| 查看: 1350 | 回复: 7 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
luqing6879木虫 (著名写手)
|
[求助]
脚本提交Gamess 作业
|
|
|
我在mac os x 10.8.4上运行gamess, VERNO=May12013R1。 如果在命令行输入gms 文件名，没有任何问题。现在我想把它写到脚本文件中，如下： #!/bin/csh set base=`pwd` set suffix=_1 set ibase=`echo $1 | sed 's/\.[a-zA-Z4-9]*$//'` set kbase=`echo $ibase | sed 's/\_/ /' | sed 's/\-/ /' | sed 's/\+/ ,/'` if ( -w $ibase.out && $?suffix ) then if ( -w $ibase.out$suffix ) then cat $ibase.out >> $ibase.out$suffix rm -f $ibase.out else mv $ibase.out $ibase.out$suffix endif endif set title=j$kbase[1] set input=$1 set cpuct=1 if ( $#argv == 2 ) then set cpuct = `echo $argv[2]` endif cat > pbs.$$ <<EOF ### I want 1 node(s) with $cpuct cpu(s) each #PBS -l nodes=1:ppn=$cpuct ### #PBS -N $title #PBS -r n #PBS -c n #PBS -m n #PBS -joe #PBS -koe #PBS -V #PBS -S /bin/csh #PBS -q default cd $base set np=\`cat \$PBS_NODEFILE | wc -l\` cat \$PBS_NODEFILE /Users/qinglu/Documents/gamess/gms $input EOF qsub pbs.$$ ## clean-up rm pbs.$$ 可以正常提交，但是无法正确生成/scratch/$PBS_JOBID文件夹。得到以下错误信息： df: /scratch/3265: No such file or directory GAMESS temporary binary files will be written to /scratch/3265. GAMESS supplementary output files will be written to ./ Copying input file exam01.inp to your run's scratch directory... cp exam01.inp /scratch/3265 请问哪里出问题了？ 谢谢。 |
回复此楼» 猜你喜欢
能源环境新材料研究团队 导师介绍 研究生招生
已经有0人回复
-
能源环境新材料研究团队 导师介绍 研究生招生
已经有0人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有268人回复
-
26博士申请
已经有0人回复
-
348 求调剂
已经有4人回复
-
招收 材料、新能源、冶金、化工、环境 等工科类考生
已经有2人回复
-
招收 新能源、冶金、材料、化工、环境 等工科类考生
已经有0人回复
-
393求调剂推荐
已经有1人回复
-
能源环境新材料研究团队 招收 新能源、冶金、材料、化工、环境 等工科类考生
已经有0人回复
-
能源环境新材料研究团队 招收 新能源、冶金、材料、化工、环境 等工科类研究生
已经有0人回复
-
武汉纺织大学教育部重点实验室调剂
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- PBS脚本的编写问题
已经有15人回复
- 新手求教：怎么在GROMACS下实现并行计算？怎么看用了几个CPU？
已经有4人回复
- 关于linux下的任务管理软件比如PBS
已经有10人回复
- 用pbs提交gamess作业时出错
已经有5人回复
- 如何让pbs脚本提交时，跳过一些节点！
已经有5人回复
- 采用PBS脚本第一次提交任务，算了1步就被杀死，有错误提示但不知道原因？
已经有19人回复
- PBS脚本如何编译？
已经有5人回复
- 求：用PBS脚本提交MS任务具体步骤
已经有4人回复
- 新手咨询PBS！！！！-纠结！
已经有4人回复
- PBS脚本提交后Error
已经有11人回复
- PBS中资源的选择#PBS -l nodes=...
已经有5人回复
- pbs脚本可否提交新的pbs脚本任务？
已经有5人回复
- 如何编写PBS作业的脚本？
已经有14人回复
- gamess的pbs脚本！
已经有6人回复
- PLA/PBS如何分离
已经有3人回复
- 【活动】Show 脚本，赢奖励
已经有23人回复
- 【求助】vasp作业提交脚本
已经有5人回复
- 【原创】linux 下 icc+MKL 方案编译安装 gamess
已经有62人回复
qchem
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 280 (大学生)
- 金币: 6871.6
- 散金: 1411
- 红花: 43
- 帖子: 2586
- 在线: 669.2小时
- 虫号: 183011
- 注册: 2006-02-12
- 专业: 理论和计算化学
3楼2014-04-24 07:02:21
luqing6879
木虫 (著名写手)
- 应助: 8 (幼儿园)
- 金币: 3571
- 散金: 249
- 红花: 3
- 帖子: 1907
- 在线: 808.3小时
- 虫号: 614833
- 注册: 2008-09-28
- 专业: 理论和计算化学
2楼2014-04-22 13:56:17
luqing6879
木虫 (著名写手)
- 应助: 8 (幼儿园)
- 金币: 3571
- 散金: 249
- 红花: 3
- 帖子: 1907
- 在线: 808.3小时
- 虫号: 614833
- 注册: 2008-09-28
- 专业: 理论和计算化学
4楼2014-04-24 07:16:07
Jasminer
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 52 (初中生)
- 金币: 7407.8
- 散金: 1845
- 红花: 27
- 帖子: 1002
- 在线: 728.8小时
- 虫号: 620156
- 注册: 2008-10-08
- 性别: GG
- 专业: 应用有机化学
5楼2014-05-09 17:56:29
6