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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 求教将miRNA测序数据比对到miRBase时数据库的选择
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yuehedou

木虫 (小有名气)

[求助] 求教将miRNA测序数据比对到miRBase时数据库的选择

请问将二代测序得到的序列比对到miRBase鉴定已知miRNA时，应选择miRBase中的mature序列还是hairpin序列啊？
看到miRBase中同时有hairpin.fa和mature.fa两个数据文件，迷惑了，求解答？
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每天都为自己的无知而羞耻！
1楼 2014-05-04 11:14:41
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growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yuehedou(myprayer代发): 金币+2, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-05-04 21:43:03
yuehedou: 金币+3, ★★★很有帮助, 多谢帮助！ 2014-05-04 23:10:46
如果直接用的小RNA测序结果，都是20-30nt左右的序列，那就应该以mature miRNA作为数据库进行同源检索。
如果你已经把测序结果map到基因组上预测了miRNA基因，那就应该去比hairpin序列。
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4楼2014-05-04 20:37:42
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myibm369

木虫 (正式写手)

~~~~~~~~~~~~~~~~~

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yuehedou: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢关注！ 2014-05-04 16:22:14
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-05-04 21:42:54
最好选择miRBase中的hairpin序列进行比对。
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2楼2014-05-04 15:23:15
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yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by myibm369 at 2014-05-04 15:23:15
最好选择miRBase中的hairpin序列进行比对。

为什么呀，能给解释下不？？
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每天都为自己的无知而羞耻！
3楼2014-05-04 16:24:09
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yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by growlywolf at 2014-05-04 20:37:42
如果直接用的小RNA测序结果，都是20-30nt左右的序列，那就应该以mature miRNA作为数据库进行同源检索。
如果你已经把测序结果map到基因组上预测了miRNA基因，那就应该去比hairpin序列。

谢谢！第一条好理解。
关于第二条，如果我把序列map到基因组上预测了miRNA基因，然后为什么要去比对hairpin呢，是拿预测得到的precursor去比对吗？如果还是拿短序列去比对，那和比对mature有什么区别呢？
（Ps：个人理解认为hairpin数据是mature的前体序列集，不知对不对）
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每天都为自己的无知而羞耻！
5楼2014-05-04 23:09:45
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