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machao8405

木虫 (正式写手)

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[求助] 同一个名字的miRNA在不同物种当中的序列一样么？

测序回来的数据一团糟，白忙活了将近4个月。同一个名字的miRNA不仅在不同的处理当中所给出的序列不一样，而且序列在数据库中根本找不到。大家说有可能是这样的情况么？

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1楼2013-03-19 18:27:31

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machao8405

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引用回帖:

2楼: Originally posted by gyesang at 2013-03-19 20:54:50
问题描述不清，你是对测序结果的分析，你怎么保证你送测序的东西就一定是你想要分析的东西，所以根据测序的分析结果不能得出“同一个名字的miRNA不仅在不同的处理当中所给出的序列不一样”，
你说“而且序列在数据 ...

结果中他给的有差异显著的miRNA名字，我从中挑选感兴趣的继续研究，比如我选择了miR1166和miR163，他们在对照中的序列和处理当中的序列不一样，我曾经打电话问过，他们说不一样的也是同一miRNA，只不过他们选择了样品中表达量最高的给出序列。我把这些序列在miRBase中搜索，其中1166没有结果，而163有结果，但是有5个碱基错配，5个的错配数量啊，那能叫同一个miRNA么？况且我根据他提供的miRNA序列设计的引物，试验完全做不下去。你觉得是什么状况呢？