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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 最近在学习分子动力学模拟，不知道castep跑分子动力学效果如何呢？
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purplesdd

金虫 (正式写手)

[求助] 最近在学习分子动力学模拟，不知道castep跑分子动力学效果如何呢？ 已有2人参与

分子动力学建立的晶包大小有要求吗？跑原包有没有意义？
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最好的禅语是：该吃饭的时候好好吃饭，该睡觉的时候好好睡觉。
1楼 2014-04-26 22:04:41
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
purplesdd: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-04-27 09:57:24
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2014-04-27 10:08:49
castep跑分子动力学没有问题。
分子动力学一般是看结构的稳定性，你跑一个原包？原包本身不稳定哪里来的这种结构，还有你跑原包有物理意义否？
所有一般都是超包下的参杂，吸附等跑动力学。或者你做了一个新结构，你要验证它的可存在性，可以跑分子动力学，比如石墨烯半氢化结构。
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2楼2014-04-26 22:36:32
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ansysabaqus

新虫 (正式写手)
为什么不用forcite

[ 发自小木虫客户端 ]
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3楼2014-04-26 22:59:59
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purplesdd

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ansysabaqus at 2014-04-26 22:59:59
为什么不用forcite

forcite也是第一性原理吗？
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最好的禅语是：该吃饭的时候好好吃饭，该睡觉的时候好好睡觉。
4楼2014-04-27 09:57:49
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purplesdd

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by mywai520 at 2014-04-26 22:36:32
castep跑分子动力学没有问题。
分子动力学一般是看结构的稳定性，你跑一个原包？原包本身不稳定哪里来的这种结构，还有你跑原包有物理意义否？
所有一般都是超包下的参杂，吸附等跑动力学。或者你做了一个新结构， ...

谢谢您的回答，刚好我也是模拟石墨烯体系的，因为硬件有限，一台4核pc机，内存3G，分子体系太大，怕跑不动，我看文献中也有用2*2和3*3的跑分子动力学，就想知道原包可不可以
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最好的禅语是：该吃饭的时候好好吃饭，该睡觉的时候好好睡觉。
5楼2014-04-27 10:00:36
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Tonisam

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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purplesdd: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-04-27 10:10:51
使用CASTEP进行Dynamics属于Ab Initio Molecular Dynamics，即第一性动力学模拟的范畴。它隶属于BOMD区间，与CPMD在电子处理方式上略有差异。BOMD就是Born-Oppenheimer分子动力学。Born-Oppenheimer近似（绝热近似），指的是将电子和离子的求解分离开来，只处理离子的动力学部分，而认为电子可以快速跟上电子的运动。其特点是每一步分子动力学计算之后都需要对电子结构进行自洽场迭代，使电子达到基态。不过，由于这个自洽场迭代过程需要的计算量巨大，如果你的机器配置足够好的话，可以考跑castep的动力学任务。
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6楼2014-04-27 10:03:41
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purplesdd

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by Tonisam at 2014-04-27 10:03:41
使用CASTEP进行Dynamics属于Ab Initio Molecular Dynamics，即第一性动力学模拟的范畴。它隶属于BOMD区间，与CPMD在电子处理方式上略有差异。BOMD就是Born-Oppenheimer分子动力学。Born-Oppenheimer近似（绝热近似） ...

谢谢，那castep跑分子动力学的参数如何设置，有没有诀窍，默认的参数可以使用吗？
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最好的禅语是：该吃饭的时候好好吃饭，该睡觉的时候好好睡觉。
7楼2014-04-27 10:12:20
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Tonisam

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by purplesdd at 2014-04-27 10:12:20
谢谢，那castep跑分子动力学的参数如何设置，有没有诀窍，默认的参数可以使用吗？...

castep跑分子动力学的参数设置和MS中分子动力学模块（GULP，forcite等）差不多，也可以选择系综，温度，约束等等。我没有做过分子动力学的研究，只是在理论上了解了一些。具体怎么设置参数合理，还不清楚。
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purplesdd
8楼2014-04-27 11:26:42
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purplesdd

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by Tonisam at 2014-04-27 11:26:42
castep跑分子动力学的参数设置和MS中分子动力学模块（GULP，forcite等）差不多，也可以选择系综，温度，约束等等。我没有做过分子动力学的研究，只是在理论上了解了一些。具体怎么设置参数合理，还不清楚。...

好的，谢谢
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9楼2014-04-27 11:36:18
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ansysabaqus

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
purplesdd: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-04-27 16:23:06
引用回帖:
4楼: Originally posted by purplesdd at 2014-04-27 09:57:49
forcite也是第一性原理吗？...

forcite是基于分子动力学，castep是第一原理，第一原理研究电子内部结构，比分子动力学精确多了
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10楼2014-04-27 13:16:06
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