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yuehedou

木虫 (小有名气)

[求助] 求教将miRNA测序数据比对到miRBase时数据库的选择

请问将二代测序得到的序列比对到miRBase鉴定已知miRNA时,应选择miRBase中的mature序列还是hairpin序列啊?
看到miRBase中同时有hairpin.fa和mature.fa两个数据文件,迷惑了,求解答?
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每天都为自己的无知而羞耻!
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yuehedou

木虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by myibm369 at 2014-05-05 12:10:28
,不会的,都有的,hairpin其实是mature miRNA的pre-miRNA,经过加工就变成了mature miRNA。给你看下miRNA的biogenesis。

...

今天比对了一下,确实所有的mature都能比对到hairpin上
每天都为自己的无知而羞耻!
10楼2014-05-06 15:13:28
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myibm369

木虫 (正式写手)

~~~~~~~~~~~~~~~~~

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yuehedou: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢关注! 2014-05-04 16:22:14
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-05-04 21:42:54
最好选择miRBase中的hairpin序列进行比对。
2楼2014-05-04 15:23:15
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yuehedou

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by myibm369 at 2014-05-04 15:23:15
最好选择miRBase中的hairpin序列进行比对。

为什么呀,能给解释下不??
每天都为自己的无知而羞耻!
3楼2014-05-04 16:24:09
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growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yuehedou(myprayer代发): 金币+2, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-05-04 21:43:03
yuehedou: 金币+3, ★★★很有帮助, 多谢帮助! 2014-05-04 23:10:46
如果直接用的小RNA测序结果,都是20-30nt左右的序列,那就应该以mature miRNA作为数据库进行同源检索。
如果你已经把测序结果map到基因组上预测了miRNA基因,那就应该去比hairpin序列。
4楼2014-05-04 20:37:42
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