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262413748

新虫 (小有名气)

[求助] 高斯画分子式计算优化结构的问题

1.大家怎么画图的?复杂的分子式(270多个原子),通过chemdr-3d-gv里,结果键全乱了,最后自己在view里改了,为什么键会乱?有什么解决方法吗?
2.我自己在view里改过后,计算遇到如下提示,然后终止了。是说分子之间太近造成终止了吗?

  Atom       271         272         273         274         275         276         277         278
IAtWgt=           1           1           1          12           1           1           1          28
AtmWgt=   1.0078250   1.0078250   1.0078250  12.0000000   1.0078250   1.0078250   1.0078250  27.9769284
NucSpn=           1           1           1           0           1           1           1           0
AtZEff=   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000
NQMom=    0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000
NMagM=    2.7928460   2.7928460   2.7928460   0.0000000   2.7928460   2.7928460   2.7928460   0.0000000
AtZNuc=   1.0000000   1.0000000   1.0000000   6.0000000   1.0000000   1.0000000   1.0000000  14.0000000
Leave Link  101 at Mon Apr 14 23:11:46 2014, MaxMem=   536870912 cpu:         4.5
(Enter /public/software/simulation/g09/l202.exe)
Small interatomic distances encountered: 274 212 4.46D-01 Atoms too close. Error termination via Lnk1e in /public/software/simulation/g09/l202.exe at Mon Apr 14 23:11:46 2014.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  5.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
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262413748

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-04-16 15:00:04
是,274和212号太近了。

谢谢你的帮助,我看了下也是。还有个问题想咨询您下,我调整了两个原子位置,再计算优化结构,结果很快算完了,但是本应该是笼状结构的分子被打散了,也就是说化学键断裂,请问是因为我画图时偏差比较大造成的吗?有什么建议解决这个问题吗?谢谢了!!!!
3楼2014-04-16 15:58:35
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

是,274和212号太近了。
2楼2014-04-16 15:00:04
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 262413748 at 2014-04-16 15:58:35
谢谢你的帮助,我看了下也是。还有个问题想咨询您下,我调整了两个原子位置,再计算优化结构,结果很快算完了,但是本应该是笼状结构的分子被打散了,也就是说化学键断裂,请问是因为我画图时偏差比较大造成的吗? ...

这种情况,首先你可以看下chk文件里的结构是不是断的,然后你看一下断裂的两个键之间的距离,如果键长数据是合理的话可以认为没问题。
如果不是的话,可能需要调整结构了。
4楼2014-04-17 07:37:23
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