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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gamess/Q-Chem » 脚本提交Gamess 作业
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luqing6879

木虫 (著名写手)

[求助] 脚本提交Gamess 作业

我在mac os x 10.8.4上运行gamess, VERNO=May12013R1。

如果在命令行输入gms 文件名，没有任何问题。现在我想把它写到脚本文件中，如下：
#!/bin/csh

set base=`pwd`

set suffix=_1
set ibase=`echo $1 | sed 's/\.[a-zA-Z4-9]*$//'`
set kbase=`echo $ibase | sed 's/\_/ /' | sed 's/\-/ /' | sed 's/\+/ ,/'`
if ( -w $ibase.out && $?suffix ) then
  if ( -w $ibase.out$suffix ) then
    cat $ibase.out >> $ibase.out$suffix
    rm -f $ibase.out
  else
    mv $ibase.out $ibase.out$suffix
  endif
endif

set title=j$kbase[1]
set input=$1

set cpuct=1
if ( $#argv == 2 ) then
set cpuct = `echo $argv[2]`
endif


cat > pbs.$$ <<EOF
### I want 1 node(s) with $cpuct cpu(s) each
#PBS -l nodes=1:ppn=$cpuct
###
#PBS -N $title
#PBS -r n
#PBS -c n
#PBS -m n
#PBS -joe
#PBS -koe
#PBS -V
#PBS -S /bin/csh
#PBS -q default

cd $base
set np=\`cat \$PBS_NODEFILE | wc -l\`
cat \$PBS_NODEFILE

/Users/qinglu/Documents/gamess/gms $input  

EOF

qsub pbs.$$
## clean-up
rm pbs.$$

可以正常提交，但是无法正确生成/scratch/$PBS_JOBID文件夹。得到以下错误信息：
df: /scratch/3265: No such file or directory
GAMESS temporary binary files will be written to /scratch/3265.
GAMESS supplementary output files will be written to ./
Copying input file exam01.inp to your run's scratch directory...
cp exam01.inp /scratch/3265


请问哪里出问题了？
谢谢。
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1楼 2014-04-21 08:15:09
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luqing6879

木虫 (著名写手)
搞定了。脚本没有问题，问题出在了rungms的设置。需要根据具体配置进行设置，尤其是几个路径的设置。

这里不得不吐槽一下gamess的脚本作者，考虑那么多if，但最后还是需要使用者自己删改脚本，那你何必if来if去呢。
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2楼2014-04-22 13:56:17
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qchem

铁杆木虫 (著名写手)
请分享下脚本和程序吧

[ 发自小木虫客户端 ]
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3楼2014-04-24 07:02:21
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luqing6879

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by qchem at 2014-04-24 07:02:21
请分享下脚本和程序吧

脚本就在一楼啊。
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4楼2014-04-24 07:16:07
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Jasminer

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by luqing6879 at 2014-04-22 13:56:17
搞定了。脚本没有问题，问题出在了rungms的设置。需要根据具体配置进行设置，尤其是几个路径的设置。

这里不得不吐槽一下gamess的脚本作者，考虑那么多if，但最后还是需要使用者自己删改脚本，那你何必if来if去呢 ...

严重赞同啊！
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5楼2014-05-09 17:56:29
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by luqing6879 at 2014-04-22 13:56:17
搞定了。脚本没有问题，问题出在了rungms的设置。需要根据具体配置进行设置，尤其是几个路径的设置。

这里不得不吐槽一下gamess的脚本作者，考虑那么多if，但最后还是需要使用者自己删改脚本，那你何必if来if去呢 ...

仔细看 gamess 的 rungms 脚本，就知道那个就是给他们自己组里写的，那些似乎都是他们自己组里的机器……
其实你也不必删，只要设一下最基本的几次变量就好了……
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6楼2014-05-13 02:49:25
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luqing6879

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by snoopyzhao at 2014-05-13 02:49:25
仔细看 gamess 的 rungms 脚本，就知道那个就是给他们自己组里写的，那些似乎都是他们自己组里的机器……
其实你也不必删，只要设一下最基本的几次变量就好了……...

诚然！打开一看发现那么多的if，本以为是来自作者的贴心的小棉袄，谁知道竟然都是黑心棉。

话说我的并行设置还是有点问题，虽说用gamessq可以解决并行问题，但是如果用pbs提交，还是会发现这样的错误：
ddikick error: inconsistent hostlist arguments. hostname:cpus=X was detected with X > 1

不知道该怎么解决。
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cishan.goodweb.cn/慈善点击，点滴帮助。
7楼2014-05-13 03:52:23
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by luqing6879 at 2014-05-13 03:52:23
诚然！打开一看发现那么多的if，本以为是来自作者的贴心的小棉袄，谁知道竟然都是黑心棉。

话说我的并行设置还是有点问题，虽说用gamessq可以解决并行问题，但是如果用pbs提交，还是会发现这样的错误：
ddikic ...

不赞成你那个评论……

我没有用过 pbs，所以不清楚你的问题是什么。我也没有用过 gamessq，不知道它是个啥

我知道给 rungms 一个合适的参数，它可以并行的。只是 gamess 的并行不适用于所有的计算……
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8楼2014-05-13 07:43:11
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