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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gamess/Q-Chem » 脚本提交Gamess 作业
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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luqing6879

木虫 (著名写手)

[求助] 脚本提交Gamess 作业

我在mac os x 10.8.4上运行gamess, VERNO=May12013R1。

如果在命令行输入gms 文件名，没有任何问题。现在我想把它写到脚本文件中，如下：
#!/bin/csh

set base=`pwd`

set suffix=_1
set ibase=`echo $1 | sed 's/\.[a-zA-Z4-9]*$//'`
set kbase=`echo $ibase | sed 's/\_/ /' | sed 's/\-/ /' | sed 's/\+/ ,/'`
if ( -w $ibase.out && $?suffix ) then
  if ( -w $ibase.out$suffix ) then
    cat $ibase.out >> $ibase.out$suffix
    rm -f $ibase.out
  else
    mv $ibase.out $ibase.out$suffix
  endif
endif

set title=j$kbase[1]
set input=$1

set cpuct=1
if ( $#argv == 2 ) then
set cpuct = `echo $argv[2]`
endif


cat > pbs.$$ <<EOF
### I want 1 node(s) with $cpuct cpu(s) each
#PBS -l nodes=1:ppn=$cpuct
###
#PBS -N $title
#PBS -r n
#PBS -c n
#PBS -m n
#PBS -joe
#PBS -koe
#PBS -V
#PBS -S /bin/csh
#PBS -q default

cd $base
set np=\`cat \$PBS_NODEFILE | wc -l\`
cat \$PBS_NODEFILE

/Users/qinglu/Documents/gamess/gms $input  

EOF

qsub pbs.$$
## clean-up
rm pbs.$$

可以正常提交，但是无法正确生成/scratch/$PBS_JOBID文件夹。得到以下错误信息：
df: /scratch/3265: No such file or directory
GAMESS temporary binary files will be written to /scratch/3265.
GAMESS supplementary output files will be written to ./
Copying input file exam01.inp to your run's scratch directory...
cp exam01.inp /scratch/3265


请问哪里出问题了？
谢谢。
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1楼 2014-04-21 08:15:09
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luqing6879

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by qchem at 2014-04-24 07:02:21
请分享下脚本和程序吧

脚本就在一楼啊。
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4楼2014-04-24 07:16:07
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查看全部 8 个回答

luqing6879

木虫 (著名写手)
搞定了。脚本没有问题，问题出在了rungms的设置。需要根据具体配置进行设置，尤其是几个路径的设置。

这里不得不吐槽一下gamess的脚本作者，考虑那么多if，但最后还是需要使用者自己删改脚本，那你何必if来if去呢。
赞一下 回复此楼
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2楼2014-04-22 13:56:17
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qchem

铁杆木虫 (著名写手)
请分享下脚本和程序吧

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
3楼2014-04-24 07:02:21
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Jasminer

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by luqing6879 at 2014-04-22 13:56:17
搞定了。脚本没有问题，问题出在了rungms的设置。需要根据具体配置进行设置，尤其是几个路径的设置。

这里不得不吐槽一下gamess的脚本作者，考虑那么多if，但最后还是需要使用者自己删改脚本，那你何必if来if去呢 ...

严重赞同啊！
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5楼2014-05-09 17:56:29
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查看全部 8 个回答
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