应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 求教将miRNA测序数据比对到miRBase时数据库的选择
51/1返回列表
查看: 3838  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

yuehedou

木虫 (小有名气)

[求助] 求教将miRNA测序数据比对到miRBase时数据库的选择

请问将二代测序得到的序列比对到miRBase鉴定已知miRNA时，应选择miRBase中的mature序列还是hairpin序列啊？
看到miRBase中同时有hairpin.fa和mature.fa两个数据文件，迷惑了，求解答？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

miRNA测序数据分析

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
每天都为自己的无知而羞耻！
1楼 2014-05-04 11:14:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by growlywolf at 2014-05-04 20:37:42
如果直接用的小RNA测序结果，都是20-30nt左右的序列，那就应该以mature miRNA作为数据库进行同源检索。
如果你已经把测序结果map到基因组上预测了miRNA基因，那就应该去比hairpin序列。

谢谢！第一条好理解。
关于第二条，如果我把序列map到基因组上预测了miRNA基因，然后为什么要去比对hairpin呢，是拿预测得到的precursor去比对吗？如果还是拿短序列去比对，那和比对mature有什么区别呢？
（Ps：个人理解认为hairpin数据是mature的前体序列集，不知对不对）
赞一下 回复此楼
每天都为自己的无知而羞耻！
5楼2014-05-04 23:09:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

myibm369

木虫 (正式写手)

~~~~~~~~~~~~~~~~~

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yuehedou: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢关注！ 2014-05-04 16:22:14
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-05-04 21:42:54
最好选择miRBase中的hairpin序列进行比对。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2014-05-04 15:23:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by myibm369 at 2014-05-04 15:23:15
最好选择miRBase中的hairpin序列进行比对。

为什么呀，能给解释下不？？
赞一下 回复此楼
每天都为自己的无知而羞耻！
3楼2014-05-04 16:24:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yuehedou(myprayer代发): 金币+2, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-05-04 21:43:03
yuehedou: 金币+3, ★★★很有帮助, 多谢帮助！ 2014-05-04 23:10:46
如果直接用的小RNA测序结果，都是20-30nt左右的序列，那就应该以mature miRNA作为数据库进行同源检索。
如果你已经把测序结果map到基因组上预测了miRNA基因，那就应该去比hairpin序列。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2014-05-04 20:37:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +10 医学老男孩 2026-08-13 28/1400 2026-08-13 22:44 by 医学老男孩
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +3 启萌科技 2026-08-12 10/500 2026-08-13 20:42 by hmhminy
[文学芳草园] 阿姨 +4 汪汪锅 2026-08-09 4/200 2026-08-13 19:43 by arzu_hma
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +4 majunge000 2026-08-11 6/300 2026-08-13 16:50 by 四季常青藤
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +7 布布和一二 2026-08-10 10/500 2026-08-12 09:12 by 布布和一二
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +3 yuleib84 2026-08-11 3/150 2026-08-11 21:53 by jnhyjjm
[基金申请] 确定了，国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 关于代码变化问题，想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] fileCode有新解读？ +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制，评价高的钱多评价低的钱少，但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