版块导航
正在加载中...
客户端APP下载
论文辅导
申博辅导
登录
注册
帖子
帖子
用户
本版
应《网络安全法》要求,自2017年10月1日起,未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用,请尽快对帐号进行手机号验证,感谢您的理解与支持!
24小时热门版块排行榜
>
论坛更新日志
(3108)
>
文献求助
(215)
>
导师招生
(135)
>
虫友互识
(115)
>
休闲灌水
(94)
>
论文道贺祈福
(85)
>
招聘信息布告栏
(60)
>
考博
(55)
>
论文投稿
(47)
>
基金申请
(34)
>
硕博家园
(28)
>
博后之家
(22)
>
绿色求助(高悬赏)
(16)
>
公派出国
(14)
>
高分子
(12)
>
外文书籍求助
(12)
小木虫论坛-学术科研互动平台
»
计算模拟区
»
量子化学
»
Gaussian
»
请教一个老问题:结构优化时的对称性问题
18
1/1
返回列表
查看: 1979 | 回复: 17
只看楼主
@他人
存档
新回复提醒
(忽略)
收藏
在APP中查看
绍敏郡主
木虫
(著名写手)
应助: 289
(大学生)
金币: 1251.1
帖子: 1575
在线: 1866.7小时
虫号: 2611526
[交流]
请教一个老问题:结构优化时的对称性问题
一个分子应该是D2h对称性的,我画好结构以后去计算,第一轮很快就能收敛,但是第二轮就不行了,而且能量差的极其夸张(从第一轮的-3000变为-4000),RMSDP也只在10(-2)数量级波动。
当我把初始结构稍微调一下(某两个原子只移动0.01埃),对称性变为Ci,用这个结构计算就正常了。
而文献里,不止一个人都说是用D2h对称性计算的。看来最后的稳定结构确实应该是D2h的。
请问我的哪里出问题了?
谢谢。
是因为初始结构离稳定结构差得太远了吗?
以上用的是DFT方法。后来发现用HF方法可以按D2h对称性正常优化结束。用这个优化的结构再用DFT方法计算,还是不能收敛。按说HF优化的结构已经比较接近稳定结构了吧,至少比手搭的好吧。。
[
Last edited by 绍敏郡主 on 2013-11-22 at 01:58
]
回复此楼
» 收录本帖的淘帖专辑推荐
量子化学和计算化学
» 猜你喜欢
西班牙Institut Català de Nanociència i Nanotecnologia, CSIC-BIST招收公派博士生
已经有0人回复
英国利物浦大学屠昕和雍雪课题组招收CSC博士生
已经有27人回复
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有125人回复
北京交通大学王熙教授团队招收2026年入学催化方向博士研究生(还有1个名额)
已经有0人回复
华北电力大学(北京)(第一性原理计算)博士招生——学博,专博各1人
已经有45人回复
半透性容器进行高湿或者低湿研究
已经有0人回复
英国贝尔法斯特女王大学招收 2026 年 CSC/BBSRC phd 机器学习 催化剂设计方向
已经有0人回复
法国里昂大学招生CSC 资助博士生
已经有0人回复
法国里昂大学接收CSC 资助访问学者
已经有0人回复
北京工业大学材料科学与工程学院《院士团队》招收工程专业博士研究生(计算优先)
已经有1人回复
» 本主题相关商家推荐:
(我也要在这里推广)
高级回复
» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:
怎样给出过渡态初始构型
已经有5人回复
gaussian保持对称性优化
已经有8人回复
如何让高斯在优化结构时保持其中某个单键不变
已经有7人回复
MS中对称性问题
已经有3人回复
结构优化 siesta 和 vasp
已经有7人回复
用castep进行结构优化的遇到的一些问题
已经有17人回复
请教一下那款免费软件的结构优化功能比较好用?
已经有7人回复
几何优化的对称性约束问题
已经有6人回复
晶体结构优化和画能带图的方法是否保持一致???
已经有12人回复
新手请教用NEB方法计算energy barrier.
已经有15人回复
分子对称性的选择问题
已经有4人回复
菜鸟问题:配合物分子式的书写 与 不对称结构单元 怎么看啊
已经有15人回复
结构优化中问题
已经有6人回复
关于结构优化中的对称性问题
已经有9人回复
QMolSymmetry:分子对称性识别,调整,优化(C++源码)
已经有6人回复
【求助】ISIF=3全局优化和对称性改变的问题
已经有7人回复
【求助】怎样解三方,六方,立方等对称性高的晶体结构?
已经有6人回复
【求助】用CASTEP计算晶体时结构问题
已经有10人回复
【求助】关于判断正反尖晶石结构的问题
已经有13人回复
【求助】Domol的优化问题
已经有10人回复
» 抢金币啦!回帖就可以得到:
查看全部散金贴
中国石油大学(华东)电气工程专业博士研究生招生
+
1
/88
科瑞赛生物内皮细胞培养基试用装限时大放送,助力你的实验高效进阶!
