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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 基础理论 » 【求助】单晶测不出来，如何画晶体结构
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boylc789

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】单晶测不出来，如何画晶体结构

本人做了一个MOF晶体，但是晶体内可能含有一些溶剂，做了XRD，但是单晶解析不完全，只能解出一些比较重的元素
   我想通过高斯计算下我这个结构的稳定结构，但是没有坐标数据，请问如何用软件画出我的分子（晶体）结构
   目前有一些类似的MOF，我的结构和已有的有些类似，所以猜测了一个结构，求助如何能画出

  主要是想知道如何画结构，得到对称性很好的晶体结构的坐标数据
  没人知道吗？能帮忙的，另送100金币~~

[ Last edited by boylc789 on 2010-12-1 at 10:49 ]
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1楼 2010-11-29 16:44:22
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hjh509

铁杆木虫 (职业作家)
单晶解析不完全？是晶体本身不好还是？如果是那样的话，可以再培养单晶，在低温下测试数据试试！祝好运！
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2楼2010-11-29 17:55:39
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秦涞

木虫 (正式写手)
那样好吗，不会被人认为造假吗，你的晶体就不能培养成能够符合XRD的吗
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3楼2010-11-29 17:56:21
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boylc789

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by hjh509 at 2010-11-29 17:55:39:
单晶解析不完全？是晶体本身不好还是？如果是那样的话，可以再培养单晶，在低温下测试数据试试！祝好运！

是因为mof晶体大孔中可能有溶剂，所以只有金属结点等重元素能借出来，而配体解不出来
所以猜了个结构（这个有类似的合成出来），想优化下看看稳不稳定
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4楼2010-11-30 09:18:10
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boylc789

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 秦涞 at 2010-11-29 17:56:21:
那样好吗，不会被人认为造假吗，你的晶体就不能培养成能够符合XRD的吗

我不是做实验的，师兄的结构就说只能解析出30%左右，所以想用这个试试
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5楼2010-11-30 09:23:20
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lanmao20

金虫 (正式写手)
呃，是否可以采用元素等方法定出溶剂呢？
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6楼2010-11-30 16:01:58
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guochi

金虫 (正式写手)
这样子不好吧！就算那样子可以，那么结果也还是不可靠嘛，所以还是在培养新的，并可用于X-射线单晶衍射分析的单晶样品吧！
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7楼2010-11-30 17:26:02
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最近有点忙

木虫 (正式写手)
这样布太好吧？
重新做个单晶看看吧
可能会被认为是作假哦
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8楼2010-11-30 20:32:07
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boylc789

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by lanmao20 at 2010-11-30 16:01:58:
呃，是否可以采用元素等方法定出溶剂呢？

单晶解析我不是很明白，不过你说的这个方法是定量吧，我要的是原子坐标
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9楼2010-11-30 23:09:01
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boylc789

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by guochi at 2010-11-30 17:26:02:
这样子不好吧！就算那样子可以，那么结果也还是不可靠嘛，所以还是在培养新的，并可用于X-射线单晶衍射分析的单晶样品吧！

猜测是溶解除不出来造成的，所以想看看没有溶剂的会不会大孔坍塌
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10楼2010-11-30 23:10:33
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guochi

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by boylc789 at 2010-11-30 23:10:33:

猜测是溶解除不出来造成的，所以想看看没有溶剂的会不会大孔坍塌

哦，这样子啊！楼主加油啊，祝一切顺利。。。。
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11楼2010-12-01 08:42:15
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lanmao20

金虫 (正式写手)
boylc789(金币+2):谢谢回答 2010-12-02 19:29:06
当你已经能够确定分子式之后（做完元素分析之后），你不就可以使用platon命令去掉溶剂分子吗？你所谓的定原子坐标是什么意思？你很关心溶剂分子？最起码这个数据应该可以在解析的时候可以看到有溶剂分子团，但是可能无法准确定出相应原子才对。。这样才有讨论下去的意义。。。
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12楼2010-12-02 15:16:00
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boylc789

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by lanmao20 at 2010-12-02 15:16:00:
当你已经能够确定分子式之后（做完元素分析之后），你不就可以使用platon命令去掉溶剂分子吗？你所谓的定原子坐标是什么意思？你很关心溶剂分子？最起码这个数据应该可以在解析的时候可以看到有溶剂分子团，但是可 ...

我这个是空洞太大，溶剂分子太多所以对测单晶有影响，但是测单晶时还必须不能除去溶剂分子，我就是想在空间画出我的晶体结构
  不知道如何画，分子式知道，空间形状大概也知道，因为有报道类似的，就是按照文献的方法合成的
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13楼2010-12-02 19:32:11
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yurenan

木虫 (小有名气)
boylc789(金币+1):晶胞尺寸能得到，就是到不到一些轻元素的位置坐标 2010-12-04 17:04:14
做电子衍射花样图谱，单晶的花样图谱为斑点花样，可直接测出晶包尺寸
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14楼2010-12-04 16:58:00
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britney9938

铜虫 (初入文坛)
boylc789(金币+5):谢谢交流，能否说的更具体一点 2010-12-05 16:09:02
试试用另一种不溶解晶体的溶剂，置换原来反应中残留的溶剂。
具体方法是把晶体静置浸泡在置换溶剂中，三天，每天换一次新溶剂，
然后过虑，烘干后，再打XRD
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15楼2010-12-04 23:55:01
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boylc789

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by britney9938 at 2010-12-04 23:55:01:
试试用另一种不溶解晶体的溶剂，置换原来反应中残留的溶剂。
具体方法是把晶体静置浸泡在置换溶剂中，三天，每天换一次新溶剂，
然后过虑，烘干后，再打XRD

谢谢你的回答，因为我没测过XRD，师兄说测XRD时必须要有溶剂，要不也测不出来，就是不能把晶体内的溶剂除去，根据经验，这个是因为孔太大，孔内的溶剂干扰所致，只能解出30%-40%
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16楼2010-12-05 16:11:16
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