应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 知道部分关键原子坐标 如何用VMD构建完整晶胞坐标
51/1返回列表
查看: 2185  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

cyl001

新虫 (小有名气)

[求助] 知道部分关键原子坐标 如何用VMD构建完整晶胞坐标 已有2人参与

如题
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-04-15 16:03:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
一个大概的想法是，推测出缺原子的空位坐标，手动添加，然后做几何优化。
赞一下 回复此楼
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
2楼2014-04-15 21:57:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-04-16 18:35:23
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-04-15 21:57:28
一个大概的想法是，推测出缺原子的空位坐标，手动添加，然后做几何优化。

建议把文献发上来
我猜是聚合物晶体

VMD我不知道
MS里是建空白晶胞，画定位原子，用平移、旋转操作把聚合物链关键原子拟合至定位原子位置
赞一下 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
3楼2014-04-16 16:20:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cyl001

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-16 16:20:22
建议把文献发上来
我猜是聚合物晶体

VMD我不知道
MS里是建空白晶胞，画定位原子，用平移、旋转操作把聚合物链关键原子拟合至定位原子位置...

进行这些操作后 输出pdb文件时 该文件中会把全部原子的坐标信息显示出来吗？我还要导入到gromacs中
赞一下 回复此楼
4楼2014-04-17 10:39:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-17 18:49:15
引用回帖:
4楼: Originally posted by cyl001 at 2014-04-17 10:39:32
进行这些操作后 输出pdb文件时 该文件中会把全部原子的坐标信息显示出来吗？我还要导入到gromacs中...

PDB我不知道 至少可以导出CIF，CIF有所有坐标
赞一下 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
5楼2014-04-17 10:45:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 cyl001 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +6 Ldrop2023 2026-08-13 6/300 2026-08-15 10:09 by tuanggou
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 7lpolszZVXgi 2026-08-14 6/300 2026-08-15 09:28 by sunzitan
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 7lpolszZVXgi 2026-08-14 7/350 2026-08-15 09:09 by 4wMiSEwB6436
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 5/250 2026-08-15 07:09 by 4wMiSEwB6436
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 5/250 2026-08-15 04:45 by 4wMiSEwB6436
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 7lpolszZVXgi 2026-08-14 5/250 2026-08-15 04:41 by 4wMiSEwB6436
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 4/200 2026-08-15 04:17 by 4wMiSEwB6436
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 4/200 2026-08-15 02:21 by 4wMiSEwB6436
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 4/200 2026-08-15 01:28 by 4wMiSEwB6436
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 7/350 2026-08-15 00:40 by 4wMiSEwB6436
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 5/250 2026-08-15 00:16 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +23 Lanmanbaby 2026-08-09 37/1850 2026-08-14 13:40 by Equinoxhua
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] 我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人 +10 家与远方 2026-08-10 15/750 2026-08-14 02:08 by 绵羊哥哥
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