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yuehedou

木虫 (小有名气)

[求助] 求教将miRNA测序数据比对到miRBase时数据库的选择

请问将二代测序得到的序列比对到miRBase鉴定已知miRNA时，应选择miRBase中的mature序列还是hairpin序列啊？
看到miRBase中同时有hairpin.fa和mature.fa两个数据文件，迷惑了，求解答？
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每天都为自己的无知而羞耻！
1楼 2014-05-04 11:14:41
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myibm369

木虫 (正式写手)

~~~~~~~~~~~~~~~~~

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yuehedou: 金币+6, ★★★★★最佳答案, 谢谢，多谢交流！ 2014-05-05 15:49:35
yuehedou: 金币+2, ★★★很有帮助, 很受教 2014-05-06 15:14:10
引用回帖:
7楼: Originally posted by yuehedou at 2014-05-05 11:46:33
嗯，明白了！
还有个疑问就是，miRBase中的每个mature miRNA在hairpin中都有它对应的茎环结构吗？会不会有mature中有的在hairpin中却没有的？...

，不会的，都有的，hairpin其实是mature miRNA的pre-miRNA,经过加工就变成了mature miRNA。给你看下miRNA的biogenesis。

求教将miRNA测序数据比对到miRBase时数据库的选择
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8楼2014-05-05 12:10:28
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myibm369

木虫 (正式写手)

~~~~~~~~~~~~~~~~~

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yuehedou: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢关注！ 2014-05-04 16:22:14
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-05-04 21:42:54
最好选择miRBase中的hairpin序列进行比对。
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2楼2014-05-04 15:23:15
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yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by myibm369 at 2014-05-04 15:23:15
最好选择miRBase中的hairpin序列进行比对。

为什么呀，能给解释下不？？
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每天都为自己的无知而羞耻！
3楼2014-05-04 16:24:09
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growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yuehedou(myprayer代发): 金币+2, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-05-04 21:43:03
yuehedou: 金币+3, ★★★很有帮助, 多谢帮助！ 2014-05-04 23:10:46
如果直接用的小RNA测序结果，都是20-30nt左右的序列，那就应该以mature miRNA作为数据库进行同源检索。
如果你已经把测序结果map到基因组上预测了miRNA基因，那就应该去比hairpin序列。
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4楼2014-05-04 20:37:42
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