+
1
/86
上海大学昝鹏教授、军事医学研究院伯晓晨研究员/倪铭副研究员 课题组招聘博士生
+
1
/83
成都理工大学全国重点实验室公开诚聘绿色有机合成方向联培生及科研助理
+
1
/78
急招碳材料相关特任研究人员/博士后/科研助理/26级博士和硕士
+
1
/43
深圳信息职业技术大学-博后招聘(优秀可留校)
+
1
/43
南京工业大学城市建设学院招收建筑节能方向2026年入学全日制博士
+
2
/34
中国地质大学(北京)王琳课题组招收2026年硕转博/申请-考核博士研究生-1月8日截止
+
1
/30
北京林业大学木质素高值化利用创新团队招收2026年入学博士生
+
1
/27
南科大薛亚辉课题组诚聘离子输运、低维器件、原子力显微镜等方向“快响行动”博士生
+
1
/21
SCI,计算机相关可以写
+
1
/20
王志博教授课题组招收硕士研究生(本招收信息长期有效)
+
2
/14
SCI,计算机相关可以写
+
1
/13
长江学者团队招聘药学/生物信息学等方向高校教师7名(地点杭州、有事业编)+博后5名
+
1
/10
北京林业大学孙卓华教授招收生物质转化方向2026博士生一名
+
1
/8
浙江大学傅杰团队(杰青)高薪招聘博士后
+
1
/6
土木、交通工程专业博士后站有吗?(无博士毕业3年要求+可接受兼职博后)
+
1
/4
乙酸乙酯如何除丙烯酸甲酯
+
1
/3
中国矿业大学黄赳课题组联合中国科学院南京土壤研究所朱晓芳研究员诚聘博士后
+
1
/2
211 院校 化学工程与技术 双一流学科 学术型博士研究生 尚有名额
+
1
/1
1楼
2013-11-21 20:16:21
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
绍敏郡主
木虫
(著名写手)
应助: 289
(大学生)
金币: 1251.1
帖子: 1575
在线: 1866.7小时
虫号: 2611526
又查了查文献,好像明白了。
据说要考虑相对论效应,D2h结构才是极小点,否则D2h结构是鞍点。
赞
一下
回复此楼
2楼
2013-11-22 02:53:04
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
userhung
禁虫
(文学泰斗)
应助: 1505
(讲师)
贵宾: 1.347
金币: 107941
帖子: 122982
在线: 4265.2小时
虫号: 119626
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
blessing, blessing, blessing ! ~~~
赞
一下
回复此楼
3楼
2013-11-22 06:17:46
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
jinwei331
至尊木虫
(文坛精英)
应助: 3742
(副教授)
金币: 28683.7
帖子: 26959
在线: 1170.4小时
虫号: 2085922
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
……………………
赞
一下
回复此楼
4楼
2013-11-22 06:33:01
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
sculhf
荣誉版主
(知名作家)
专家经验: +1
应助: 243
(大学生)
贵宾: 4.018
金币: 43334.1
帖子: 7659
在线: 2006.6小时
虫号: 497659
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
绍敏郡主: 金币+5, 谢谢
2013-11-22 18:01:44
你可以用文献中的泛函与基组验证一下
另外,不同的泛函会对结果产生一定的影响
赞
一下
回复此楼
5楼
2013-11-22 17:53:19
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
zindo
金虫
(小有名气)
应助: 10
(幼儿园)
金币: 1700.4
帖子: 227
在线: 119.9小时
虫号: 47238
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
绍敏郡主: 金币+5, 谢谢
2013-11-23 10:56:09
同意楼上的,另外也可以考虑反其道而行之,先不限制优化(nosymm opt),看是否收敛,取其优化构型用Gaussview等工具限制成D2h,再用popt优化。
祝好运!
赞
一下
回复此楼
6楼
2013-11-23 09:58:40
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
卡开发发
专家顾问
(著名写手)
专家经验: +224
应助: 47
(小学生)
金币: 3491.8
帖子: 2477
在线: 1253.7小时
虫号: 1369423
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
绍敏郡主: 金币+5, 谢谢
2013-11-23 20:41:03
有的dft有的时候结构确实不好,我自己见到的一个案例就是金属离子的配合物几种DFT给出不同的最优构型,有些结果从数据上判断都是错的。
楼上两层说的有道理,不知道杂化泛函情况如何。
赞
一下
回复此楼
7楼
2013-11-23 18:37:32
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
绍敏郡主
木虫
(著名写手)
应助: 289
(大学生)
金币: 1251.1
帖子: 1575
在线: 1866.7小时
虫号: 2611526
引用回帖:
7楼
:
Originally posted by
卡开发发
at 2013-11-23 18:37:32
有的dft有的时候结构确实不好,我自己见到的一个案例就是金属离子的配合物几种DFT给出不同的最优构型,有些结果从数据上判断都是错的。
楼上两层说的有道理,不知道杂化泛函情况如何。
谢谢。
用B3LYP和PBEPBE都不行,用HF可以。
赞
一下
回复此楼
10楼
2013-11-23 20:43:24
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
virtualzx
木虫
(著名写手)
QC强帖: 2
应助: 263
(大学生)
金币: 7161.3
帖子: 1605
在线: 317.6小时
虫号: 2069080
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
绍敏郡主: 金币+5
2013-11-24 00:48:21
引用回帖:
10楼
:
Originally posted by
绍敏郡主
at 2013-11-23 07:43:24
谢谢。
用B3LYP和PBEPBE都不行,用HF可以。...
