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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 知道部分关键原子坐标 如何用VMD构建完整晶胞坐标
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cyl001

新虫 (小有名气)

[求助] 知道部分关键原子坐标 如何用VMD构建完整晶胞坐标 已有2人参与

如题
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1楼 2014-04-15 16:03:25
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
一个大概的想法是，推测出缺原子的空位坐标，手动添加，然后做几何优化。
赞一下 回复此楼
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
2楼2014-04-15 21:57:28
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-04-16 18:35:23
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-04-15 21:57:28
一个大概的想法是，推测出缺原子的空位坐标，手动添加，然后做几何优化。

建议把文献发上来
我猜是聚合物晶体

VMD我不知道
MS里是建空白晶胞，画定位原子，用平移、旋转操作把聚合物链关键原子拟合至定位原子位置
赞一下 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
3楼2014-04-16 16:20:22
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cyl001

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-16 16:20:22
建议把文献发上来
我猜是聚合物晶体

VMD我不知道
MS里是建空白晶胞，画定位原子，用平移、旋转操作把聚合物链关键原子拟合至定位原子位置...

进行这些操作后 输出pdb文件时 该文件中会把全部原子的坐标信息显示出来吗？我还要导入到gromacs中
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4楼2014-04-17 10:39:32
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-17 18:49:15
引用回帖:
4楼: Originally posted by cyl001 at 2014-04-17 10:39:32
进行这些操作后 输出pdb文件时 该文件中会把全部原子的坐标信息显示出来吗？我还要导入到gromacs中...

PDB我不知道 至少可以导出CIF，CIF有所有坐标
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
5楼2014-04-17 10:45:59
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