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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 同一个名字的miRNA在不同物种当中的序列一样么？
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machao8405

木虫 (正式写手)

[求助] 同一个名字的miRNA在不同物种当中的序列一样么？

测序回来的数据一团糟，白忙活了将近4个月。同一个名字的miRNA不仅在不同的处理当中所给出的序列不一样，而且序列在数据库中根本找不到。大家说有可能是这样的情况么？
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1楼 2013-03-19 18:27:31
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
问题描述不清，你是对测序结果的分析，你怎么保证你送测序的东西就一定是你想要分析的东西，所以根据测序的分析结果不能得出“同一个名字的miRNA不仅在不同的处理当中所给出的序列不一样”，
你说“而且序列在数据库中根本找不到”正是印证了你的测序序列可能有问题
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学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
2楼2013-03-19 20:54:50
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machao8405

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gyesang at 2013-03-19 20:54:50
问题描述不清，你是对测序结果的分析，你怎么保证你送测序的东西就一定是你想要分析的东西，所以根据测序的分析结果不能得出“同一个名字的miRNA不仅在不同的处理当中所给出的序列不一样”，
你说“而且序列在数据 ...

结果中他给的有差异显著的miRNA名字，我从中挑选感兴趣的继续研究，比如我选择了miR1166和miR163，他们在对照中的序列和处理当中的序列不一样，我曾经打电话问过，他们说不一样的也是同一miRNA，只不过他们选择了样品中表达量最高的给出序列。我把这些序列在miRBase中搜索，其中1166没有结果，而163有结果，但是有5个碱基错配，5个的错配数量啊，那能叫同一个miRNA么？况且我根据他提供的miRNA序列设计的引物，试验完全做不下去。你觉得是什么状况呢？
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3楼2013-03-19 21:34:11
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永远不知道

至尊木虫 (著名写手)

金花家族创始人

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不一定一样哈，毕竟是很短的东西，要看保守性的
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4楼2013-03-19 21:50:16
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machao8405

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 永远不知道 at 2013-03-19 21:50:16
不一定一样哈，毕竟是很短的东西，要看保守性的

正因为很短，所以哪怕一个碱基不同，也不是同一个miRNA
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5楼2013-03-19 22:06:54
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gould1988

新虫 (初入文坛)
后来怎么样了啊？还顺利吗？测序公司的售后没有帮忙解决吗？
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6楼2013-10-22 22:09:06
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