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luqing6879木虫 (著名写手)
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脚本提交Gamess 作业
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我在mac os x 10.8.4上运行gamess, VERNO=May12013R1。 如果在命令行输入gms 文件名，没有任何问题。现在我想把它写到脚本文件中，如下： #!/bin/csh set base=`pwd` set suffix=_1 set ibase=`echo $1 | sed 's/\.[a-zA-Z4-9]*$//'` set kbase=`echo $ibase | sed 's/\_/ /' | sed 's/\-/ /' | sed 's/\+/ ,/'` if ( -w $ibase.out && $?suffix ) then if ( -w $ibase.out$suffix ) then cat $ibase.out >> $ibase.out$suffix rm -f $ibase.out else mv $ibase.out $ibase.out$suffix endif endif set title=j$kbase[1] set input=$1 set cpuct=1 if ( $#argv == 2 ) then set cpuct = `echo $argv[2]` endif cat > pbs.$$ <<EOF ### I want 1 node(s) with $cpuct cpu(s) each #PBS -l nodes=1:ppn=$cpuct ### #PBS -N $title #PBS -r n #PBS -c n #PBS -m n #PBS -joe #PBS -koe #PBS -V #PBS -S /bin/csh #PBS -q default cd $base set np=\`cat \$PBS_NODEFILE | wc -l\` cat \$PBS_NODEFILE /Users/qinglu/Documents/gamess/gms $input EOF qsub pbs.$$ ## clean-up rm pbs.$$ 可以正常提交，但是无法正确生成/scratch/$PBS_JOBID文件夹。得到以下错误信息： df: /scratch/3265: No such file or directory GAMESS temporary binary files will be written to /scratch/3265. GAMESS supplementary output files will be written to ./ Copying input file exam01.inp to your run's scratch directory... cp exam01.inp /scratch/3265 请问哪里出问题了？ 谢谢。 |
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