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yuehedou

木虫 (小有名气)

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[求助] 求教将miRNA测序数据比对到miRBase时数据库的选择

请问将二代测序得到的序列比对到miRBase鉴定已知miRNA时，应选择miRBase中的mature序列还是hairpin序列啊？
看到miRBase中同时有hairpin.fa和mature.fa两个数据文件，迷惑了，求解答？

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每天都为自己的无知而羞耻！

1楼2014-05-04 11:14:41

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myibm369

木虫 (正式写手)

~~~~~~~~~~~~~~~~~

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-05-05 10:03:40
yuehedou: 金币+6, ★★★很有帮助, 非常有帮助，谢谢！ 2014-05-05 11:47:49

引用回帖:

3楼: Originally posted by yuehedou at 2014-05-04 16:24:09
为什么呀，能给解释下不？？...

你可以任意找一个miRNA看下它的详细内容，如图。hairpin序列是Stem-loop结构的序列，mature miRNA是stem-loop上的一段。你可以看到在Deep sequencing 测序得到的miRNA并不是都是完全的和miRBase上提供的mature起始位置一样的，实际上也是这样的。所以建议你比对的时候和hairpin比对，这样你能拿到你真实的mature miRNA。