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machao8405

木虫 (正式写手)

[求助] 同一个名字的miRNA在不同物种当中的序列一样么?

测序回来的数据一团糟,白忙活了将近4个月。同一个名字的miRNA不仅在不同的处理当中所给出的序列不一样,而且序列在数据库中根本找不到。大家说有可能是这样的情况么?
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gould1988

新虫 (初入文坛)

后来怎么样了啊?还顺利吗?测序公司的售后没有帮忙解决吗?
6楼2013-10-22 22:09:06
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
问题描述不清,你是对测序结果的分析,你怎么保证你送测序的东西就一定是你想要分析的东西,所以根据测序的分析结果不能得出“同一个名字的miRNA不仅在不同的处理当中所给出的序列不一样”,
你说“而且序列在数据库中根本找不到”正是印证了你的测序序列可能有问题
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
2楼2013-03-19 20:54:50
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machao8405

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gyesang at 2013-03-19 20:54:50
问题描述不清,你是对测序结果的分析,你怎么保证你送测序的东西就一定是你想要分析的东西,所以根据测序的分析结果不能得出“同一个名字的miRNA不仅在不同的处理当中所给出的序列不一样”,
你说“而且序列在数据 ...

结果中他给的有差异显著的miRNA名字,我从中挑选感兴趣的继续研究,比如我选择了miR1166和miR163,他们在对照中的序列和处理当中的序列不一样,我曾经打电话问过,他们说不一样的也是同一miRNA,只不过他们选择了样品中表达量最高的给出序列。我把这些序列在miRBase中搜索,其中1166没有结果,而163有结果,但是有5个碱基错配,5个的错配数量啊,那能叫同一个miRNA么?况且我根据他提供的miRNA序列设计的引物,试验完全做不下去。你觉得是什么状况呢?
3楼2013-03-19 21:34:11
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永远不知道

至尊木虫 (著名写手)

金花家族创始人

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
不一定一样哈,毕竟是很短的东西,要看保守性的
4楼2013-03-19 21:50:16
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