用的什么基组呢?
赞
一下
回复此楼
11楼
2013-11-23 22:17:19
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
绍敏郡主
木虫
(著名写手)
应助: 289
(大学生)
金币: 1251.1
帖子: 1575
在线: 1866.7小时
虫号: 2611526
引用回帖:
11楼
:
Originally posted by
virtualzx
at 2013-11-23 22:17:19
用的什么基组呢?...
C原子3-21g*,Y原子LanL2DZ或者CEP-4G
赞
一下
回复此楼
12楼
2013-11-23 22:28:38
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
virtualzx
木虫
(著名写手)
QC强帖: 2
应助: 263
(大学生)
金币: 7161.3
帖子: 1605
在线: 317.6小时
虫号: 2069080
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
12楼
:
Originally posted by
绍敏郡主
at 2013-11-23 09:28:38
C原子3-21g*,Y原子LanL2DZ或者CEP-4G...
基组有点太小了吧。
赞
一下
回复此楼
13楼
2013-11-24 00:33:05
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
绍敏郡主
木虫
(著名写手)
应助: 289
(大学生)
金币: 1251.1
帖子: 1575
在线: 1866.7小时
虫号: 2611526
引用回帖:
13楼
:
Originally posted by
virtualzx
at 2013-11-24 00:33:05
基组有点太小了吧。...
我一般先用小基组优化一下,再用大基组优化一次,直接用大基组的话有点慢
赞
一下
回复此楼
14楼
2013-11-24 00:46:58
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
virtualzx
木虫
(著名写手)
QC强帖: 2
应助: 263
(大学生)
金币: 7161.3
帖子: 1605
在线: 317.6小时
虫号: 2069080
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
14楼
:
Originally posted by
绍敏郡主
at 2013-11-23 11:46:58
我一般先用小基组优化一下,再用大基组优化一次,直接用大基组的话有点慢...
这样做没问题,但是就没法知道错误的结构到底是基组的问题还是方法的问题了。
赞
一下
回复此楼
15楼
2013-11-24 01:03:22
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
绍敏郡主
木虫
(著名写手)
应助: 289
(大学生)
金币: 1251.1
帖子: 1575
在线: 1866.7小时
虫号: 2611526
引用回帖:
15楼
:
Originally posted by
virtualzx
at 2013-11-24 01:03:22
这样做没问题,但是就没法知道错误的结构到底是基组的问题还是方法的问题了。...
嗯,有道理
回复此楼
16楼
2013-11-24 01:06:16
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
卡开发发
专家顾问
(著名写手)
专家经验: +224
应助: 47
(小学生)
金币: 3491.8
帖子: 2477
在线: 1253.7小时
虫号: 1369423
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
10楼
:
Originally posted by
绍敏郡主
at 2013-11-23 20:43:24
谢谢。
用B3LYP和PBEPBE都不行,用HF可以。...
现在是scf不收敛了?还是几何优化振荡?
如果是scf不收敛建议试试采用b3lyp以及scf=verysleazy先优化,再恢复到正常精度,也许能成功。
赞
一下
回复此楼
17楼
2013-11-24 01:15:00
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
绍敏郡主
木虫
(著名写手)
应助: 289
(大学生)
金币: 1251.1
帖子: 1575
在线: 1866.7小时
虫号: 2611526
引用回帖:
17楼
:
Originally posted by
卡开发发
at 2013-11-24 01:15:00
现在是scf不收敛了?还是几何优化振荡?
如果是scf不收敛建议试试采用b3lyp以及scf=verysleazy先优化,再恢复到正常精度,也许能成功。...
是不收敛。
谢谢建议。
赞
一下
回复此楼
18楼
2013-11-24 01:17:49
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
简单回复
郑克宁
8楼
2013-11-23 19:17
回复
花开半夏春暖
9楼
2013-11-23 19:17
回复
相关版块跳转
第一性原理
量子化学
计算模拟
分子模拟
仿真模拟
程序语言
我要订阅楼主
绍敏郡主
的主题更新
18
1/1
返回列表
如果回帖内容含有宣传信息,请如实选中。否则帐号将被全论坛禁言
普通表情
龙
兔
虎
猫
高级回复
(可上传附件)
百度网盘
|
360云盘
|
千易网盘
|
华为网盘
在新窗口页面中打开自己喜欢的网盘网站,将文件上传后,然后将下载链接复制到帖子内容中就可以了。
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭
确定