到你真实的mature miRNA。
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6楼2014-05-05 09:46:06
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yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by myibm369 at 2014-05-05 09:46:06
你可以任意找一个miRNA看下它的详细内容，如图。hairpin序列是Stem-loop结构的序列，mature miRNA是stem-loop上的一段。你可以看到在Deep sequencing 测序得到的miRNA并不是都是完全的和miRBase上提供的mature ...

嗯，明白了！
还有个疑问就是，miRBase中的每个mature miRNA在hairpin中都有它对应的茎环结构吗？会不会有mature中有的在hairpin中却没有的？
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7楼2014-05-05 11:46:33
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myibm369

木虫 (正式写手)

~~~~~~~~~~~~~~~~~

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yuehedou: 金币+6, ★★★★★最佳答案, 谢谢，多谢交流！ 2014-05-05 15:49:35
yuehedou: 金币+2, ★★★很有帮助, 很受教 2014-05-06 15:14:10
引用回帖:
7楼: Originally posted by yuehedou at 2014-05-05 11:46:33
嗯，明白了！
还有个疑问就是，miRBase中的每个mature miRNA在hairpin中都有它对应的茎环结构吗？会不会有mature中有的在hairpin中却没有的？...

，不会的，都有的，hairpin其实是mature miRNA的pre-miRNA,经过加工就变成了mature miRNA。给你看下miRNA的biogenesis。

求教将miRNA测序数据比对到miRBase时数据库的选择-1
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8楼2014-05-05 12:10:28
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yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by myibm369 at 2014-05-05 12:10:28
，不会的，都有的，hairpin其实是mature miRNA的pre-miRNA,经过加工就变成了mature miRNA。给你看下miRNA的biogenesis。

...

谢谢，这张图的文献我看过！
其实到底有没有，我拿mature到hairpin中比对一下应该就知道了
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9楼2014-05-05 15:47:53
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yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by myibm369 at 2014-05-05 12:10:28
，不会的，都有的，hairpin其实是mature miRNA的pre-miRNA,经过加工就变成了mature miRNA。给你看下miRNA的biogenesis。

...

今天比对了一下，确实所有的mature都能比对到hairpin上
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10楼2014-05-06 15:13:28
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