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绍敏郡主

木虫 (著名写手)


[交流] 请教一个老问题:结构优化时的对称性问题

一个分子应该是D2h对称性的,我画好结构以后去计算,第一轮很快就能收敛,但是第二轮就不行了,而且能量差的极其夸张(从第一轮的-3000变为-4000),RMSDP也只在10(-2)数量级波动。
当我把初始结构稍微调一下(某两个原子只移动0.01埃),对称性变为Ci,用这个结构计算就正常了。
而文献里,不止一个人都说是用D2h对称性计算的。看来最后的稳定结构确实应该是D2h的。
请问我的哪里出问题了?
谢谢。

是因为初始结构离稳定结构差得太远了吗?

以上用的是DFT方法。后来发现用HF方法可以按D2h对称性正常优化结束。用这个优化的结构再用DFT方法计算,还是不能收敛。按说HF优化的结构已经比较接近稳定结构了吧,至少比手搭的好吧。。

[ Last edited by 绍敏郡主 on 2013-11-22 at 01:58 ]
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绍敏郡主

木虫 (著名写手)


又查了查文献,好像明白了。
据说要考虑相对论效应,D2h结构才是极小点,否则D2h结构是鞍点。
2楼2013-11-22 02:53:04
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userhung

禁虫 (文学泰斗)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
blessing, blessing, blessing ! ~~~
3楼2013-11-22 06:17:46
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jinwei331

至尊木虫 (文坛精英)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
……………………
4楼2013-11-22 06:33:01
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★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
绍敏郡主: 金币+5, 谢谢 2013-11-22 18:01:44
你可以用文献中的泛函与基组验证一下
另外,不同的泛函会对结果产生一定的影响
5楼2013-11-22 17:53:19
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zindo

金虫 (小有名气)


★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
绍敏郡主: 金币+5, 谢谢 2013-11-23 10:56:09
同意楼上的,另外也可以考虑反其道而行之,先不限制优化(nosymm opt),看是否收敛,取其优化构型用Gaussview等工具限制成D2h,再用popt优化。
祝好运!
6楼2013-11-23 09:58:40
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★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
绍敏郡主: 金币+5, 谢谢 2013-11-23 20:41:03
有的dft有的时候结构确实不好,我自己见到的一个案例就是金属离子的配合物几种DFT给出不同的最优构型,有些结果从数据上判断都是错的。

楼上两层说的有道理,不知道杂化泛函情况如何。
7楼2013-11-23 18:37:32
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绍敏郡主

木虫 (著名写手)


引用回帖:
7楼: Originally posted by 卡开发发 at 2013-11-23 18:37:32
有的dft有的时候结构确实不好,我自己见到的一个案例就是金属离子的配合物几种DFT给出不同的最优构型,有些结果从数据上判断都是错的。

楼上两层说的有道理,不知道杂化泛函情况如何。

谢谢。
用B3LYP和PBEPBE都不行,用HF可以。
10楼2013-11-23 20:43:24
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virtualzx

木虫 (著名写手)


★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
绍敏郡主: 金币+5 2013-11-24 00:48:21
引用回帖:
10楼: Originally posted by 绍敏郡主 at 2013-11-23 07:43:24
谢谢。
用B3LYP和PBEPBE都不行,用HF可以。...

用的什么基组呢?
11楼2013-11-23 22:17:19
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绍敏郡主

木虫 (著名写手)


引用回帖:
11楼: Originally posted by virtualzx at 2013-11-23 22:17:19
用的什么基组呢?...

C原子3-21g*,Y原子LanL2DZ或者CEP-4G
12楼2013-11-23 22:28:38
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virtualzx

木虫 (著名写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
12楼: Originally posted by 绍敏郡主 at 2013-11-23 09:28:38
C原子3-21g*,Y原子LanL2DZ或者CEP-4G...

基组有点太小了吧。
13楼2013-11-24 00:33:05
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绍敏郡主

木虫 (著名写手)


引用回帖:
13楼: Originally posted by virtualzx at 2013-11-24 00:33:05
基组有点太小了吧。...

我一般先用小基组优化一下,再用大基组优化一次,直接用大基组的话有点慢
14楼2013-11-24 00:46:58
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virtualzx

木虫 (著名写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
14楼: Originally posted by 绍敏郡主 at 2013-11-23 11:46:58
我一般先用小基组优化一下,再用大基组优化一次,直接用大基组的话有点慢...

这样做没问题,但是就没法知道错误的结构到底是基组的问题还是方法的问题了。
15楼2013-11-24 01:03:22
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绍敏郡主

木虫 (著名写手)


引用回帖:
15楼: Originally posted by virtualzx at 2013-11-24 01:03:22
这样做没问题,但是就没法知道错误的结构到底是基组的问题还是方法的问题了。...

嗯,有道理
16楼2013-11-24 01:06:16
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by 绍敏郡主 at 2013-11-23 20:43:24
谢谢。
用B3LYP和PBEPBE都不行,用HF可以。...

现在是scf不收敛了?还是几何优化振荡?

如果是scf不收敛建议试试采用b3lyp以及scf=verysleazy先优化,再恢复到正常精度,也许能成功。
17楼2013-11-24 01:15:00
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绍敏郡主

木虫 (著名写手)


引用回帖:
17楼: Originally posted by 卡开发发 at 2013-11-24 01:15:00
现在是scf不收敛了?还是几何优化振荡?

如果是scf不收敛建议试试采用b3lyp以及scf=verysleazy先优化,再恢复到正常精度,也许能成功。...

是不收敛。
谢谢建议。
18楼2013-11-24 01:17:49
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郑克宁8楼
2013-11-23 19:17   回复  
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